ການວິເຄາະ Segregant ເຕັມ
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
Takagi et al., ວາລະສານພືດ, 2013
● ການຕັ້ງທ້ອງຖິ່ນທີ່ຖືກຕ້ອງ: ການປະສົມເປັນຊຸດທີ່ມີ 30+30 ຫາ 200+200 ບຸກຄົນເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນສຽງລົບກວນໃນພື້ນຫຼັງ;ການຄາດຄະເນພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະໝັກທີ່ອີງໃສ່ຕົວກາຍພັນທີ່ບໍ່ຄ້າຍຄືກັນ.
● ການວິເຄາະທີ່ສົມບູນແບບ: ລາຍລະອຽດການທໍາງານຂອງ gene ຂອງຜູ້ສະຫມັກໃນຄວາມເລິກ, ລວມທັງ NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ແລະອື່ນໆ.
● ເວລາຫັນປ່ຽນໄວຂຶ້ນ: ການຕັ້ງຖິ່ນຖານຂອງ gene ຢ່າງໄວວາພາຍໃນ 45 ມື້ເຮັດວຽກ.
● ປະສົບການທີ່ກວ້າງຂວາງ: BMK ໄດ້ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການເຮັດໃຫ້ທ້ອງຖິ່ນມີລັກສະນະເປັນພັນໆອັນ, ເຊິ່ງກວມເອົາຊະນິດພັນຕ່າງໆເຊັ່ນ: ພືດ, ຜະລິດຕະພັນສິນໃນນ້ຳ, ປ່າໄມ້, ດອກໄມ້, ໝາກໄມ້ ແລະ ອື່ນໆ.
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
ປະຊາກອນ:
ການແຍກເຊື້ອສາຍຂອງພໍ່ແມ່ກັບ phenotypes ທີ່ກົງກັນຂ້າມ.
ຕົວຢ່າງ F2 progeny, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)
ສະນຸກເກີປະສົມ
ສໍາລັບລັກສະນະຄຸນນະພາບ: 30 ຫາ 50 ບຸກຄົນ (ຂັ້ນຕ່ໍາ 20)/ຊຸດ
ສໍາລັບ tratis ປະລິມານ: ສູງສຸດ 5% ຫາ 10% ບຸກຄົນທີ່ມີ phenotypes ທີ່ຮ້າຍໄປໃນປະຊາກອນທັງຫມົດ (ຕໍາ່ສຸດທີ່ 30+30).
ຄວາມເລິກການຈັດລໍາດັບທີ່ແນະນໍາ
ຢ່າງໜ້ອຍ 20X/ຕົວ/ແມ່ ແລະ 1X/ລູກ/ບຸກຄົນ (ຕົວຢ່າງ: ສຳລັບຕົວປະສົມລູກຫຼານຂອງ 30+30 ບຸກຄົນ, ຄວາມເລິກການຈັດລຳດັບຈະເປັນ 30X ຕໍ່ຊຸດ)
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາທັງໝົດ
● ການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນ
● SNP/Indel ໂທ
● ການຄັດເລືອກພາກພື້ນ
● ຄໍາອະທິບາຍຟັງຊັນ gene ຂອງຜູ້ສະຫມັກ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| ຕົວຢ່າງ gDNA | ຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ |
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ: ≥30 ng/μl | ພືດ: 1-2 g |
| ປະລິມານ: ≥2 μg (ປະລິມານ ≥15 μl) | ສັດ: 0.5-1 g |
| ຄວາມບໍລິສຸດ: OD260/280= 1.6-2.5 | ເລືອດທັງໝົດ: 1.5 ມລ |
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) ເພື່ອກໍານົດພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກ.ໃນຮູບຕໍ່ໄປນີ້
ແກນ X: ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມ;ແຕ່ລະຈຸດສະແດງຄ່າ ED ຂອງ SNP.ເສັ້ນສີດໍາກົງກັບຄ່າ ED ທີ່ພໍດີ.ມູນຄ່າ ED ທີ່ສູງຂຶ້ນຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງການເຊື່ອມໂຍງທີ່ສໍາຄັນລະຫວ່າງສະຖານທີ່ແລະ phenotype.ເສັ້ນ dash ສີແດງສະແດງເຖິງຂອບເຂດຂອງການເຊື່ອມໂຍງທີ່ສໍາຄັນ.
2.Association analysis based no SNP-index
ແກນ X: ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມ;ແຕ່ລະຈຸດສະແດງຄ່າ SNP-index.ເສັ້ນສີດໍາຢືນສໍາລັບຄ່າ SNP-index ທີ່ເຫມາະສົມ.ມູນຄ່າທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ, ສະມາຄົມມີຄວາມ ສຳ ຄັນຫຼາຍ.
ກໍລະນີ BMK
ລັກສະນະປະລິມານຜົນກະທົບທີ່ສໍາຄັນ locus Fnl7.1 ເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງ embryogenesis ຊ້າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍຫມາກແຕງ.
ຈັດພີມມາ: ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ, 2020
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
ພໍ່ແມ່ (Jin5-508, YN): ທັງ genome resequencing ສໍາລັບ 34× ແລະ 20×.
DNA pools (50 ຄໍຍາວແລະ 50 ຄໍສັ້ນ): Resequences ສໍາລັບ 61 × ແລະ 52 ×
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ໃນການສຶກສານີ້, ການແຍກປະຊາກອນ (F2 ແລະ F2: 3) ໄດ້ຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍການຂ້າມສາຍແຕງຄໍຍາວ Jin5-508 ແລະຄໍສັ້ນ YN.ສອງສະນຸກເກີ DNA ຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍ 50 ບຸກຄົນຄໍຍາວທີ່ສຸດແລະ 50 ບຸກຄົນຄໍສັ້ນທີ່ສຸດ.ຜົນກະທົບຕົ້ນຕໍ QTL ໄດ້ຖືກລະບຸໄວ້ໃນ Chr07 ໂດຍການວິເຄາະ BSA ແລະການສ້າງແຜນທີ່ QTL ແບບດັ້ງເດີມ.ພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກໄດ້ຖືກແຄບລົງຕື່ມອີກໂດຍການວາງແຜນທີ່ລະອຽດ, ປະລິມານການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອພັນແລະການທົດລອງການປ່ຽນພັນທຸກໍາ, ເຊິ່ງໄດ້ເປີດເຜີຍ gene ທີ່ສໍາຄັນໃນການຄວບຄຸມຄວາມຍາວຂອງຄໍ, CsFnl7.1.ນອກຈາກນັ້ນ, polymorphism ໃນພາກພື້ນສົ່ງເສີມ CsFnl7.1 ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າກ່ຽວຂ້ອງກັບການສະແດງອອກທີ່ສອດຄ້ອງກັນ.ການວິເຄາະທາງ phylogenetic ເພີ່ມເຕີມໄດ້ແນະນໍາວ່າ Fnl7.1 locus ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມາຈາກອິນເດຍ.
 QTL-mapping ໃນການວິເຄາະ BSA ເພື່ອກໍານົດພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍແຕງ |  ໂປຣໄຟລ໌ LOD ຂອງ QTL ຄວາມຍາວຂອງໝາກແຕງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ Chr07 |
Xu, X. , et al."ລັກສະນະປະລິມານຜົນກະທົບທີ່ສໍາຄັນ locus Fnl7.1 ເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງ embryogenesis ທ້າຍທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍຫມາກໄມ້ໃນແຕງ."ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ 18.7(2020).
