Produiten

DNA / RNA Sequencing -PacBio Sequencer

PacBio Sequencing Plattform ass eng laang gelies Sequencing Plattform, déi och als eng vun den Drëtte Generatioun Sequencing (TGS) Technologien bekannt ass.D'Kärtechnologie, Single-Molekül Echtzäit (SMRT), erméiglecht d'Generatioun vu Liesungen mat zéng Kilo-Basis an der Längt.Op Basis vun "Sequencing-by-Synthesis" gëtt eng eenzeg Nukleotid-Resolutioun duerch Zero-Modus Waveguide (ZMW) erreecht, wou nëmme limitéiert Volumen um Buedem (Site vun der Molekülsynthese), beliicht ass.Zousätzlech vermeit SMRT Sequenzéierung gréisstendeels Sequenzspezifesch Bias am NGS System, an datt déi meescht PCR Amplifikatiounsschrëtt net am Bibliothéikskonstruktiounsprozess erfuerderlech sinn.

Plattform: Sequel II, Revio

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Demo Resultater

Eegeschaften

Zwee Sequenzéierungsmodi um PacBio Sequencer: Continuous Long Read (CLR) a Circular Consensus Read (CCS)

Sequenzéierungsmodus

Bibliothéik Gréisst

Theoretesch DonnéeënYield (pro Zell)

Single-BasisGenauegkeet

Uwendungen

CLR

20Kb, 30Kb, etc.

80 Gb bis 130 Gb

ca.85%

De neie, SV Opruff, etc.

CCS

15-20 Kb

14 bis 40 Gb/Zell (Sequel II)

70 bis 110 Gb/Zell (Revio)

Hänkt vun de Proben of

ca.99%

De neie, SNP/Indel/SV ruffen, Iso-Seq,

Verglach vun der Leeschtung an Fonctiounen vun Revio an Sequel II

Konditioune	Sequel II System	Revio System	Erhéijung
Méi héich Dicht	8 Milliounen ZMWs	25 Milliounen ZMWs	3x
Onofhängeg Etappen	1	4	4x
Méi kuerz Lafzäiten	30 Stonnen	24 Stonnen	1, 25x
30X HiFi Mënsch Genomen / Joer	88	1.300	15x insgesamt

Service Virdeeler

● Iwwer 8 Joer Erfahrung op PacBio Sequenzéierungsplattform mat Dausende vu zouene Projete mat verschiddenen Arten.

● Voll equipéiert mat de leschten PacBio Sequencing Plattformen, Revio fir genuch Sequenzéierungsduerchgang ze garantéieren.

● Méi séier Wendungszäit, méi héich Datenaustausch a méi genee Daten.

● Bei Honnerte vu PacBio-baséiert Publikatiounen bäigedroen.

Prouf Ufuerderunge

Beispill Typ

Betrag

Konzentratioun (Qubit®)

Volumen

Rengheet

Anerer

Genomesch DNA

Hänkt vun Daten Ufuerderung

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1.8-2.5;
Kloer Peak bei 260 nm,keng Kontaminatioune

Konzentratioun muss duerch Qubit a Qubit / Nanopore = 0,8-2,5 gemooss ginn

Total RNA

≥ 1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;keng Kontaminatioune

RIN Wäert ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Service Workflow

Probe Virbereedung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

Projet Liwwerung

virdrun: OEM Hiersteller Mrna Sequencing Service - Laang net-kodéierend Sequencing-Illumina - Biomarker

Nächste: Illumina an BGI

1.In-Haus Data Yield

Daten generéiert aus 63 CCS Zellen (vu 26 Arten)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Duerchschnëtt	Max	Min	Median
Yield - Ënnerliesungen (Gb)	421.12	544,27	221,38	426,58
Yiled - CCS(Gb)	25,93	38,59	10,86	25.43
Polymerase N50	145.651	175.430	118,118	144.689
Subreads N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9 876	14.747
Duerchschnëtt Längt-Polymerase	67.995	89,379	49,664	66,433
Duerchschnëtt Längt-Subreads	15.866	21.036	11.657	16.012
Duerchschnëtt Längt-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

Daten generéiert vu 16 CLR Zellen (vu 76 Arten)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Duerchschnëtt	Max	Min	Median
Yield - Ënnerliesungen (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polymerase N50	39.456	121,191	15.389	35,231
Subreads N50	28.490	41,012	14.430	29.063
Duerchschnëtt Längt-Polymerase	22.063	48.886	8 747	21.555
Duerchschnëtt Längt-Subreads	17.720	27.225	8,293	17.779

2.Daten QC - DemoStatistiken iwwer d'Datenausgab

Prouf	ccs Liest Num	Total ccs Base (bp)	ccs liest N50 (bp)	ccs Mëttellängt (bp)	ccs längsten Lies (bp)	subreads Basen (bp)	ccs Taux (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36,110	863,326,330,465	6.27