16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
● ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວ ແລະ ການກໍານົດອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີຢ່າງໄວວາໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ
● ຄວາມລະອຽດສູງໃນອົງປະກອບທີ່ມີຄວາມອຸດົມສົມບູນຕໍ່າໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ
● ຫຼ້າສຸດ QIIME2 ການວິເຄາະການໄຫຼເຂົ້າກັບການວິເຄາະທີ່ຫຼາກຫຼາຍໃນແງ່ຂອງຖານຂໍ້ມູນ, ຄໍາບັນຍາຍ, OTU/ASV.
● ການສົ່ງຜ່ານສູງ, ຄວາມຖືກຕ້ອງສູງກວ່າ
● ໃຊ້ໄດ້ກັບການສຶກສາຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ຫຼາກຫຼາຍ
● BMK ເປັນເຈົ້າຂອງປະສົບການທີ່ກວ້າງຂວາງດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 100,000 ຕົວຢ່າງຕໍ່ປີ, ກວມເອົາດິນ, ນ້ໍາ, ອາຍແກັສ, ຂີ້ຕົມ, ອາຈົມ, ລໍາໄສ້, ຜິວຫນັງ, ນ້ໍາຫມັກ, ແມງໄມ້, ພືດ, ແລະອື່ນໆ.
● BMKCloud ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃນການຕີຄວາມໝາຍຂໍ້ມູນທີ່ມີ 45 ເຄື່ອງມືການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ການຈັດລໍາດັບເວທີ | ຫໍສະໝຸດ | ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ເວລາຮອບວຽນໂດຍປະມານ |
| ເວທີ Illumina NovaSeq | PE250 | ແທັກ 50K/100K/300K | 30 ມື້ |
ການວິເຄາະ bioinformatics
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● ຄຳອະທິບາຍ OTU
● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາ
● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ
● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
● ການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ
● ຟັງຊັນການຄາດເດົາພັນທຸກໍາ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຈໍານວນ | ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ຄວາມບໍລິສຸດ |
| ສານສະກັດຈາກ DNA | ＞ 30 ນ | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ສໍາລັບຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ:
| ປະເພດຕົວຢ່າງ | ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ |
| ດິນ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ. |
| ອາຈົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ. |
| ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ | ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes. |
| ຂີ້ຕົມ | ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບຈອງ |
| ນ້ຳ | ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບນ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມສ້າງຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ. |
| ຜິວໜັງ | ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ໃນທໍ່ທີ່ບໍ່ສະອາດ. |
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
1.ການແຜ່ກະຈາຍຊະນິດ
2.ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ: ການຈັດກຸ່ມຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນ
3.Rare faction curve
4.NMDS ການວິເຄາະ
5. ການວິເຄາະ Lefse
ກໍລະນີ BMK
ບຸກຄົນທີ່ເປັນໂລກອ້ວນທີ່ມີແລະບໍ່ມີພະຍາດເບົາຫວານປະເພດ 2 ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສາມາດແລະອົງປະກອບຂອງ microbial ລໍາໄສ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
ຈັດພີມມາ:Cell Host & Microbe, 2019
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:
ພະຍາດເບົາຫວານທີ່ບໍ່ມີໄຂມັນ (n=633);ໂລກອ້ວນທີ່ບໍ່ແມ່ນພະຍາດເບົາຫວານ (n=494);ໂລກເບົາຫວານປະເພດ 2 (n=153);
ພາກພື້ນເປົ້າໝາຍ: 16S rDNA V1-V2
ເວທີ: Illumina Miseq (ການຈັດລໍາດັບ amplicon ທີ່ອີງໃສ່ NGS)
ສ່ວນຍ່ອຍຂອງສານສະກັດຈາກ DNA ແມ່ນຂຶ້ນກັບການຈັດລໍາດັບ metaagenomic ໃນ Illumina Hiseq
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ໂປຣໄຟລ໌ຈຸລິນຊີຂອງພະຍາດ metabolic ເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ຖືກແຍກອອກຢ່າງສໍາເລັດຜົນ.
ໂດຍການປຽບທຽບລັກສະນະຂອງຈຸລິນຊີທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍລໍາດັບ 16S, ໂລກອ້ວນໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າກ່ຽວຂ້ອງກັບການປ່ຽນແປງອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີ, ລັກສະນະສ່ວນບຸກຄົນ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນການຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນ Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ແລະອື່ນໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, T2D ໄດ້ຖືກພົບເຫັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການເພີ່ມຂຶ້ນຂອງ Escherichia / shigella. .
ອ້າງອິງ
Thingholm, LB, et al."ບຸກຄົນທີ່ເປັນໂລກອ້ວນທີ່ມີແລະບໍ່ມີພະຍາດເບົາຫວານປະເພດ 2 ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສາມາດແລະອົງປະກອບຂອງ microbial ລໍາໄສ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ."Cell Host & Microbe26.2(2019).
