Laang net-coding sequencing-Illumina
Service Virdeeler
● Service Virdeeler
● Cellular a Tissue spezifesch
● Spezifesch Etapp dréckt a presentéiert dynamesch Ausdrock änneren
● Präzis Mustere vum Zäit- a Raumausdrock
● Gemeinsam Analyse mat mRNA Daten.
● BMKCloud-baséiert Resultat Liwwerung: Personnaliséierten Datemining verfügbar op der Plattform.
● After-sale-Servicer gëlteg fir 3 Méint nom Ofschloss vum Projet
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
| Bibliothéik | Plattform | Recommandéiert Donnéeën | Daten QC |
| rRNA Ausschöpfung | Illumina PE150 | 10 gb | Q30≥85% |
| Konzentratioun (ng/μl) | Betrag (μg) | Rengheet | Integritéit |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | Fir Planzen: RIN≥6,5; Fir Déieren: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitéiert oder keng Basislinn Héicht |
Nukleotiden:
Tissue: Gewiicht (dréchen): ≥1 g
* Fir Tissue méi kleng wéi 5 mg, empfeelen mir Flash gefruerene (a flëssege Stickstoff) Tissueprobe ze schécken.
Zellsuspension: Zellzuel = 3 × 107
* Mir recommandéieren gefruer Zell lysate ze Schëff.Am Fall datt Zelle méi kleng wéi 5 × 10 zielt5, Flash gefruer a flëssege Stickstoff ass recommandéiert.
Bluttprouwen:
PA × geneBloodRNATube;
6 ml LTRIzol an 2 ml Blutt (TRIzol: Blutt = 3:1)
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Sendung:
1.Dry-Äis: Echantillon mussen an Poschen gepackt ginn an an dréchen-Äis begruewe ginn.
2.RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierungsröhre gedréchent ginn (zB RNAstable®) a bei Raumtemperatur verschéckt ginn.
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
RNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Bioinformatik
1.LncRNA Klassifikatioun
LncRNA virausgesot vun de véier Software uewendriwwer goufen an 4 Kategorien klasséiert: lincRNA, Anti-Sinn-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA Klassifikatioun war am histogram ënnendrënner gewisen.
LncRNA Klassifikatioun
2.Cis-gezielt Genen vun DE-lncRNA Beräicherung Analyse
ClusterProfiler gouf an der GO Beräicherung Analyse op cis-geziilt Genen vun differentiell ausgedréckt LncRNA (DE-lncRNA) beschäftegt, a punkto biologesche Prozesser, molekulare Funktiounen a celluläre Komponenten.GO Beräicherung Analyse ass e Prozess fir DEG-geriicht wesentlech beräichert GO Begrëffer ze identifizéieren am Verglach zum ganze Genom.Déi beräichert Begrëffer goufen am Histogramm, Bubble Chart, asw presentéiert wéi hei ënnendrënner.
Cis-geziilt Genen vun DE-lncRNA Beräicherung Analyse -Bubble Chart
3. Andeems Dir d'Längt, d'Exonnummer, d'ORF an d'Ausdrockbetrag vu mRNA an lncRNA vergläicht, kënne mir d'Differenzen an der Struktur, der Sequenz an sou weider tëscht hinnen verstoen, an och verifizéieren ob de Roman lncRNA, dee vun eis virausgesot gëtt, den allgemenge Charakteristiken entsprécht.
BMK Fall
Dereguléierte lncRNA Ausdrocksprofil an de Maus Lunge Adenocarcinome mat KRAS-G12D Mutatioun a P53 Knockout
Verëffentlecht:Journal of Cellular and Molecular Medicine.2019
Sequenzéierungsstrategie
Illumina
Prouf Sammlung
D'NONMMUT015812-Knockdown KP (shRNA-2) Zellen an negativ Kontroll (sh-Scr) Zellen goufen am Dag 6 vun enger spezifescher viraler Infektioun kritt.
Schlëssel Resultater
Dës Etude ënnersicht déi aberrantly ausgedréckt lncRNAs an der Maus Longen adenocarcinoma mat P53 Knockout an der KrasG12D Mutatioun.
1.6424 lncRNAs sech differentiell ausgedréckt (≥ 2-fantastesch änneren, P VerfÜgung & Si besteet; 0,05).
2.Among all 210 lncRNAs (FC≥8), 11 lncRNAs Ausdrock war vun P53 reglementéiert, 33 lncRNAs vun KRAS an 13 lncRNAs vun hypoxia an der Primärschoul KP Zellen, respektiv.
3.NONMMUT015812, déi bemierkenswäert up-reguléiert an der Maus Lunge Adenocarcinoma an negativ vun der P53 Re-Ausdrock reglementéiert gouf, gouf festgestallt fir seng cellulär Funktioun ze analyséieren.
4.Knockdown vun NONMMUT015812 vun shRNAs ofgeholl Prolifératioun a Migratioun Fähegkeeten vun KP Zellen.NONMMUT015812 war e potenziellen Onkogen.
 KEGG Wee Analyse vun den differentiell ausgedréckte Genen an den NONMMUT015812-Knockdown KP Zellen |  Gene Ontologie Analyse vun den differentiell ausgedréckte Genen an den NONMMUT015812-Knockdown KP Zellen |
Referenz
Dereguléierte lncRNA Ausdrocksprofil an de Maus Lunge Adenocarcinome mat KRAS-G12D Mutatioun a P53 Knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
