Planz / Déier Ganzen Genom Sequencing
1.Service Virdeeler
Extensiv Erfahrung am Genom Sequenzéierung fir iwwer 1000 Arten.
Iwwer 800 publizéiert Fäll mat engem akkumulative Impaktfaktor vun iwwer 4000.
Iwwergräifend Bioinformatik Analyse iwwer Variatiounsopruff a Funktiounsanalyse.
2. Service Spezifikatioune
| Plattform | Bibliothéik | Recommandéiert seq Déift | |
| Illumina | PE 150 | Fir SNP, InDel Uruff ≥ 10x Fir SV, CNY Vocatioun ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb vun | Fir SV, CNY Vocatioun ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb vun | Fir SNP, InDel, SV, CNY Uruff ≥ 10x |
3. Prouf Ufuerderunge
| Plattform | Konz.(ng/μL)
| Betrag (ng)
| Rengheet
| Agarose Gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Kloer Haaptrei Band ouni oder limitéiertDegradatioun op Gel observéiert. 2. Keng oder limitéiert RNA oder Protein Kontaminatioun
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Hänkt vun Daten Erléisung of 10 μg/Zell | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformation Analyse
5. Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
DNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
Daten Liwwerung
1) Statistike vun Genome Mapping
Dësch 1 Statistike vun Mapping Resultat
Figur 1 Verdeelung vun Insert Gréisst a liest Ofdeckung.
2) Variant Detektioun
Figur 2 Statistiken an Annotatioun vun SNP / INDEL / SV ënnert Echantillon
Figur 3 Genom-breet Verdeelung vun vatiations
3) Funktionell Annotatioun vu Variatiounen
| 2019 | Natur Kommunikatiounen | Ganz-Genom Resequencing enthält Brassica napus Hierkonft a genetesch Loci involvéiert a senger Verbesserung |
| 2020 | PNAS | D'evolutionär Hierkonft an Domestikatiounsgeschicht vu Goldfësch (Carassius auratus) |
| 2021 | Planz Biotechnologie Journal | Referenzgenome vun den zwou kultivéierte Jute Arten |
| 2021 | Planz Biotechnologie Journal | Genomesch Ënnerschrëfte vu Geméis- an Ueleg-allopolyploid Brassicajuncea a genetesch Loci déi d'Akkumulation vu Glucosinolate kontrolléieren |
| 2019 | Molekulare Planz | Ganz-Genom Resequencing vun enger weltwäiter Sammlung vu Raps-Bäitrëtter weist d'genetesch Basis vun hirer Ökotyp Divergenz |
| 2022 | Horticulture Fuerschung | Genom-breet Associatiounsanalyse bitt molekulare Abléck an déi natierlech Variatioun vun der Waassermeloun Som Gréisst |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genome-breet Associatiounsstudie identifizéiert Varianten vu GhSAD1 déi kal Toleranz a Koteng vermëttelen |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genom-breet Associatiounsstudie an Transkriptomverglach verroden nei QTL a Kandidatgenen déi d'Bléiebliedergréisst bei Raps kontrolléieren |
