Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Servitium Commoda
Progressio sequendi platforms et bioinformatics inde novoconventus genome
(Amarasinghe SL et al.Genome Biologia, 2020)
Novas genomas construere ac meliores existere genomas referentias pro speciebus usuris.
- Superioris accuratio, continuitas et perfectio in conventu
Constructio fundamentalis subsidii investigationis in serie polymorphismi, QTLs, gene edendi, generandi, etc.
● Instructus spectro pleno spectro tertiae generationis adlevatae sequen- tis: una-solutions solutionis genome conventus.
● Flexibile sequendo et congregando consilia varia genomes implens diversis features
Bigas bioinformaticae peritissimus cum magna experientia in contionibus genomatis complexis, in iis polyploides, genomes gigantes, etc.
Plus 100 casibus prosperis cum impulsu factor cumulativo edito super 900
● Circiter tempus quantum ad 3 menses pro chromosomatum genomorum conventus.
● Firmum technicum auxilium cum serie patentium ac programmatum in utroque latere experimentali et bioinformaticis.
Service Specifications
|
Content
|
Platform
|
Read Longitudo
|
Coverage
|
| Genome Survey
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome Sequencing
| PacBio Revio
| XV kb HiFi Reads
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Opus fluxus
Sample Requisita et Delivery
Sample Requisita:
| Species | TEXTUS | Nam PacBio | Nam Nanopore |
| Animalia | Organa viscerum (iecoris, lienis, etc.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Musculus | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Sanguis mammalium | ≥ 1.5 mL | ≥ 5.0 mL | |
| Sanguis piscium vel avium | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 mL | |
| Plantae | Folia nova | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal vel caule | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Radices vel seminibus | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Cellulae | Cellula cultura | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Sample Delivery commendatur
Continens: 2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
Pleraque enim exempla in ethanolo conservare non praecipimus.
Sample labeling: Exemplaria clare intitulata et identificari debent cum forma sample informationis subicienda.
Shipment: siccum-glacies: Exemplaria primum in saccis referta necesse est, et in siccitate glaciei condita.
Service Opus O
Experimentum design
Sample traditio
DNA extractionem
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
Eventus Demo* hic ostensi sunt omnes e genomes technologiae Biomarker editis
1.Circos in chromosomatum gradu genome congregationisG. rotundifoliumper Nanopore sequencing platform
Wang M et al.Biologiae hypotheticae et Evolutionis, 2021
2.Statistics de Weining secale genome collecta et annotationem
Li G et al.Natura Genetics, 2021
3.Gene praedictioSechium edulegenome, ex tribus modis praedictionis;De novopraenuntiatio, homologia, praenuntiatio et RNA-Seq notitia subnixa praedictio
Fu A et al.Investigatio horti, 2021
4.Identification of integra longi terminalis repetit in tribus bombicis genomes
Wang M et al.Biologiae hypotheticae et Evolutionis, 2021
5.Hi-C calor tabulaC. acuminatagenome showing genome-late all-by-all interactions.Intensio interationes Hi-C proportionalis est distantiae lineari inter contiguum.Recta linea munda in hac tabula caloris indicat ancora valde accurata contiguum in chromosomatum.(Contig ancoras ratio: 96.03%)
kang M et al.Natura Communicationum,2021
BMK Case
Summus qualitas genome conventus elucidat indolem genomicam siliginis et genesis agronomically magni momenti
Published: Natura Genetics, 2021
De consilio sequendo:
Genome conventus: PacBio CLR modus cum 20 kb bibliotheca (497 Gb, approx. 63×)
Sequence correction: NGS with 270 bp DNA library (430 Gb, approx. 54×) on Illumina platform
Contiguum ancorarum: Hi-C bibliothecam (560 Gb, approx. 71×) in suggestu Illumina
Tabula optica: (779.55 Gb, approx. 99×) in Bionano Irys
Eventus key
1. conventus Weiningi genome siliginis editus est cum summa genomarum magnitudine 7.74 Gb (98.74% mensurae genomae aestimatae cytometriae fluente).Scaevola N50 huius conventus consecutus est 1.04 Gb.93,67% contiguum in 7 pseudo-chromosomatum feliciter ancoris erant.Haec congregatio aestimata est per tabulas nexus, LAI et BUSCO, quae in omnibus aestimationes altae pereuntis consecutae sunt.
2. Praeterea studia de genomicis comparativis, tabula genetica seriei, studia transcriptomica in basi huius genome fiebant.Series notarum notarum genomicarum cognatarum patefacta sunt duplicationes genome-latae et earum impulsum in genesis amyli biosynthesi;physica ordinatio complexorum locorum prolaminarum, generum notarum expressionis primae lineae et putativae domesticationis - chromosomalium regionum et locorum in siligine associata.
 Circos diagram in genomic lineamentis Weining siliginis genome |  Synteny evolutionis et chromosomatum analyses siligo genome |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Princeps qualitas genome conventus elucidat indolem genomicam siliginis et genes agronomicae momenti.Nat Genet LIII.574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
