METAGENOMICS
Perfecta, clausa genomata bacterial e microbiomatibus utens nanopore sequencing
Nanopore Sequencing |Metagenomic |MAGs |Bacterial genome circularization |Viscera microbiota
Quisque ornare
1. Nova methodus extrahendi fragmenta longa DNA in hoc studio exhibita est, quae extractio microgramma puri puri, HMW DNA apta ad longam lectionem sequendam ex 300 mg scabellorum.
2. Coetus workflow, Lathe, in hoc studio introducta est, ubi MAGs convenerunt per longas lectiones et per breves lectiones correctum.
3.Lathe mixtura ludibrio aestimabatur.7 ex 12 bacteria feliciter in singula contigna convenerunt et 3 in quatuor vel pauciores contigua convenerunt.
4.Lathe ad exempla alvus applicata est, quae 20 genomata circularia generavit, inclusa Prevotella copri et candidatus Cibiobacter sp.quae noti erant in geneticis mobilibus divites esse.
Principalis ADEPTIO
Extraction protocollum HWM DNA
Diu-legum sequendum innixa studiis metagenomicis ventrem diu obduratum est in extrahendo magno moleculari pondere (HMW) DNA e sella.In hoc studio, protocollo enzyme innixa extractio introducta est ad vitandam amplam tonsuram per tunsionem in traditionalibus methodis.Ut in sequenti figura demonstratum est, exempla primo tractata sunt cum cocktail enzyme, incluso enzyme lytico, metaPolyzyme, etc. ad parietes cellulas degradare.DNA dimissa systema Phenol-chloroform extractum est, postea Proteinase K et RNase A digestio, columna purificatio et SPRI magnitudine delectu subnixa.Haec methodus microgrammata HMW DNA ex 300 m pedum sedorum cedere curavit, quae diuturnam lectionem sequelam requisitis in utriusque qualitatis et quantitatis terminis adimplet.
Figure 1. HWM DNA extractionis ratio
Schema fluxus Lathe
Sicut in sequenti figura descriptus est, Lathe processum continet processus rudis vocationi ad Guppy utens.Duae contiones diu-lectae inde a Flye et Canu separatim productae sunt sequebantur erroris conventus detectio et amotio.Duae sub- ecclesiae cum vivis merguntur.In bus, magnae conventus in gradu megabasi tunc ob circularizationem sedatus sunt.Postmodum, consensus elegantia in his conventibus processit cum brevibus legit.Ultimae genomes bacterial congregatio processit ad finalem inis-contionis detectionem et amotionem.
Figura 2. Schema fluxus Lathe conventus
Aestimatio Lathe cum ludibrio Bactriae mixturae
Vexillum ATCC 12-specierum mixtum tam gram-positivum quam gram-negativum bacteria comprehendens adhibitum est ad aestimandam suggestum consequendum nanopore et Lathe in conventu MAG.Summa 30.3 Gb notitia generata est ex suggestu nanopore cum N50 ex 5.9 kb.Lathe conventus late N50 ad 1.6 ad 4-ovilis ampliatus comparatur cum aliis instrumentis collectis longis et 2 ad 9 dupli cum instrumentis congregationis hybriddis comparatis.Of 12 genoma bacterial, septem in contigua singula coacta (Figura III. Circos cum puncto nigro).Plures tres in quattuor vel pauciores contigua convenerunt, in quibus conventus imperfectissimus 83% genome in uno contiguo continebat.
Figure 3. Genome concilia in definitis 12-species bacterial mixtura
Applicationem Lathe in sella exempla
Haec methodus ulterius ad exempla sellae humanae applicata est ut identificatio organismi et conventus contiguitatis ad methodos exsistentes, in analysi legere-nubes et breves legerentur, compararent.Ex tribus speciminibus quae insunt, nova enzyme innixa extractio saltem 1 μg per 300 mg massae initus emisit.Nanopore sequentia harum HMW DNA generata diu legit cum N50 de 4.7 kb, 3.0kb et 3.0kb respective.Egregie praesens methodus magnam potentialem in microbiali detectione methodi comparati extitisse demonstravit.Relative altior species diversitas alpha graduum hic ostensa est comparatio brevis legere et nubem legere.Praeterea omnia genera ex analysi brevi-lectio, etiam typice organismi lysis-resistentes gram-positivi, hac methodo recepta sunt.
Figure 4. Alpha diversitas et taxanomicorum componentium Nanopore determinatum, modos breves legere et nubeculas legere
Lathe cessit multo longiori totius congregationis N50 quam brevem lectam et nubem lectam, quamquam tria ad sex duplicem inferiorem initus rudis notitiae.Genomes haustus ex contiguis binningis producti sunt, in quibus schemata in "quali- tatem" vel "partialem" fundata sunt in perfectione, contaminatione, nucleorum unius exemplaris, etc. Longae lectionis conventus multo superiori contiguitatis ad inferiores sumptus comparati monstratus est. ad breve legere et legere-nubem.
Figure 5. Per-organismus conventus contiguus utriusque methodi
Adest insuper conventus ac- cessus clausus, genomes circularis.In speciminibus advenerit, octo species altae, genomes uni-contig convenerunt, et quinque ex his circularis percise consecuti sunt.Accessus longi-legitatis etiam facultatem impressivam ostendit in elementis repetitis solvendis in genomes.CircularisedP. coprigenome generatum est ab accessu, quod notum est continere gradum repetitionis sequentiae.Optima conventus huius genome per breves legentes et perlectas nubes numquam N50 de 130 kb excessit, etiam cum profunditate coverage 4800X.Haec summa exemplarium numerorum elementa plene resoluta sunt ab accessu longo-legendo, quae saepe inventa sunt ad puncta fractionis lectionis vel nubis-nubilationis.Alterum genome clausum in hoc studio relatum est, quod creditum est membrum nuper descriptum esseCibiobactercladem.Quinque phage putativa in clauso conventu notata sunt, ab 8.5 usque ad 65,9 kb.
Figure 6. Circos diagramma genomes P.copri et Cibiobacter sp.
Reference
Moss, EL, Maghini, DG, & Bhatt, AS (2020).Perfecta, clausa genomata bacterial e microbiomatibus utentes nanopore sequen- tio.Natura biotechnologia,38(6), 701-707.
Tech et volutpat intendit communicare recentissimas prosperos applicationes diversorum summus perputans technologias in varia reseach arena, necnon notiones egregie in consilio experimentali et fodiendarum notitiarum.
Post tempus: Jan-07-2022