GENOMICA HUMANA
geneticae naturae
Diu-legans sequens identificat GGC expansiones repetere in NOTCH2NLC consociata cum morbo intranucleari neuronali inclusione.
ONT resequenti |Illumina |Totum exome sequencing |CRISPR-Cas9 ONT iaculis sequencing |RNA-seq |ONT 5mC methylationem vocationis
Quisque ornare
1. Per analysim Linkage in magna familia NIID, duae regiones conexae notae sunt.
2.ONT fundatum diu-lectio sequendi et locupletationis Cas-9 mediatae ONT sequelam inventam potentialem geneticae causae NIID, GGC expansiones repetunt in 5′ UTR NOTCH2NLC.Hoc studium retulit expansiones in generum specialium hominum primum evolutionis per duplicationes segmentales.
3.RNA sequena transcripta antisensia revelata abnormes in principio vel intra GGC repetunt regiones expansiones in NOTCH2NLC.
Background
NInclusio intranuclearis euronalis morbus (NIID) est morbus progressivus et fatalis neurodegenerativus, qui notatur praesentia eosinophilici hyalini intranucleares inclusionum in systematis nervosi centrali et periphericis.Eius manifestationes clinicae valde variabiles magnas difficultates in diagnosi excitant usque ad inductionem biopsy cutis.Nihilominus, histopathologia fundata methodi misdiagnosis adhuc laborat, quod geneticae intellectus NIID vocat.
Res gestae
Linkage Analysis
Short-read sequencing based whole genome sequencing (WGS) and whole exome sequencing (WES) fiebat in familia magna NIID (13 affectata et 7 membra non integra).Analysis nexus in SNPs ex his extractis tantum duas regiones conexas revelatas: a 3.5 Mb regionis ad 1p36.31-p36.22 (maximum LOD=2.32) et a 58.1 Mb regionis ad 1p22.1-q21.3 (maximum LOD: 4.21. ).Nihilominus morbificae SNPs vel CNVs in his coniunctionibus regionibus non agnoscuntur.
GGC repetere expansiones in NOTCH2NLC
Nanopore substructio sequencia in 13 affectata et 4 membra ignara e 8 familiis processit (alterum membrum affectatum a Pacbio diu sequentem suggestum legebat.).Diu-legans notitia morbo revelata GGC adjunctis dilatationibus in 5′ UTR notCH2NLC generum destinata ad 58.1 Mb coniungitur (Figura 1).Hae dilatationes iteratae etiam in omnibus 40 sporadicibus NIID notatae sunt casus a RP-PCR probatae.
Cquasi-9 mediata scopum sequentem in suggestu nanopore adhibitum ad altiorem lectu coverage in NOTCH2NLC repetere (100 X-1,795 X).Consensus haec sequentia bene convenit cum prioribus inventis in GGC expansionibus repetendis.Porro {(GGA)n (GGC)n}n repetit notificata sunt ut potentia geneticae titulus ob phaenotypum debilitatem dominantis (Figura 2).
Figura 1. Morbus coniungitur expansionem repetere quae in exon 1 de NOTCH2NLC isoformibus notatur.
Figura 2. Consensus sequentia NPTCH2NLC repetere in NIID aegris cum (*) vel sine phaenotypo infirmitatis dominantis
NOTCH2NL genes sunt hominum specialium generum, quae in evolutione cerebri et in morbis neurologicis vitales partes agere creduntur.Attamen tres genes NOTCH2 cognatae (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB et NOTCH2NLC) cum >99,1% seriei identitatis non resolutae sunt usque ad novissimam congregationem hominum genome.Synthesis gratuita et diuturna sequela in suggestu nanopore demonstravimus notabiles utilitates in solvendis regionibus altae similitudinis et n repetit cum 100% GC-dives.
GGC repetere expansiones in NOTCH2NLC
Transcriptomé sequencing processit in 2 affectis et 2 membris integris.Normalised legitur profunditas computata de sensu et fila antisensi in flumine primae exons NOTCH2NL paralogorum.Abnormes transcripta anti-sensu tantum inventa sunt in casibus affectis, quae sedent in initio vel intra regionem expansionem repetendam (cacumina purpurea in F1-14 et F1-16 in fig. 3).Praeterea, 54 DEGs notae sunt et omnes in GO et MPO condiciones ad functiones neuronales relatas locupletati sunt.
Figura 3. Normalised profundum legitur in flumine primae exon of NOTCH2NLC in causis integris (supra) et affectatis.
Technology
Oxoniensis Nanopore Teghnologies (ONT)
Nanopore sequendo ab aliis suggestis sequendo distinguit, quod nucleotides immediate sine DNA synthesi legantur.Ut una acia DNA transit per interdum poro nano-sized (nanopore), diversae nucleotides diversos cursus ionicos generant, qui capi et transferri possunt in basium serie.ONT ipsum suggestum sequens non apparentem terminum technicum in lectionis DNA longitudine ostendit.Ideo Ultra-diu legit (ULRs) conventus genome optimae notae praesto sunt.Praeterea hae praelongae sunt, quae longae sunt ad transeundum complexarum notarum seriei vel structurarum variationes, auxilium superare limites breves hic sequelae.
Nanopore sequencing
Variatio structurae (SV) idem
Synthesis-free sequencing methylation DNA late conservata informationes on template.Methylated A, T, C, G generant currentes ionicos ab un- methylatis distinctos, qui immediate per suggestum legi possunt.Nanopore sequendo perficit totum genoma proficuum utriusque 5mC et 6mA in solutione unico-nucleotidi.
Reference
Iun Sone, et.al.Diu legitimum sequensing identificat GGC expansiones repetere in NOTCH2NLC consociata cum morbo intranucleari neuronali inclusionis.Natura Genetics (2019)
Tech et volutpat intendit communicare recentissimas prosperos applicationes diversorum summus perputans technologias in varia reseach arena, necnon notiones egregie in consilio experimentali et fodiendarum notitiarum.
Post tempus: Jan-06-2022