GENOME Evolutionis
PNAS
Evolutionary origin and domestication history of hippurus (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Conventus |Genetic Map |GWAS |RNA-Seq
Quisque ornare
1. Goldfish genome renovatum est cum versione conventus summus qualitas, ancora 95.75% contiguum in 50 pseudochromosomatum (Scaffold N50=31.84 Mb).Duo subgenomes expediebantur.
2. Regiones genomicas scopulorum selectivorum in domesticatione notati sunt a notitia sequentium hominum 201, detegens super 390 genera candidatorum quae cum domesticis notis associati sunt.
3.GWAS in pinna dorsali in hippuro domestico revelata 378 candidatus gena quae potentialiter associatur.Tyrosine- interdum kinase notario identified as candidatus causalis gene consociata cum diaphaneitate
Background
Goldfish (Carassius auratus) est unus e maximis piscibus rusticis, qui ex carpino cruciano in antiqua Sina domestici fuerunt.Haec a Carolo Darwin commentata sunt ut "infinitam paene varietatem colorum praetermittentes, modificationibus mirabilissimis structurae occurramus".Diversae admodum notae et longae historiae domesticationis et feturae efficiunt hippurum optimum exemplar geneticum systematis physiologiae et evolutionis piscium.
Res gestae
hippurus genome
Janalysis oint PacBio et Illumina par-finis notitiae sequelae dator conventus initialis 1.657 G captura (Contig N50=474 Kb).Tabula optica Bionano generata et correcta est ecclesiam in 1.73 Gb in magnitudine (Aestimata genome size: 1.8 Gb).Hi-C conventus fundatus amplius a 606 Kb ad 31.84 Mb fabricavit catasta N50 et 95.75% consecuta est (I.65 Gb) ordinatur et ancoram rate ordinat.Genome 56,251 genesis coding et 10,098 longi transcriptum non-coding complectitur.Porro centromericas regiones potentiales 38 de chromosomate 50 praedictae sunt.
Fig.1 Piscis Aurum Genome
TVae manifestae subgenomorum copiae in 50 chromosomatis hippuris notati sunt, qui ex eventu hybridizationis antiquo consecutae sunt.chromosomatum ordo cum superiori proportione legentium inter hippuros et Barbinae persignatas definita sunt subgenome A (ChrA01~A25), ie subgenoma Barbinae commune, reliquae subgenome B (ChrB01~B25).
Domestica et electionem selectivam venerit
Asumma 16 generis silvestrium carporum crucianorum et 185 variantium hippurorum repraesentativorum cum sequela altitudine mediocris circiter 12.5X, generans 4.3 terabases notitiarum.Reparatio phylogenetica et analysis PCA confirmaverunt arctiorem relationem inter cyprinum commune inter hippurum et crucianum quam caeteri hippuri, quod posterius in duas lineas dividitur.
LD analysis corruptionis supra quattuor subpopulationes sustentaverunt incolarum bottleneck geneticum in domesticatione et valida lectio artificialis in hippuro.Augenda diversitas genetica (π) ex carpino cruciano ad hippurum commune, amplius ad Wen hippurum et ovum hippurum significans significantem cumulum geneticae variationum in domesticatione sua.50 verrunt electivae regiones genomicae tegentes 25.2 Mb et 946 genes notati sunt ex notitia repraesentativa (33 hippurus et 16 crucian crap).Expandi analysis ad singulos 201, 393 genes indicatae regiones peractae scopae selectivae.Haec genera humilitatis diversitatis inventa sunt, quae verisimile contulerunt ad phaenotypa consociata cum notis domesticis maioribus in hippuris.
Fig.3 Genome-wide domestication-consociata analysis
Gwas in hippurus domi
Dpinna orsalis pluma clavis distinguitur Wen hippurus ab Ovo hippurus.GWAS pinna dorsalis in 96 Wen hippurus et 87 Ovi hippurus revelatus 378 candidatus genesis per 13 chromosomatum propagatus et inaequalis horum generum distributio inter subgenomes observata est.Analysis functionis de his candidatis genes illustrarunt processus biologici quos possidet "receptoris superficiei cellae significans", "vehendi transmembranam", "progressionem systematis sceleti" etc.
Fig.4 GWAS pinna dorsi in hippurus domi
In GWAS scalae perspicuae notarum relatarum, una firma societas apicem detecta est.Gene descriptam receptoris tyrosini interdum kinasi in una regione candidatorum notus est.
Fig.5 GWAS perspicui scala relatas lineamenta
Reference
Cgallina D et al.Evolutionary origin and domestication history of hippurus (Carassius auratus).PNAS (2020)
News intendit ad communicandas causas novissimas prosperos cum Biomarker Technologies, res gestas scientificas novas capiendo necnon artes principales in studio applicatas.
Post tempus: Jan-04-2022