T2T GENOME Assemblée, GAP GRATIS GENOM
1stZwee Rice Genomen1
Titel: Assemblée a Validatioun vun zwee Gap-gratis Referenz Genome fir Xian / Indica Rice verroden Abléck an Plant Centromere Architektur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gepost Zäit: Januar 01, 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, China
Materialien
O. sativa xian/indicaReissorten 'Zhenshan 97 (ZS97)' an 'Minghui 63 (MH63)
Sequenzéierungsstrategie
NGS liest + HiFi liest + CLR liest + BioNano + Hi-C
Daten:
ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi liest + 48,39 Gb (~ 131x) CLR liest + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys Zellen
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi liest + 48,97 Gb (~132x) CLR liest + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys Zellen
Figur 1 Zwee spaltfräi Genome vu Reis (MH63 an ZS97)
2ndBananen Genom2
Titel: Telomere-zu-Telomer gapless Chromosomen vun Bananen mat Nanopore Sequenzéierung
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Gepost Zäit: Abrëll 17, 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Frankreich
Materialien
Duebel haploidMusa acuminatasppmalacensis(DH-Pahang)
Sequenzéierungsstrategie an Daten:
HiSeq2500 PE250 Modus + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optesch Kaart (DLE-1+BspQ1)
Dësch 1 Verglach vun Musa acuminata (DH-Pahang) Genom Versammlungen
Figur 2 Musa Genomes Architektur Verglach
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Titel: Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée vunP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Gepost Zäit: Mee 04, 2021
Institut: Western University, Kanada
Materialien
Phaeodactylum tricornutum(Kultursammlung vun Algen a Protozoen CCAP 1055/1)
Sequenzéierungsstrategie an Daten:
1 Oxford Nanopore minION Flowzelle + eng 2 × 75 Pair-End Mid-Output NextSeq 550 Run
Figur 3 Workflow fir Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée
4thMënsch CHM13 Genom4
Titel: Déi komplett Sequenz vun engem mënschleche Genom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Gepost Zäit: Mee 27, 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), USA
Material: Zell Linn CHM13
Sequenzéierungsstrategie an Daten:
30 × PacBio kreesfërmeg Konsens Sequencing (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ultra-laang Liessequenzéierung, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano Genomics Hi-C (Hi-C) an Strand-seq
Table 2 Verglach vu GRCh38 an T2T-CHM13 mënschlecht Genom Versammlungen
Referenz
1.Sergey Nurk et al.Déi komplett Sequenz vun engem mënschleche Genom.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Telomere-zu-Telomere gapless Chromosomen vun Bananen mat Nanopore Sequenzéierung.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée vum Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Assemblée a Validatioun vun zwee Gap-gratis Referenz Genome fir Xian / Indica Rice Reveals Abléck an Plant Centromere Architektur.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Post Zäit: Jan-06-2022