Comparative Genomics

Comparativ Genomik bedeit wuertwiertlech déi komplett Genomsequenzen a Strukture vu verschiddenen Arten ze vergläichen.Dës Disziplin zielt d'Arten Evolutioun, Genfunktioun, Genreguléierungsmechanismus um Genom Niveau z'entdecken andeems d'Sequenzstrukturen an Elementer z'identifizéieren déi iwwer verschidden Arten konservéiert oder differenzéiert sinn.Typesch komparativ Genomikstudie enthält Analysen an der Genfamill, evolutiv Entwécklung, ganz Genom Duplikatioun, selektiven Drock, etc.

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Demo Resultater

Fall Studie

Service Virdeeler

● Comprehensive Analysen Package, mat den aacht meescht erfuerderlech Analysen

● Héich Zouverlässegkeet an der Analyse mat detailléierten a liicht verständlechen Interpretatioun op Resultater

● Gutt entworf prett-ze-publicéieren Zuelen

● Héichqualifizéiert Bioinformatik Team erfëllt verschidde personaliséiert Analysefuerderunge

● Kuerter Dréizäit mat méi héijer Genauegkeet an der Analyse

● Vill Erfahrung mat iwwer 90 erfollegräiche Fäll mat akkumulativen publizéierten Impaktfaktor vun iwwer 900

Service Spezifikatioune

Geschätzte Wendung Zäit

Zuel vun Arten

Analysen

30 schaffen Deeg

6-12

Gene Famill Clustering

Gene Famill Expansioun a Kontraktioun

Phylogenetesch Bamkonstruktioun

Divergenz Zäit Schätzung (Fossil Kalibratioun erfuerderlech)

LTR Insertion Zäit (Fir Planzen)

Ganz Genom Duplikatioun (Fir Planzen)

Selektiven Drock

Synteny Analyse

Bioinformatik Analysen

● Gene Famill

● Phylogenetik

● Divergenz Zäit

● Selektiven Drock

● Synteny Analyse

Prouf Ufuerderunge a Liwwerung

Sample Ufuerderunge:

Tissue oder DNA fir Genom Sequenzéierung an Assemblée

Fir Tissue

Arten	Tissue	Ëmfro	PacBio CCS
Déier	Visceral Tissu	0,5 ~ 1g	≥ 3,5g
	Muskelgewebe		≥ 3,5g
			≥ 5,0g
			≥ 5,0 ml
	Mamendéieren Blutt		≥ 5,0 ml
	Mamendéieren Blutt		≥ 0,5 ml
	Gefligel / Fësch Blutt		≥ 0,5 ml
Planzen	Frësch Leaf	1 bis 2g	≥ 5,0g
	Bléieblieder / Stamm	1 bis 2g	≥ 10,0g
	Root / Seed	1 bis 2g	≥ 20,0g
Zellen	Kultivéiert Zell	-	≥ 1 x 10⁸

Daten

Genom Sequenz Fichieren (.fasta) an Annotatioun Fichieren (.gff3) vun enk Zesummenhang Arten

Service Work Flow

Experimenter Design

Echantillon Liwwerung

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

No-Verkaf Servicer

virdrun: Evolutionär Genetik

Nächste: Bulk Segregant Analyse

*Demo Resultater hei gewisen sinn all aus Genome publizéiert mat Biomarker Technologies

1.LTR Insert Zäit Schätzung: D'Figur weist eng eenzegaarteg bimodal Verdeelung an LTR-RTs Insertion Zäiten am Weining Rye Genom, am Verglach mat aner Spezies.Dee leschten Héichpunkt ass viru ronn 0,5 Millioune Joer opgetaucht.

3LTR-Insertion-Time-Estimation-in-Weining-Roggen

Li Guang et al.Natur Genetik, 2021

2.Phylogenie a Genfamill Analyse op Chayote (Sechium edule): Duerch d'Analyse vun Chayote an déi aner 13 verwandte Spezies an der Genfamill, gouf Chayote am meeschte verbonnen mat Schlaange Kürbis (Trichosanthes anguina) fonnt.Chayote ofgeleet vu Schlangekierper a ronn 27-45 Mya a ganz Genom Duplikatioun (WGD) gouf am Chayote an 25±4 Mya observéiert, wat dat drëtt WGD Event an cucuibitaceae ass.

4Phylogenetesch-Bam-of-Chayote

Fu A et al.,Horticulture Fuerschung, 2021

3.Synteny Analyse: E puer Genen am Zesummenhang mat Phytohormonen an der Fruuchtentwécklung goufen an Chayote, Schlangekierper a Squash fonnt.D'Korrelatioun tëscht Chayote a Squash ass liicht méi héich wéi déi tëscht Chayote a Schlangekierper.

4Phylogenetesch-Bam-of-Chayote

Fu A et al.,Horticulture Fuerschung, 2021

4.Gene Famill Analyse: KEGG Beräicherung op Gene Famill Expansioun a Kontraktioun am G.thurberi an G.davidsonii Genome gewisen, datt Steroid Biosynthese an brassinosteroid Biosynthese Zesummenhang Genen erweidert goufen.

4Phylogenetesch-Bam-of-Chayote

Yang Z et al.BMC Biologie, 2021

5.Ganz Genom Duplikatiounsanalyse: 4DTV a Ks Verdeelungsanalyse weist ganz Genom Duplikatiounsevenement.Peaks vun intraspecies gewisen Duplikatiounsevenementer.Peaks vun interspecies gewisen speciation Evenementer.D'Analyse huet uginn datt am Verglach mat den aneren dräi enk verbonnen Arten, O. europaea duerch eng grouss Skala Genduplikatioun méi kuerzem gaangen ass.

4Phylogenetesch-Bam-of-Chayote

Rao G et al.,Horticulture Fuerschung, 2021

BMK Fall

Rose ouni Prickle: Genomesch Abléck verbonne mat Feuchtigkeitadaptatioun

Verëffentlecht: National Science Review, 2021

Sequenzéierungsstrategie:

'BasisThornless' (R.Wichurainan) Genom:
ca.93 X PacBio + ca.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Schlëssel Resultater

1.High Qualitéit R.wichuraiana Genom gouf benotzt laang-liesen sequencing Techniken gebaut, déi eng Assemblée vun 530,07 Mb nozeginn (Geschätzte Genom Gréisst war ongeféier 525,9 Mb vun Flux cytometry an 525,5 vun Genom Ëmfro; Heterozygosity war ongeféier 1.03%).BUSCO geschätzte Score war 93,9%.Am Verglach mam "Old Blush" (haploOB) gouf d'Qualitéit an d'Vollständegkeet vun dësem Genom bestätegt duerch Basis Single-Base Genauegkeet an LTR Assemblée Index (LAI = 20.03).R.wichuraiana Genom enthält 32.674 Proteinkodéierungsgenen.

2.Multi-Omics gemeinsame Analyse, besteet aus Comparativ Genomik, Transkriptomik, QTL Analyse vun der genetescher Bevëlkerung, huet déi entscheedend Spezifizéierung tëscht R. wichuraiana a Rosa chinensis opgedeckt.Och Ausdrockvariatioun vu verwandte Genen am QTL ware méiglecherweis mat Stammprickelmuster verbonnen.

7KEGG-Beräicherung-op-Gen-Famill-Expansioun-a-Kontraktioun

Vergläichend Genomics Analyse tëscht Basye;s Thornless a Rosa chinensis inklusiv Synteny Analyse, Genfamill Cluster, Expansioun a Kontraktioun Analyse, huet eng grouss Zuel vu Variatiounen opgedeckt, déi op entscheedend Eegenschafte bei Rosen bezéien.Déi eenzegaarteg Expansioun vun NAC an FAR1 /FRS Gentherapie Famill war ganz wahrscheinlech mat Resistenz zu schwaarz Fleck verbonne ginn.

81 Comparative-Genomics-Analysen-tëscht BT-an-OB 82 Comparative-Genomics-Analysen-tëscht BT-an-OB 83 Comparative-Genomics-Analysen-tëscht BT-an-OB