GENOME EVOLUTION, PANGENOME
Wat ass Pan-Genom?
Accumuléiert Beweiser weisen datt Varianz tëscht verschiddene Stämme vun enger Spezies enorm ka sinn.Een eenzegt Genom ass wäit net genuch fir dat ganzt Bild vun der genetescher Informatioun vun enger eenzeger Spezies ze kréien.Den Zweck vun der Pan-Genome Studie ass eng méi ëmfaassend genomesch Grafik vun enger Spezies ze kréien an d'Relatiounen tëscht Eegeschaften an genetesche Coden ze dekodéieren andeems d'Genom de novo Assemblée vu ville Stämme féiert, wat e méi déif a méi breet Mining vun de Variatiounen erlaabt.
Trends vun der Pan-Genom Studie
Figur 1 D'Trends vun publizéiert Fuerschung Aarbechten vun Pan-genome.
Notiz: D'Figur weist d'Resultat fir "Pan-Genome" als Schlësselwuert ze huelen fir d'Titele vun Artikelen ze sichen déi an Nature, Cell and Science Serien Journalen publizéiert goufen
a.Liesunge vu multiple Proben ginn op eng Referenz ausgeriicht an net ausgeriicht ginn an neie Contigs zesummegesat.Andeems Dir dës Roman Contigs zu der ursprénglecher Referenzsequenz bäidréit, kann eng Pangenome Referenz konstruéiert ginn.Dispensable Regioune gi bestëmmt baséiert op Kartéierung vun all Liesungen zréck op de Pangenome.
b.De novo Assemblée vun de Genome vu multiple Bäitrëtter erlaabt ganz Genom Ausrichtung Approche fir dispensabel genomesch Regiounen z'identifizéieren.
c.Eng Pan-Genom Grafik kann aus ganz Genom Ausrichtungen oder duerch de novo Grafikversammlung konstruéiert ginn, déi effizient Variantinformatioun vu verzichtbare Regiounen als eenzegaarteg Weeër duerch d'Grafik späichert.
Wéi bauen ech e Pan-Genom?
Figur 2 Verglach vun Pan-Genom Approche1
a.Liesunge vu multiple Proben ginn op eng Referenz ausgeriicht an net ausgeriicht ginn an neie Contigs zesummegesat.Andeems Dir dës Roman Contigs zu der ursprénglecher Referenzsequenz bäidréit, kann eng Pangenome Referenz konstruéiert ginn.Dispensable Regioune gi bestëmmt baséiert op Kartéierung vun all Liesungen zréck op de Pangenome.
b.De novo Assemblée vun de Genome vu multiple Bäitrëtter erlaabt ganz Genom Ausrichtung Approche fir dispensabel genomesch Regiounen z'identifizéieren.
c.Eng Pan-Genom Grafik kann aus ganz Genom Ausrichtungen oder duerch de novo Grafikversammlung konstruéiert ginn, déi effizient Variantinformatioun vu verzichtbare Regiounen als eenzegaarteg Weeër duerch d'Grafik späichert.
Kuerzem publizéiert Pan-Genomen
● Vergewaltegung Pan-Genomen2
● Tomate Pan-Genomen 3
● Rice Pan -genom4
● Sonneblummen Pan-Genom5
● Soja Pan-Genom 6
● Rice Pan-Genom7
● Gerste Pan-Genom8
● Weess Pan-Genom9
● Sorghum Pan-Genom10
● Phytoplankton Pan-Genom11
Referenz
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant Pan-Genomen sinn déi nei Referenz.Nat Planzen.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Aacht qualitativ héichwäerteg Genome verroden Pan-Genom Architektur an Ökotypdifferenzéierung vu Brassica napus.Nat Planzen.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Den Tomate Pan-Genom entdeckt nei Genen an e selten Allele reguléierend Uebstaroma.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-Genom Analyse beliicht d'Ausmooss vun der genomescher Variatioun am kultivéierten a wilde Reis [publizéiert Korrektur erschéngt am Nat Genet.2018 Aug;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Sonneblummen Pan-Genom Analyse weist datt Hybridiséierung den Geninhalt a Krankheetresistenz geännert huet.Nat Planzen.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genom vu Wëllen a Kultivéiert Sojabohnen.Zell.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Pan-Genom Analyse vun 33 genetesch divers Räis Bäitrëtter verroden verstoppte genomesch Variatiounen [online publizéiert virum Drock, 2021 Mee 25].Zell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.De Gerste Pan-Genom weist déi verstoppt Legacy vun der Mutatiounszucht op.Natur.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Multiple Weessgenomen verroden global Variatioun an der moderner Zucht.Natur.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Extensiv Variatioun am Pan-Genom vu kultivéierten a wëlle Sorghum [online virum Drock publizéiert, 2021 Mee 20].Nat Planzen.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton Pangenome weist extensiv prokaryotesch horizontalen Gentransfer vu verschiddene Funktiounen.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Verëffentlecht 2020 Apr 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Post Zäit: Jan-04-2022