Bulk Segregant Analyse
Service Virdeeler
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Genau Lokalisatioun: Vermëschung vu Bulks mat 30+30 bis 200+200 Individuen fir den Hannergrondgeräusch ze minimiséieren;net-synonym Mutatanten-baséiert Kandidatregioun Viraussetzung.
● Iwwergräifend Analyse: Am-Déift Kandidat Genfunktioun Annotatioun, dorënner NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Méi séier Ëmlafzäit: Rapid Genlokaliséierung bannent 45 Aarbechtsdeeg.
● Extensiv Erfahrung: BMK huet zu Dausende vun Eegeschafte Lokalisatioun bäigedroen, déi verschidden Arten wéi Ernte, Waasserprodukter, Bësch, Blummen, Friichten, etc.
Service Spezifikatioune
Populatioun:
Segregéieren Nokomme vun Elteren mat opposéierend Phänotypen.
zB F2 Nokomme, Backcrossing (BC), Rekombinant inbred Linn (RIL)
Mëschung Pool
Fir qualitativ Eegeschaften: 30 bis 50 Persounen (minimum 20) / Bulk
Fir quantitativ Tratis: Top 5% bis 10% Individuen mat entweder extremen Phänotypen an der ganzer Bevëlkerung (minimum 30+30).
Recommandéiert Sequenzéierungsdéift
Op d'mannst 20X / Elterendeel an 1X / Nofolger individuell (zB fir Nofolger Mëschung vu 30+30 Individuen, Sequenzéierungsdéift wäert 30X pro Bulk sinn)
Bioinformatik Analysen
● Ganzen Genom Resequencing
● Datenveraarbechtung
● SNP / Indel Opruff
● Kandidat Regioun Duerchmusterung
● Kandidat Genfunktioun Annotatioun
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
Sample Ufuerderunge:
Nukleotiden:
| gDNA Echantillon | Tissue Prouf |
| Konzentratioun: ≥30 ng/μl | Planzen: 1-2 g |
| Betrag: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Déieren: 0,5-1 g |
| Rengheet: OD260/280= 1,6-2,5 | Ganz Blutt: 1,5 ml |
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
RNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
1.Associatioun Analyse Basis op Euklidescher Distanz (ED) fir Kandidatestatus z'identifizéieren.An der folgender Figur
X-Achs: Chromosomennummer;All Punkt representéiert en ED Wäert vun engem SNP.Déi Schwaarz Linn entsprécht dem ED-Wäert gepasst.E méi héije ED Wäert weist op eng méi bedeitend Associatioun tëscht dem Site an dem Phänotyp.Red Bindestrich Linn duerstellt Schwell vun bedeitendst Associatioun.
2.Associatioun Analyse baséiert kee SNP-Index
X-Achs: Chromosomennummer;All Punkt duerstellt SNP-Index Wäert.Déi schwaarz Linn steet fir ageriicht SNP-Index Wäert.Wat méi grouss de Wäert ass, wat méi bedeitend ass d'Associatioun.
BMK Fall
De Major-Effekt quantitativen Trait locus Fnl7.1 codéiert e spéiden Embryogenese reichend Protein assoziéiert mat Fruucht Halslängt an Gurken
Verëffentlecht: Planz Biotechnologie Journal, 2020
Sequenzéierungsstrategie:
Elteren (Jin5-508, YN): Ganzen Genom Resequencing fir 34× an 20×.
DNA Pools (50 Long-necked an 50 short-necked): Resequencing fir 61× an 52×
Schlëssel Resultater
An dëser Etude, Segregatioun Bevëlkerung (F2 an F2: 3) gouf generéiert duerch Kräizung laang-Hals Gurken Linn Jin5-508 a kuerz-Hals YN.Zwee DNA Poole goufen vun 50 extrem laangen Hals Individuen an 50 extrem kuerzen Hals Individuen konstruéiert.Major-Effekt QTL gouf op Chr07 duerch BSA Analyse an traditionell QTL Mapping identifizéiert.D'Kandidatregioun gouf weider verklengert duerch Feinkartéierung, Genausdrockquantifikatioun an transgen Experimenter, déi Schlësselgen bei der Kontroll vun der Halslängt, CsFnl7.1, opgedeckt hunn.Zousätzlech, war polymorphism zu CsFnl7.1 Promoteur Regioun fonnt mat entspriechend Ausdrock verbonne ginn.Weider phylogenetesch Analyse huet virgeschloen datt de Fnl7.1-Locus ganz wahrscheinlech aus Indien staamt.
 QTL-Mapping an der BSA Analyse fir d'Kandidatregioun ze identifizéieren, déi mat Gurken Halslängt ass |  LOD Profiler vun Gurken Hals-Längt QTL identifizéiert op Chr07 |
Xu, X, et al."De Major-Effekt quantitativen Trait locus Fnl7.1 codéiert e spéiden Embryogenese reichend Protein assoziéiert mat Fruuchthalslängt an Gurken."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
