Hi-C baséiert Genom Assemblée
Service Virdeeler
Iwwersiicht vun Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.Wëssenschaft, 2009)
● Kee Besoin bei der Konstruktioun vun der genetescher Bevëlkerung fir Contig Verankerung;
● Méi héich Markéierer Dicht féiert zu méi héije Contigs Verankerungsverhältnis op iwwer 90%;
● Erlaabt Evaluatioun a Korrekturen op existente Genomversammlungen;
● Kuerzter Tour-around Zäit mat méi héijer Genauegkeet an der Genommontage;
● Abundant Erfahrung mat iwwer 1000 Hi-C Bibliothéiken gebaut fir iwwer 500 Arten;
● Iwwer 100 erfollegräich Fäll mat accumulative publizéiert Impakt Faktor vun iwwer 760;
● Hi-C baséiert Genom Assemblée fir polyploid Genom, 100% Verankerungsquote gouf am fréiere Projet erreecht;
● In-House Patenter a Software Copyright fir Hi-C Experimenter an Datenanalyse;
● Self-entwéckelt visualized Daten tuning Software, erméiglecht manuell Spär Plënneren, ëmgedréint, zréckzéien an nees.
Service Spezifikatioune
|
Bibliothéik Typ
|
Plattform | Liesen Längt | Recommandéieren Strategie |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatik Analysen
● Raw Daten Qualitéitskontroll
● Hi-C Bibliothéik Qualitéitskontroll
● Hi-C baséiert Genom Assemblée
● Post-Versammlung Evaluatioun
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
Sample Ufuerderunge:
| Déier | Pilz | Planzen
|
| Gefruer Tissu: 1-2g pro Bibliothéik Zellen: 1x 10^7 Zellen pro Bibliothéik | Gefruer Tissu: 1g pro Bibliothéik | Gefruer Tissu: 1-2g pro Bibliothéik
|
| * Mir recommandéieren op d'mannst 2 Aliquots (1 g all) fir den Hi-C Experiment ze schécken. | ||
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Fir déi meescht Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren.
Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert sinn an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform.
Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
DNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
*Demo Resultater hei gewisen sinn all aus Genome publizéiert mat Biomarker Technologies
1.Hi-C Interaktioun Hëtzt Kaart vunCamptotheca acuminatagenom.Wéi op der Kaart gewisen, ass d'Intensitéit vun Interaktiounen negativ mat der linearer Distanz korreléiert, wat eng héich präzis Chromosom-Niveau Assemblée weist.(Verankerungsverhältnis: 96,03%)
Kang M et al.Natur Kommunikatiounen, 2021
2.Hi-C erliichtert d'Validatioun vun inversions tëschtGossypium hirsutumL. TM-1 A06 anG. Arboreumchr06
Yang Z et al.Naturkommunikatioun, 2019
3.Assemblée a biallelesch Differenzéierung vum Kassava Genom SC205.Hi-C Hëtztkaart weist kloer Spaltung an homologe Chromosomen.
Hu W et al.,Molekulare Planz, 2021
4.Hi-C Hëtztkaart op zwou Ficus Arten Genom Assemblée:F.microcarpa(ankeren Verhältnis: 99,3%) anF.hispida (Verankerungsverhältnis: 99,7%)
Zhang X et al.Zell, 2020
BMK Fall
Genome vum Banyan Tree a Pollinator Wasp bidden Abléck an Fig-Wesp Coevolution
Verëffentlecht: Zell, 2020
Sequenzéierungsstrategie:
F. microcarpa Genom: ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaGenom: ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataGenom: ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Schlëssel Resultater
1.Two Banyan Bam Genomen an ee Pollinator Wasp Genom goufe mat PacBio Sequencing, Hi-C a Linkage Kaart konstruéiert.
(1)F. microcarpaGenom: Eng Versammlung vu 426 Mb (97,7% vun der geschätzter Genomgréisst) gouf mat contig N50 vun 908 Kb, BUSCO Score vun 95,6% etabléiert.Am Ganzen goufen 423 Mb Sequenzen op 13 Chromosomen duerch Hi-C verankert.Genom Annotatioun huet 29,416 Protein-kodéierend Genen erginn.
(2)F. HispidaGenom: Eng Assemblée vun 360 Mb (97,3% vun geschätzte Genom Gréisst) war nozeginn mat contig N50 vun 492 Kb an BUSCO Score vun 97,4%.Insgesamt 359 Mb Sequenzen goufen op 14 Chromosomen duerch Hi-C verankert an héich identesch mat High-Density Linkage Map.
(3)Eupristina verticillataGenom: Eng Versammlung vun 387 Mb (Geschätzte Genomgréisst: 382 Mb) gouf mat contig N50 vun 3,1 Mb a BUSCO Score vun 97,7% etabléiert.
2.Comparative Genomics Analyse huet grouss Zuel vu Strukturvariatiounen tëscht zwee opgedecktFicusGenomen, déi eng wäertvoll genetesch Ressource fir adaptiv Evolutiounsstudien geliwwert hunn.Dës Studie, fir d'éischte Kéier, huet Abléck an Fig-Wesp Coevolutioun um genomesche Niveau geliwwert.
 Circos Diagramm iwwer genomesch Feature vun zweeFicusGenomen, dorënner Chromosomen, segmental Duplikatioune (SDs), Transposonen (LTR, TEs, DNA TEs), Genausdrock a Synteny |  Identifikatioun vum Y-Chromosom a Geschlechtbestëmmung Kandidat Gen |
Zhang, X., et al."Genomen vum Banyan Tree a Pollinator Wasp bidden Abléck an Fig-Wesp Coevolution."Zell 183.4 (2020).
