Prokaryotesch RNA Sequenzéierung

Prokaryotesch RNA Sequencing Featured Image

Prokaryotesch RNA Sequencing benotzt d'nächst Generatioun Sequencing (NGS) fir d'Präsenz an d'Quantitéit vun RNA zu engem bestëmmte Moment z'entdecken, andeems de verännert Zellular Transkriptom analyséiert.Eis Firma d'prokaryotesch RNA Sequenzéierung, zielt speziell op Prokaryote mat Referenzgenomen, fir Iech Transkriptomprofiléierung, Genstrukturanalyse, asw.

Plattform: Illumina NovaSeq Plattform

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Service Spezifikatioune

Plattform: Illumina NovaSeq Plattform, PE150

Bibliothéikstyp: 350bp Insert cDNA Bibliothéik (ofhängeg vun der Peakverdeelung)

Sequencing Strategie: Paired-End 150 bp

Recommandéiert Daten Betrag: 2 Gb Matière Daten / Echantillon

Bioinformatik

(1) Sequenzéierungsdaten Qualitéitskontroll: Nukleotid Verdeelung, Basis Qualitéit Verdeelung, rRNA Verhältnis Bewäertung;

(2) Sequenz Ausrichtung Analyse: Ausriichtung Resultat Statistiken, Saturatioun vun sequencing, Ofdeckung vun sequencing;

(3) Referenz Genom Annotatioun (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Ausdrock Analyse: Ausdrock Verdeelung (Mat zwee oder méi Echantillon), Analyse vun Ausdrock tëscht Echantillon (Venn Analyse, Korrelatioun Analyse, PCA Analyse);

(5) Differential Ausdrock Analyse (Mat zwee oder méi Echantillon);

(6) Gene Set Analyse: Venn Analyse, Cluster Analyse, Funktioun Annotatioun Analyse (COG, GO, KEGG), Funktioun Beräicherung Analyse (GO, KEGG), Funktioun Beräicherung chordal Grafiken, Ipath Analyse;

(7) sRNA Analyse: sRNA Viraussoen, sRNA Annotatioun (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA Secondaire Struktur Prediction, sRNA Zil Gen Prediction;

(8) Transkript Struktur Analyse: Operon Analyse, Transkriptiouns Start- an Enn Site Prognose, UTR Annotatioun an Analyse, Promoteur Sequenz Prévisioun, SNP / InDel Analyse (SNP / InDel Annotatioun, SNP / InDel regional Verdeelung, SNP Statistiken).