Plena longitudinem variant -PacBio . sequencing
Servitium Commoda
● Direct read-e plenae longitudinis cDNA moleculo a 3'- fine usque ad 5'- finem
Iso-forma gradu resolutio in ordine structure
Transcripta magna diligentia et integritate
Valde compatible cum vaours speciebus
Large sequencing facultatem cum 4 PacBio Sequel II platforms sequendi instructus
Magnopere periti cum supra 700 Pacbio-RNA substructio incepta sequencia
● BMKCloud-substructio proventuum partus: Customized data-mining available on platform.
Post-venditionis officia valet pro III mensibus in project completionem
Service Specifications
Rosci: PacBio Sequel II
Sequentia bibliothecae: Poly A- ditate varianti bibliothecae
Commendatur data cede: XX Mb / sample (Prout species)
FLNC（%）： ≥75%
* FLNC: plena longitudo transcipts non-chimeric
Bioinformatics analyses
Rudis MGE
Transumptum identificatio
Sequentia structure
elocutio quantitatis
Function Annotation
Sample Requisita et Delivery
Sample Requisita:
Nucleotides:
| Conc. | Moles (μg) | Puritas | Integritas |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Nullam dapibus vel dapibus vel DNA contagione gel ostensum est. | Pro plantis: RIN≥7.5; Pro animalibus: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; limitata vel non collocantur elevatione |
TEXTUS: pondus (siccum);≥1 g
*Pro texti minore quam 5 mg, commendamus ut mico congelato (in liquido nitrogen) texti specimen mittat.
Cellula suspensio:Cellula comitem = 3×106- 1×107
* Commendamus navem gelidam cellam lysatam.In casu autem cellula minor quam V × 105mico constringitur in liquido nitrogenio commendatur, quod extractione microform potior est.
Sanguinis exempla:Volume≥1 mL
Microorganismus:Missa ≥ 1 g
Sample Delivery commendatur
Continens:
2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
Sample labeling: Group+replicata eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Shipment:
1. Siccum-glacies: Exemplaria in saccis referta necesse est et in glacie siccitate defossa.
2. RNAstable tube: RNA specimina in RNA stabilizationis tubo exsiccata possunt (eg RNAstable®) et in cella temperie conscendunt.
Service Opus O
Experimentum design
Sample traditio
RNA extractionem
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
1.FLNC longitudinem distribution
Longitudo plenae longitudinis non-chimaericae lectionis (FLNC) indicat longitudinem cDNA in constructione bibliothecae.FLNC longitudo distributio signum crucialum est in aestimandis constructionis bibliothecae qualitate.
FLNC legit longitudinem distribution
2.Complete ORF regionem longitudinem distribution
TransDecoder utimur ad praedicere regiones interdum coding et sequentes amino acidi correspondentes ad occasum unigenum generandum, quod informationes plenas non redundantes in omnibus exemplis continet.
Complete ORF regionem longitudinem distribution
3.KEGG via locupletatio analysis
Differentia expressa transcripta (DETs) cognosci possunt per aligning NGS fundatum RNA sequentem datam in plena longitudo transcriptum ponit generatum ex data PacBio sequencing.Hae DETs ulterius progredi possunt ad varias analysin operandas, eg KEGG analysi ditior via.
DET KEGG iter locupletationis -Dot insidias
BMK Case
dynamica progressionis populi populi derivantur transcriptome
Published: Planta Biotechnology Journal, 2019
De consilio sequendo:
Exemplar collectio:caulis regionum: apex, internodium primum(IN1), internodium alterum(IN2), internodium tertium(IN3), internodium(IN4) et internodium(IN5) ex Nanlin895
NGS-sequentia:RNA de 15 singulis hominibus sicut unum specimen biologicum fundunt.Tres replicationes biologicae singulorum punctorum pro serie NGS processi sunt
TGS-sequentia:Caulis regiones in tres regiones divisae sunt, id est apex, IN1-IN3 et IN4-IN5.Quaelibet regio processit pro PacBio sequendo cum quattuor generibus bibliothecarum: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb et 3-10 kb.
Eventus key
1. A summa 87150 transcriptorum plenae longitudinis identificabantur, in quibus, 2081 novae isoformae et 62058 novae isoformae divisae notatae sunt.
2.1187 lncRNA and 356 fusion genes were identified.
3. Ab incremento primario ad incrementum secundarium 15838 transcripta differentialiter expressa ab 995 gena differentialiter expressa notata sunt.In omnibus DEGs, 1216 factae sunt transcriptionis res, quarum pleraeque nondum allatae sunt.
4.GO analysis locupletatio revelata momentum divisionis cellae et oxidatio-reductionis processus in incremento primario et secundario.
Alternative splicing events and different isoforms
WGCNA analysis on transcription factors
Reference
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Encyclica dynamica populorum populorum derivantur transcriptoma.Plant Biotechnol J. 2019; 17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
