Өзгөчө локустун күчөтүлгөн фрагменттеринин тизилиши (SLAF-Seq)
Кызматтын чоо-жайы
Техникалык схема
Иш агымы
Кызматтын артыкчылыктары
Жогорку маркерди ачуу натыйжалуулугу- Жогорку өтүмдүү секвенирлөө технологиясы SLAF-Seq бүт геномдун ичиндеги жүз миңдеген тэгдерди ачууга жардам берет.
Геномго аз көз карандылык- Бул шилтеме геному бар же болбосо түрлөргө колдонулушу мүмкүн.
ийкемдүү схема дизайн- Бир ферменттүү, кош ферменттүү, көп ферменттүү сиңирүү жана ферменттердин ар кандай түрлөрү, бардыгы ар кандай изилдөө максаттарын же түрлөрүн канааттандыруу үчүн тандалышы мүмкүн.Силикого алдын ала баа берүү оптималдуу фермент дизайнын камсыз кылуу үчүн колдонулат.
Натыйжалуу ферменттик сиңирүү- Алдын ала эксперимент шарттарды оптималдаштыруу үчүн жүргүзүлдү, бул формалдуу экспериментти туруктуу жана ишенимдүү кылат.Фрагменттерди чогултуу натыйжалуулугу 95% дан жогору жетиши мүмкүн.
Бир калыпта бөлүштүрүлгөн SLAF тэгдери- SLAF тэгдери бардык хромосомаларда бирдей бөлүштүрүлүп, 4 кб үчүн орточо 1 SLAF жетишилет.
Кайталоолорду эффективдүү болтурбоо- SLAF-Seq маалыматтарында кайталануучу ырааттуулук 5%дан төмөн төмөндөйт, өзгөчө кайталануу деңгээли жогору болгон түрлөрдө, мисалы, буудай, жүгөрү ж.б.
Кеңири тажрыйба-Өсүмдүктөрдү, сүт эмүүчүлөрдү, канаттууларды, курт-кумурскаларды, аква-организмдерди ж.б. камтыган жүздөгөн түрлөр боюнча 2000ден ашык жабык SLAF-Seq долбоорлору.
Өз алдынча иштелип чыккан биоинформатикалык иш процесси- SLAF-Seq үчүн интеграцияланган биоинформатикалык иш процесси BMKGENE тарабынан акыркы чыгарылыштын ишенимдүүлүгүн жана тактыгын камсыз кылуу үчүн иштелип чыккан.
Кызмат спецификациялары
| Платформа | Конц.(нг/гл.) | Бардыгы (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Том>15μl) | 1.6-2.5 |
Сунушталган тизмектөө стратегиясы
Тереңдиги: 10X/Tag
| Геномдун өлчөмү | Сунушталган SLAF тэгдери |
| < 500 Мб | 100K же WGS |
| 500 Мб- 1 Гб | 100 К |
| 1 Гб -2 Гб | 200 К |
| Гигант же татаал геномдор | 300 - 400K |
| Тиркемелер
| Сунушталган Популяциянын масштабы
| Стратегия жана тереңдик
| |
| Тереңдик
| Тег номери
| ||
| GWAS
| Үлгү саны ≥ 200
| 10X
|
Ылайык геном өлчөмү
|
| Генетикалык эволюция
| Ар биринин инсандары подгруппа ≥ 10; жалпы үлгүлөр ≥ 30
| 10X
| |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү
Көпчүлүк үлгүлөр үчүн этанолдо сактабоо сунушталат.
Үлгүлөрдү белгилөө: Үлгүлөр так белгилениши жана берилген үлгү маалымат формасына окшош болушу керек.
Жеткирүү: Кургак муз: Үлгүлөрдү алгач баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
Кызматтын иш процесси
QC үлгүсү
Пилоттук эксперимент
SLAF-эксперимент
Китепкана даярдоо
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1. Картанын жыйынтыгынын статистикасы
2. SLAF маркерин иштеп чыгуу
3. Вариация аннотациясы
| Жыл | Журнал | IF | Title | Тиркемелер |
| 2022 | Жаратылыш байланыштары | 17.694 | Дарак пионунун гига-хромосомаларынын жана гига-геномунун геномдук негиздери Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Жаңы фитолог | 7.433 | Үй-жайдын издери агрономиялык мааниге ээ геномдук аймактарды бириктирет соя | SLAF-GWAS |
| 2022 | Advanced Research журналы | 12.822 | Gossypium barbadenseтин G. hirsutumга геномдук жасалма интрогрессиялары пахтанын буласынын сапатын жана тушумдуулугун бир эле мезгилде жогорулатуу учун жогорку локту ачып өзгөчөлүктөрү | SLAF-Эволюциялык генетика |
| 2019 | Молекулярдык өсүмдүк | 10.81 | Популяциянын геномдук анализи жана Де Ново Ассамблеясы отоолордун келип чыгышын ачып берет Райс эволюциялык оюн катары | SLAF-Эволюциялык генетика |
| 2019 | Жаратылыш генетикасы | 31.616 | Кадимки карп балыгынын геномунун ырааттуулугу жана генетикалык ар түрдүүлүгү, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage картасы |
| 2014 | Жаратылыш генетикасы | 25.455 | Өстүрүлгөн жержаңгактын геному буурчак өсүмдүктөрүнүн кариотиптери, полиплоиддери жөнүндө түшүнүк берет. эволюция жана айыл чарба өсүмдүктөрүн үй. | SLAF-Linkage картасы |
| 2022 | Өсүмдүк биотехнологиясы журналы | 9.803 | ST1 идентификациясы уруктардын морфологиясын автостоп менен тартууну камтыган тандоону көрсөтөт жана сояны уй-буледе естуруу учурунда май-дын | SLAF-Маркерди өнүктүрүү |
| 2022 | Молекулярдык илимдердин эл аралык журналы | 6.208 | Буудай-Леймус моллис 2Ns үчүн идентификация жана ДНК маркерди иштеп чыгуу (2D) Дисомдук хромосоманы алмаштыруу | SLAF-Маркерди өнүктүрүү |
