● ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນທີ່ມີໃຫ້ສໍາລັບເປົ້າໝາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
● ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຄົບຊຸດ ຮັບປະກັນ 0 Gap.
● ມີປະສົບການສູງໃນການປະກອບ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 10,000 genome ຄົບຖ້ວນສົມບູນ.
● ທີມງານສະຫນັບສະຫນູນດ້ານວິຊາການຫລັງການຂາຍເປັນມືອາຊີບທີ່ຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຄົ້ນຄ້ວາສະເພາະຫຼາຍຂຶ້ນ.
ການຈັດລໍາດັບຍຸດທະສາດ | ຫໍສະໝຸດ | ຮັບປະກັນຄຸນນະພາບ | ເວລາຮອບວຽນໂດຍປະມານ |
Nanopore 100X + Illumina 50X | Nanopore 20 ພັນ PE150 | 0 ຊ່ອງຫວ່າງ | 30 ມື້ |
PacBio HiFi 30X | PacBio 10K |
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການປະກອບ Genome
● ການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງ Genome
● ການອະທິບາຍຟັງຊັນຂອງພັນທຸກໍາ
● ການວິເຄາະ genomic ປຽບທຽບ
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
ສານສະກັດຈາກ DNA | > 2 ມກ | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ:
ປະເພດຕົວຢ່າງ | ການປິ່ນປົວຕົວຢ່າງແນະນໍາ | ການເກັບຮັກສາຕົວຢ່າງແລະການຂົນສົ່ງ |
ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ | ສັງເກດເບິ່ງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍພາຍໃຕ້ກ້ອງຈຸລະທັດແລະເກັບກໍາເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໃນໄລຍະ exponential ຂອງມັນ ໂອນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ (ປະກອບດ້ວຍເຊນປະມານ 3-4.5e9) ເຂົ້າໄປໃນ eppendorf 1.5 ຫຼື 2 ມລ.(ໃສ່ນ້ຳກ້ອນ) Centrifuge ທໍ່ສໍາລັບ 1 ນາທີ 14000 g ເພື່ອເກັບກໍາເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະເອົາ supernatant ອອກໄປຢ່າງລະມັດລະວັງ. ປະທັບຕາທໍ່ແລະແຊ່ແບັກທີເຣັຍໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຢ່າງຫນ້ອຍ 30 ນາທີ.ເກັບຮັກສາທໍ່ໃນຕູ້ເຢັນ -80 ℃. | ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ. |
1.Circos ຂອງ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ
2.Coding gene ຄາດ
3.ການວິເຄາະ genomics ປຽບທຽບ: phylogenetic tree