16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ການອ່ານຍາວເປີດເຜີຍລໍາດັບຄວາມຍາວເຕັມຂອງ 16S/18S/ITS
● ການໂທຖານທີ່ຖືກຕ້ອງສູງດ້ວຍການຈັດລຳດັບຂອງໂໝດ PacBio CCS
● ຄວາມລະອຽດລະດັບສາຍພັນໃນ OTU/ASV ອະທິບາຍ
● ຫຼ້າສຸດ QIIME2 ການວິເຄາະການໄຫຼເຂົ້າກັບການວິເຄາະທີ່ຫຼາກຫຼາຍໃນແງ່ຂອງຖານຂໍ້ມູນ, ຄໍາບັນຍາຍ, OTU/ASV.
● ໃຊ້ໄດ້ກັບການສຶກສາຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ຫຼາກຫຼາຍ
● BMK ເປັນເຈົ້າຂອງປະສົບການທີ່ກວ້າງຂວາງດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 100,000 ຕົວຢ່າງຕໍ່ປີ, ກວມເອົາດິນ, ນ້ໍາ, ອາຍແກັສ, ຂີ້ຕົມ, ອາຈົມ, ລໍາໄສ້, ຜິວຫນັງ, ນ້ໍາຫມັກ, ແມງໄມ້, ພືດ, ແລະອື່ນໆ.
● BMKCloud ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃນການຕີຄວາມໝາຍຂໍ້ມູນທີ່ມີ 45 ເຄື່ອງມືການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ການຈັດລໍາດັບເວທີ | ຫໍສະໝຸດ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ເວລາປ່ຽນ |
| PacBio Sequel II | SMRT-bell | ແທັກ 5K/10K/20K | 44 ມື້ເຮັດວຽກ |
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● ຄຳອະທິບາຍ OTU
● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາ
● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ
● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
● ການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ
● ຟັງຊັນການຄາດເດົາພັນທຸກໍາ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
| ສານສະກັດຈາກ DNA | 1 ມກ | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ |
| ດິນ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ. |
| ອາຈົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ. |
| ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ | ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes. |
| ຂີ້ຕົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບຈອງ |
| ນ້ຳ | ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບນ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມສ້າງຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ. |
| ຜິວໜັງ | ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ໃນທໍ່ທີ່ບໍ່ສະອາດ. |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.ອັດຕາການອະທິບາຍຂອງ V3+V4(Illumina)-ອີງໃສ່ profileing ຊຸມຊົນ microbial ທຽບກັບຄວາມຍາວເຕັມ (PacBio)-profileing-based.
(ຂໍ້ມູນຂອງ 30 ໂຄງການທີ່ເລືອກໂດຍສຸ່ມໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການສະຖິຕິ)
2.ອັດຕາການບັນທຶກຂອງການຈັດລໍາດັບ amplicon ຄວາມຍາວເຕັມທີ່ລະດັບຊະນິດໃນປະເພດຕົວຢ່າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
3.ການແຜ່ກະຈາຍຊະນິດ
4.Phylogenetic tree
ກໍລະນີ BMK
ການໄດ້ຮັບສານອາເຊນິກເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມເສຍຫາຍຂອງອຸປະສັກໃນລໍາໄສ້ແລະການກະຕຸ້ນຂອງລໍາໄສ້ຂອງຕັບທີ່ນໍາໄປສູ່ການອັກເສບແລະ pyroptosis ຂອງຕັບໃນເປັດ.
ຈັດພີມມາ:ວິທະຍາສາດຂອງສິ່ງແວດລ້ອມທັງຫມົດ,2021
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
ຕົວຢ່າງ: ການຄວບຄຸມທຽບກັບ 8 mg/kg ກຸ່ມ ATO exposed
ລໍາດັບຜົນຂໍ້ມູນ: 102,583 ລໍາດັບ CCS ດິບໃນຈໍານວນທັງຫມົດ
ການຄວບຄຸມ: 54,518 ± 747 CCS ທີ່ມີປະສິດທິພາບ
ATO-exposed : 45,050 ± 1675 CCS ປະສິດທິພາບ
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາ:ການສໍາຜັດ ATO ໄດ້ປ່ຽນແປງຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຈຸລິນຊີໃນລໍາໄສ້ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ ແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເປັດ.
ການວິເຄາະ metastats:
ໃນລະດັບ phylum: 2 ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ phyla ກວດພົບພຽງແຕ່ຢູ່ໃນກຸ່ມຄວບຄຸມ
ໃນລະດັບສະກຸນ: 6 ສະກຸນໄດ້ຖືກພົບເຫັນແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຄວາມອຸດົມສົມບູນພີ່ນ້ອງ
ໃນລະດັບຊະນິດ: 36 ຊະນິດໄດ້ຖືກກໍານົດໃນຈໍານວນທັງຫມົດ, ມີ 6 ຂອງພວກເຂົາທີ່ແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຄວາມອຸດົມສົມບູນ revivive.
ອ້າງອິງ
Thingholm, LB, et al."ບຸກຄົນທີ່ເປັນໂລກອ້ວນທີ່ມີແລະບໍ່ມີພະຍາດເບົາຫວານປະເພດ 2 ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສາມາດແລະອົງປະກອບຂອງ microbial ລໍາໄສ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ."Cell Host & Microbe26.2(2019).
