Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina

mRNA sequens sequentem generationem sequentem ars sequendi (NGS) capiendi nuntium RNA(mRNA) formant Eukaryote ad tempus specificum quod aliqua munera specialia operantur.Transumptum longissimum evolvit, "Unigene" appellatum est et usus est ut relatio sequentis analyseos, quae est instrumentum efficax ad investigandum mechanismum hypotheticum et retis regulatoriarum specierum sine comparatione.

Post transcriptum notitiae conventus et functionis unigene annotationem

(1) analysis SSR, CDS praedictio et structura gene formabitur.

(2) Quantitas vocis unigenis in unoquoque exemplo fiet.

(3) Differenter expressus unigenes inter exempla (vel coetus) invenietur secundum expressionem unigenam

(4) Botri, functionis annotationis ac locupletationis analysi differentialiter unigenes expressae perficietur

Nobis loquere

Service Details

Bioinformatics

Demo Results

Causa Study

Features

Independentes alicujus rei genome;

Notitia adhiberi potest ad resolvere structuram et expressionem transcriptorum

COGNOSCO situs variabilis clipping

Servitium Commoda

● BMKCloud-substructio proventuum partus: Proventus liberantur ut tabellae datae et interactive relatio per suggestum BMKCloud, quod usor-amicam lectionem complexi analyseos outputs et fodiendarum notitiarum fodiendarum analysin normarum bioinformaticarum concedit.

● Post-venditionis officia: Post-sale officia valida per 3 menses ad complementum project, inter incepta subsequens, tribulatio-jaculatio, eventus Q&A, etc.

Sample Requisita et Delivery

Sample Requisita:

Nucleotides:

Conc.

Moles (μg)

Puritas

Integritas

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Nullam dapibus vel dapibus vel DNA contagione gel ostensum est.

Pro plantis: RIN≥6.5;

Pro animalibus: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitata vel non collocantur elevatione

TEXTUS: Pondus (siccus): ≥1 g
*Pro texti minore quam 5 mg, commendamus ut mico congelato (in liquido nitrogen) texti specimen mittat.

Cellam suspensionem: Cell comitem = 3×10⁷
* Commendamus navem gelidam cellam lysatam.In casu autem cellula minor quam V × 10⁵mico constringitur in liquore nitrogenio commendatur.

Sanguinis exempla:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol et 2mL sanguis (TRIzol: sanguis = 3, 1)

Sample Delivery commendatur

Continens:
2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
Sample labeling: Group+replicata eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...

Shipment:
1.Dry-glacies: Exemplaria in saccis referta necesse est et in glacie siccitate defossa.
2.RNAstable tube: RNA specimina in RNA stabilizationis tubo exsiccata possunt (eg RNAstable®) et in cella temperatura exsiccata sunt.

Service Opus O

Experimentum design

Sample traditio

RNA extractionem

Library construction

Sequencing

Analysis

Post-venditionis officia

Previous: Long non-coding sequencing Illumina

Deinde: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatics

1.mRNA(denovo) Principium Conventus

Trinitate, legit in minuta fragmenta redacta, nota ut K-mer.Hi K-mers adhibentur ut semina in contigs extendenda et postea componentes in contiguis imbricatis fundamentis.Denique De Bruijn transcripta in tium recognoscenda hic apposita fuit.

mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinitatis

mRNA (De novo) Overview de Trinitate

2.mRNA (De novo) Distribution of Gene expression Level

RNA-Seq assequi potest aestimationem sensibilem gene expressionis.Communiter, range detectabilis transcriptorum expressionis FPKM vagatur ab 10^-2 ad 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribution of-FPKM-density-in-sing-sample.

mRNA (De novo) Distribution of FPKM density in each sample

3.mRNA (De novo) GO Enchiridii Analysis of DEGs

GO (Gene Ontology) datorum systema annotationem biologicum structuram continens normae vocabularium gene et gene products functiones.Plures gradus continet, ubi gradus inferior est, functiones subtiliores sunt.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-deGs-at-secundo-gradu

mRNA (De novo) GO classification of DEGs in secundo gradu

BMK Case

Transcriptome Analysis metabolismi sucrosi in bulbo tumore et progressione in Onion (Alio cepa L.)

Published: fines in plant scientia2016

Sequencing strategy

Illumina HiSeq2500

Sample collection

Utah Flavus Dulcis Hispania cultor "Y1351" in hoc studio adhibitus est.Numerum exempla collecta sunt
15 die post tumorem bulbi (2-cm diametri et pondus 3-4 g), 30th DAS (5-cm diametri et ponderis 100-110 g), et -3 in 40 DAS (7-cm diametri et 260-300 gram).

Eventus key

1. in Venn icone, summa 146 DEGs per omnia tria paria progressus gradatim detectae sunt
2. "Carbohydratorum transportatio et metabolismus" repraesentabatur per unigenis tantum 585 (id est 7% COG annotatarum).
3. Unigenis datorum GO datorum feliciter annotata sunt in tres categorias principales pro tribus diversis gradibus evolutionis bulbi.Plerique in "processu biologico" principali praedicamento repraesentati fuerunt "processus metabolicus", quem sequitur "processus cellularis".In principali praedicamento "munus hypotheticae" duo genera maxime repraesentata erant "ligatura" et "actio catalytica".

PB-plena longitudo-RNA-Sequencing-casu-studio

Histogram botri orthologorum (COG) classificationis

Histogramma ontologiae gene

Venn diagramma ostendens genes differentialiter expressum in duobus gradibus cepae bulbi progressionis

Reference

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transcriptome Analysis metabolismi sucrosi in bulbo tumore et progressione in Onion (Alium cepa L.) [J].Fines in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425