GWAS
Title: Totum-genomae sequelam manifestat Brassica napus originem et geneticam loci in sua emendatione implicatam.
Acta: Natura Communications
NGS |WGS |Resequence |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolution |Domestication
In hoc studio Biomarker Technologies officia in NGS sequencia praebebat, necnon technicum subsidium de analysi bioinformaticis de notitia sequenda.
Background
Brassica napus(rapeseed) est magna seges oilseed et exemplar optimum ad investigandum processuum speciationis polyploidis, evolutionis et lectionis.Utrum vero species silvestres vel oblatores domestici fuerunt progenitores et gena parentum quae ad domesticationem et emendationem in rapacitatem contulerunt adhuc ignota sunt.
materiae et methoda
Materiae:588B. napusAccessiones huic studio implicatae sunt, etiam 466 ex Asia, 102 ex Europa, 13 ex America Septentrionali, et 7 ex Australia.Ex habitu incrementi monumentorum, hae materiae in tres ecotypa divisa sunt;ver (86 accessiones), hiemps (74 accessions), and semi-hiems (428 accessions).
Sequentia:Curabitur proxime.5× (vndique ab 3.37× ad 7.71)
Sequenti suggestu:Illumina Hiseq 4000
Data productio:4.03 Tb clean data
vocatum SNP;BWA + GATK.5,294,158 SNPs et 1,307,151 InDels obtinebantur.
Proventus
Origin of B. napus
B. napusSubgenome evolvit ab antecessore rapae Europaeae.Fluxus gene res ex rapa Europaea adB. napus Subgenome occurrit ante annos ~106-1170.B. napusC subgenome e communi antecessore harum stirpium evolvi poterat.AntecessorisB. napusbifida ab antecessore communi quatuor B. speciebus oleracea, cum influentia gene recentisB. napus~ 108-898 annos.B. napusSubgenome C multipliciorem originem habet quam A Subgenome.Fortis bottleneck in utraque subgenomes inB. napusevolutio.Hiems et semi-hiemsB. napusecotypes ~ LX annos deflexerunt, cum hiems et verB. napusabscessit ~ 416 annos, et oilseed et non oilseedB. napusabscessit ~ 277 annos.
Fig. 2 Population structure of 588 B. napus accessions and 199 of B. rapa accessions.
Fig. 3 Incolae compages 588 B. napus accessiones et 119 of B
Electio annuit et studia consociationis Genome-wide.
In primo gradu emendationis (FSI), magis genetica diversitas in B. napus C subgenome amissa est quam in subgenome.Minor differentia genetica in FSI occurrit quam in secundo gradu emendationis (SSI).Genes in SSI-electio insignium regionum auctae sunt in accentus tolerantiae, progressionis et metabolicae meatus.60 Locorum signanter cum 10 lineamentis scopo, incluso 5 ad sementem cedunt, 3 ad longitudinem silique, 4 ad oleum contentum, 48 ad qualitatem seminis notati sunt.
Fig
Transcriptorum analysis
RNAseq datae 11 textuum e summo oleo contento et cultivari duplicato et humili contento et duplicato cultivari generum quae ad glucosinolatum processum biosyntheticum identificatum referuntur, significanter super-repraesentantur.
Fig
Discussion
Hoc studium adiumentum praebuit ad cognoscendam originem et emendationem historiaeB. napuset dissectionem fundarum geneticae magni momenti notarum agronomicarum faciliorem faciet.Significans SNPs adiungitur variantibus prosperis, significationibus selectissimis et genesis candidatis multum in futurum conferet, praesertim in meliorando cede, seminis qualitatem, contentum olei, et aptabilitatem huius recentis allopolyploid segetis et eius propinquis.
Reference
Totum-genome sequentum manifestat Brassica napus originem et loci geneticam in sua emendatione implicatam [J].Natura Communications, 2019, 10(1).
News and Highlights intendit ad communicandas causas novissimas prosperos cum Biomarker Technologies, res gestas scientificas novas capiendo necnon artes principales in studio applicatas.
Post tempus: Jan-05-2022