GENOME RESEQUENING
Genomic vigilantia SARS-CoV-2 detegit deletionem variantis Nsp1 quae modulatur typus responsionis interferonicae
Nanopore |Illumina |Totum genome résequencing |metagenis |RNA-Seq |Sanger
Technologiae Biomarker auxilium technicum praebebat specimen sequendi in hoc studio.
Quisque ornare
1.SARS-CoV-2 genoma sequencia et analysis phylognetica cognoscendi 35 mutationes recurrentes incluso 31 SNPs et 4 Indels.
2.Association cum CXVII phaenotyporum orci potentialiter revelat
momentis mutationibus.
500-532 in Nsp1 coding regione habeat inferiore virales
3. load et seri IFN-β.
4.Viral separat cum 500-532 mutationem inducunt inferioribus IFN-I
responsum in infectis cellulis.
Design Experimentalis
Res gestae
1. COVID-19 epidemiologica et genomica annotata
Fuscus notitiae in provincia Sichuana collectae sunt, Sinis per tempus tumultus a die 22 Jan., 2020 ad 20th Febr. 2020. Summa 538 COVID-19 causarum confirmata sunt per qPCR probationes in Sichuan, 28.8% quarum e provincia erant. capitale.Causae confirmatae in Sichuan exponentialiter auctae, die 30 Jan.Etiam, notitia suffragatur quod sociales distantias praecipuum esse possunt ad propagationem virus prohibendum.
Figure 1. Epidemiological study of COVID-19 in Sichuan provincia, China
2. SARS-CoV-2 constructio genome et variantes identificatio
Cum multiplex per amplificationem per nanopore sequenctionem consecuta est, summa trecentorum genominum vel partialium perfectorum ex 248 aegris cum approx generata.80% genomes per 10 legit (Mean profunditas: 0.39 M per specimen legit).
Figure 2. Frequentia singularum variantium in cohorte Sichuana
Summa 104 SNPs et 18 Indes ab SARS-CoV-2 genomes notata sunt, in quibus 31 SNPs et 4 Indicae variantes geneticae recurrentes notae sunt.Comparando eas cum 169 exemplis a Wuhan et cum 81,391 sequentiarum generum publich-qualis in GISAID, 29 ex 35 variantibus in aliis continentibus inventas.Egregie quattuor variantes inter 500-532, ACC18108AT, 729-737 et T13243C, in Sichuan et Wuhan et absentes in notitia GISAID tantum inventae sunt, significans has variantes a Wuhan valde probabiles esse, quae occurrerent. de aegris itinerantur records.
Analysis evolutionis maxima cum probabilitate (ML) methodo et accessibus hypotheticis Bayesianis horologii in 88 novum virus e Sichuan et 250 genomes curatarum aliarum regionum discursum est.Genomes cum 500-532 (Deletiones in Nsp1 coding regione) sparsim inventae sunt in arbore phylogenetica.Analysis haplotype in Nsp1 variantes 5 ex pluribus urbibus notantur.Hi eventus suggerebant 500-532 in pluribus urbibus accidisse et ab Wuhan multipliciter importari.
Fig
3. Consociatio variantium geneticorum recurrentium cum implicationibus clinicis
117 phaenotypa clinica cum severitate COVID-19 associata, ubi 19 phaenotypa severitatis relata in notas graves et non severas erant.Relatio inter has lineamenta et 35 variantes geneticae recurrentes in calore heatmap- glomeratae sunt instigatae.A GSEA quasi locupletatio analysin praefertur ostensa 500-532 negative connecti cum ESR, serum IFN-β et CD3+CD8+ T cellulam sanguine numeratam.Praeterea, qPCR probationes ostenderunt aegros virus infectis 500-532 habere maximum Ct valorem, id est onus virale infimum.
Figura 3. Consociationes 35 variantes geneticae recurrentes cum phaenotypis clinicis
4. Validation in virales mutationis phaenotyporum clinicae consociatae
Ut affectiones D-532 in functionibus Nsp1 intelligantur, HEK239T cellulae plasmidis plenae longitudinis exprimentibus, WT Nsp1 et mutant formas cum deletionibus.Profiles transscriptorum singularum tractatorum HEK239T cellularum PCA analysis processit, ostendens deletionem mutantes inter se propius coacervasse et signanter ab WT Nsp1 differre.Genera quae in mutantibus signanter instituta erant, maxime aucta sunt in "processus peptide biosynthetico/metabolico", "ribonucleoprotein complexu biogenesis", " interdum nisi ad membranam/ER", etc. Praeterea duae deletiones distinctam e WT exemplarem expssionem ostenderunt.
Figura 4. Analysis transcriptoma in HEK239T cellulas a WT Nsp1 translatas et cum deletionibus
Affectus deletionum in IFN-1 responsio etiam in studio expressa probata est.Omnes deletiones probatae monstratae sunt reducere IFN-1 repsonam in HEK239T et A549 in cellulas transductae in utroque gradu transcripto et interdum gradu.Interestingly, signanter genesis ordinatorum in deletionibus auctae sunt "responsum defensionis ad virum", "genome replicationis viralis", "regulationem transcriptionis per RNA polymerasium II" et "responsum ad typus I interferonem".
Figure 5. Down ordinatio interfe&ionis significat meatus in ∆500-532 mutant
In hoc studio, impulsus harum deletionum in virum magis confirmata sunt studia infectio viralium.Virus cum quibusdam mutantibus ab exemplis clinicis seiuncti sunt et ad cellulas Calu-3 infectae sunt.Singulae eventus de studio infectio viral in charta legi possunt.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Reference
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Genomic vigilantia SARS-CoV-2 detegit deletionem Nsp1 variantes qui modulantur typum I interferon[J].Cellula host & microbe, MMXXI.
News and Highlights intendit ad communicandas causas novissimas prosperos cum Biomarker Technologies, res gestas scientificas novas capiendo necnon artes principales in studio applicatas.
Post tempus: Jan-06-2022