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Neiegkeeten

T2T GENOME Assemblée, GAP GRATIS GENOM

1stZwee Rice Genomen1

Titel: Assemblée a Validatioun vun zwee Gap-gratis Referenz Genome fir Xian / Indica Rice verroden Abléck an Plant Centromere Architektur

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Gepost Zäit: Januar 01, 2021.

Institut: Huazhong Agricultural University, China

Materialien

O. sativa xian/indicaReissorten 'Zhenshan 97 (ZS97)' an 'Minghui 63 (MH63)

Sequenzéierungsstrategie

NGS liest + HiFi liest + CLR liest + BioNano + Hi-C

Daten:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi liest + 48,39 Gb (~ 131x) CLR liest + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys Zellen

MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi liest + 48,97 Gb (~132x) CLR liest + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys Zellen

Figur-1

Figur 1 Zwee spaltfräi Genome vu Reis (MH63 an ZS97)

2ndBananen Genom2

Titel: Telomere-zu-Telomer gapless Chromosomen vun Bananen mat Nanopore Sequenzéierung

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Gepost Zäit: Abrëll 17, 2021.

Institut: Université Paris-Saclay, Frankreich

Materialien

Duebel haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)

Sequenzéierungsstrategie an Daten:

HiSeq2500 PE250 Modus + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optesch Kaart (DLE-1+BspQ1)

Dësch 1 Verglach vun Musa acuminata (DH-Pahang) Genom Versammlungen

Table1-Vergläicher-vun-GRCh38-an-T2T-CHM13-Mënsch-Genom-Versammlungen
Figur-Musa-Genomen-Architektur-Vergläich

Figur 2 Musa Genomes Architektur Verglach

3rdPhaeodactylum tricornutum genom3

Titel: Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée vunP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Gepost Zäit: Mee 04, 2021

Institut: Western University, Kanada

Materialien

Phaeodactylum tricornutum(Kultursammlung vun Algen a Protozoen CCAP 1055/1)

Sequenzéierungsstrategie an Daten:

1 Oxford Nanopore minION Flowzelle + eng 2 × 75 Pair-End Mid-Output NextSeq 550 Run

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Figur 3 Workflow fir Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée

4thMënsch CHM13 Genom4

Titel: Déi komplett Sequenz vun engem mënschleche Genom

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Gepost Zäit: Mee 27, 2021

Institut: National Institutes of Health (NIH), USA

Material: Zell Linn CHM13

Sequenzéierungsstrategie an Daten:

30 × PacBio kreesfërmeg Konsens Sequencing (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ultra-laang Liessequenzéierung, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Genomics Hi-C (Hi-C) an Strand-seq

Table 2 Verglach vu GRCh38 an T2T-CHM13 mënschlecht Genom Versammlungen

Dësch-Vergläicher-vun-Musa-acuminata-DH-Pahang-genom-Versammlungen

Referenz

1.Sergey Nurk et al.Déi komplett Sequenz vun engem mënschleche Genom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Telomere-zu-Telomere gapless Chromosomen vun Bananen mat Nanopore Sequenzéierung.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée vum Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4. Jia-Ming Song et al.Assemblée a Validatioun vun zwee Gap-gratis Referenz Genome fir Xian / Indica Rice Reveals Abléck an Plant Centromere Architektur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Post Zäit: Jan-06-2022

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