Evolutionär Genetik

Evolutiounsgenetik ass e gepackte Sequenzéierungsservice entworf fir eng ëmfaassend Interpretatioun iwwer evolutiver Informatioun vu bestëmmte Materialien op Basis vu genetesche Variatiounen ze bidden, dorënner SNPs, InDels, SVs an CNVs.Et gëtt all fundamental Analyse néideg fir eng beschreiwen evolutive Ännerungen an genetesch Fonctiounen vun Populatiounen, wéi Bevëlkerung Struktur, genetesch Diversitéit, phylogeny Relatiounen, etc.

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Demo Resultater

Fall Studie

Service Virdeeler

Takagi et al.,D'Planz Journal, 2013

● Schätzung vun Arten Divergenz Zäit a Geschwindegkeet baséiert op Variatiounen um Nukleotid- an Aminosaierniveau
● Entdeckung vu méi zouverlässeg phylogenetesch Bezéiung tëscht Arten mat miniméierten Afloss vun der konvergenter Evolutioun a paralleler Evolutioun
● Konstruktioun vun Linken tëscht genetesch Verännerungen a Phänotypen fir charakteristesch Genen z'entdecken
● Schätzung vun der genetescher Diversitéit, déi evolutiv Potential vun Arten reflektéiert
● Méi séier Turnaround Zäit
● Extensiv Erfahrung: BMK huet massiv Erfahrung an Bevëlkerung an evolutiv Zesummenhang Projeten fir iwwer 12 Joer gesammelt, Honnerte vun Arten, etc.

Service Spezifikatioune

Materialien:

Normalerweis ginn op d'mannst dräi Ënnerpopulatiounen (zB Ënnerarten oder Stämme) recommandéiert.All Ënnerbevëlkerung soll net manner wéi 10 Individuen enthalen (Pflanzen ＞15, kënne fir selten Arten reduzéiert ginn).

Sequenzéierungsstrategie:

* WGS ka fir Arten mat héichqualitativen Referenzgenom agestallt ginn, während SLAF-Seq applicabel ass fir Arten entweder mat oder ouni Referenzgenom, oder Referenzgenom vu schlechter Qualitéit.

Uwendbar fir Genomgréisst	WGS	SLAF-Tag (×10.000)
≤ 500 Mb	10 × / eenzel	WGS ass méi recommandéiert
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformatik Analysen

● Evolutiounsanalyse

● Selektiv Auswee

● Gene Flux

● Demographesch Geschicht

● Divergenz Zäit

Prouf Ufuerderunge a Liwwerung

Sample Ufuerderunge:

Arten	Tissue	WGS-NGS	SLAF
Déier	Visceral Tissu	0,5-1g	0,5g vun
	Muskelgewebe
	Mamendéieren Blutt	1,5 ml	1,5 ml
	Gefligel / Fësch Blutt
Planzen	Frësch Leaf	1 ~ 2g	0,5-1g
	Bléieblieder / Stamm
	Root / Seed
Zellen	Kultivéiert Zell

gDNA

Konzentratioun
(ng/ul)

Betrag

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Service Work Flow

Experimenter Design

Echantillon Liwwerung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

No-Verkaf Servicer

virdrun: Bulk Segregant Analyse

Nächste: Metabolomics

*Demo Resultater hei gewisen sinn all aus Genome publizéiert mat BMKGENE

1.Evolution Analyse enthält Konstruktioun vun phylogenetic Bam, Populatioun Struktur an PCA baséiert op genetesch Variatiounen.

Phylogenetesche Bam representéiert taxonomesch an evolutiv Bezéiungen tëscht Arten mat gemeinsame Virfahren.
PCA zielt d'Proximitéit tëscht Ënnerpopulatiounen ze visualiséieren.
Bevëlkerungsstruktur weist d'Präsenz vun genetesch ënnerscheeden Ënnerbevëlkerung a punkto Allele Frequenzen.

3-1Phylogenetesch-Bam 3-2 PCA 3-3 Bevëlkerungsstruktur

Chen, et al.al.,PNAS, 2020

2.Selektiv Schwäif

Selektiv Sweep bezitt sech op e Prozess, duerch deen e avantagéise Site ausgewielt gëtt an d'Frequenze vu verlinkte neutrale Site erhéicht ginn an déi vun net verlinkte Siten erofgaange sinn, wat zu enger Reduktioun vun der regionaler resultéiert.

Genom-breet Detektioun op selektiven Schweessregiounen gëtt veraarbecht andeems d'Bevëlkerungsgenetesch Index (π，Fst, Tajima's D) vun all SNPs bannent enger Schieberfenster (100 Kb) a bestëmmte Schrëtt (10 Kb) berechnen.

Nukleotid Diversitéit (π)
4 Nukleotid-Diversitéit (π)

Tajima D
5 Tajima's-D

Fixatiounsindex (Fst)

6 Fixatiounsindex (Fst)

Wu, et al.al.,Molekulare Planz, 2018

3.Gene Flow

7 Gene-Flow

Wu, et al.al.,Molekulare Planz, 2018

4.Demographesch Geschicht

8 Demographie-Geschicht

Zhang, et al.al.,Natur Ökologie & Evolutioun, 2021

5.Divergenz Zäit

9 Divergenz-Zäit

Zhang, et al.al.,Natur Ökologie & Evolutioun, 2021

BMK Fall

Eng genomesch Variatiounskaart gëtt Abléck an d'genetesch Basis vun der Selektioun vum Fréijoer Chinesesch Kabes (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Verëffentlecht: Molekulare Planz, 2018

Sequenzéierungsstrategie:

Resequencing: sequencing Déift: 10×

Schlëssel Resultater

An dëser Etude, goufen 194 Chinese Kabes veraarbecht fir Re-Sequencen mat duerchschnëttlech Déift vun 10 ×, déi 1,208,499 SNPs an 416,070 InDels nozeginn.Phylogenetesch Analyse op dësen 194 Linnen huet gewisen datt dës Linnen an dräi Ökotypen opgedeelt kënne ginn, Fréijoer, Summer an Hierscht.Zousätzlech hunn d'Bevëlkerungsstruktur an d'PCA Analyse uginn datt de Fréijoerschinesesche Kabes aus engem Hierschtkohl zu Shandong, China stamen.Dës goufen duerno a Korea a Japan agefouert, mat lokalen Linnen gekräizt an e puer spéit-bolting Varietéiten vun hinnen goufen zréck a China agefouert a gouf schlussendlech Fréijoer Chinese Kabes.

Genome-breet Scannen op Fréijoer Chinese Kabes an Hierscht Kabes op Auswiel verroden 23 genomic loci déi duerch eng staark Auswiel gaangen sinn, zwee vun deenen goufen iwwerlappt mat bolting-Zäit Kontroll Regioun baséiert op QTL-Mapping.Dës zwou Regioune goufen fonnt Schlësselgenen ze enthalen déi Blummen regelen, BrVIN3.1 a BrFLC1.Dës zwee Genen goufen weider bestätegt datt se an der Boltzäit involvéiert sinn duerch Transkriptomstudie an transgenen Experimenter.

Populatioun Struktur Analyse op Chinese Kabes

Genetesch Informatioun iwwer d'Auswiel vu chinesesche Kabes

Referenz

Tongbing, et al."Eng Genomesch Variatiounskaart bitt Abléck an d'genetesch Basis vum Fréijoer Chinesesch Kabes (Brassica rapa ssp.pekinensis) Selektioun."Molekulare Planzen,11 (2018): 1360-1376.