Продукциялар

Прокариоттук РНКнын тизилиши

Прокариоттук РНК секвенирлөө Featured Image

Прокариоттук РНКнын секвенциясы кийинки муундун секвенирлөөсүн (NGS) колдонуп, өзгөрүп турган клеткалык транскриптомду талдоо аркылуу белгилүү бир учурда РНКнын болушун жана санын ачып берет.Биздин компаниянын прокариоттук РНК секвенциясы, өзгөчө шилтеме геномдору бар прокариотторго багытталган, сизди транскриптомдук профилдештирүү, ген структурасын талдоо ж.б. камсыз кылат. Ал фундаменталдык илимий изилдөөлөргө, дары-дармектерди изилдөөгө жана иштеп чыгууга жана башкаларга кеңири колдонулат.

Платформа: Illumina NovaSeq платформасы

Биз менен байланыш

Кызматтын чоо-жайы

Кызмат спецификациялары

Платформа: Illumina NovaSeq платформасы, PE150

Китепкана түрү: 350bp cDNA китепканасын кыстаруу (чоку бөлүштүрүүгө жараша)

Ырааттуулук стратегиясы: Paired-End 150 bp

Сунушталган маалымат көлөмү: 2 Гб чийки маалымат/үлгү

Биоинформатика

(1) Берилиштердин сапатын контролдоо ырааттуулугу: Нуклеотиддердин бөлүштүрүлүшү, Негизги сапаттын бөлүштүрүлүшү, rRNA катышын баалоо;

(2) Тегиздөөнүн натыйжаларынын статистикасы, ырааттуулуктун каныккандыгы, секвенирлөөнүн камтуусу;

(3) Маалымдама геномунун аннотациясы (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Экспрессиялык анализ: Экспрессиянын бөлүштүрүлүшү (Эки же андан көп үлгүлөр менен), Үлгүлөрдүн ортосундагы туюнтуунун анализи (Венн анализи, Корреляциялык анализ, PCA анализи);

(5) Дифференциалдык туюнтма анализи (эки же андан көп үлгүлөр менен);

(6) Ген топтомунун анализи: Венн анализи, Кластердик анализ, Функциянын аннотациясын талдоо (COG, GO, KEGG), Функцияны байытуу анализи (GO, KEGG), Функцияны байытуу аккорддук графиги, Ипат анализи;

(7) sRNA анализи: sRNA божомолу, sRNA аннотациясы (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA экинчи структурасын болжолдоо, sRNA максаттуу генди болжолдоо;

(8) Транскрипт түзүмүн талдоо: Оперон анализи, Транскрипциянын башталышы жана аяктоочу жайларынын болжолу, UTR аннотациясы жана анализи, Промотер ырааттуулугун болжолдоо, SNP/InDel анализи (SNP/InDel аннотациясы, SNP/InDel аймактык бөлүштүрүү, SNP статистикасы).