-
Хроматиндин иммунопреципитациясынын секвенциясы (ChIP-seq)
ChIP-Seq гистондун модификациясы, транскрипция факторлору жана башка ДНК менен байланышкан протеиндер үчүн ДНК максаттарынын геномдук профилин камсыз кылат.Ал спецификалык протеин-ДНК комплекстерин калыбына келтирүү үчүн хроматиндин иммундук преципитациясынын (ChIP) селективдүүлүгүн, калыбына келтирилген ДНКнын жогорку өтүмдүү секвенциясы үчүн кийинки муундун секвенирлөө (NGS) күчү менен айкалыштырат.Мындан тышкары, протеин-ДНК комплекстери тирүү клеткалардан калыбына келтирилгендиктен, байланыштыруучу жерлер ар кандай клетка типтеринде жана кыртыштарында же ар кандай шарттарда салыштырылышы мүмкүн.Колдонмолор транскрипциялык жөнгө салуудан өнүгүү жолдоруна чейин оору механизмдерине чейин жана андан тышкары.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Метагеном организмдердин аралаш коомчулугунун жалпы генетикалык материалдарынын жыйындысын билдирет, мисалы, айлана-чөйрөнүн метагеному, адамдын метагеному ж.б. Анда өстүрүлүүчү жана өстүрүлбөгөн микроорганизмдердин геномдору бар.Метагеномикалык секвенирлөө – бул экологиялык үлгүлөрдөн алынган аралаш геномдук материалдарды анализдөө үчүн колдонулган молекулярдык курал, ал түрлөрдүн көп түрдүүлүгү жана көптүгү, популяциянын түзүлүшү, филогенетикалык байланышы, функционалдык гендер жана экологиялык факторлор менен корреляция тармагы боюнча кеңири маалымат берет.
Платформа:Illumina NovaSeq платформасы
-
Метагеномикалык тизмектөө-Нанопур
Метагеномика – бул экологиялык үлгүлөрдөн алынган аралаш геномдук материалдарды талдоо үчүн колдонулган молекулярдык курал, ал түрлөрдүн көп түрдүүлүгү жана көптүгү, популяциянын түзүлүшү, филогенетикалык байланышы, функционалдык гендер жана айлана-чөйрөнүн факторлору менен корреляция тармагы боюнча кеңири маалымат берет. метагеномикалык изилдөөлөр үчүн.Окуу узундугу боюнча анын мыкты көрсөткүчтөрү ылдый агымдын метагеномдук анализин, айрыкча метагеномдун жыйындысын кыйла жакшыртты.Окуу узундугунун артыкчылыктарын колдонуп, Nanopore негизиндеги метагеномикалык изилдөө ок атуучу курал метагеномикасына салыштырмалуу үзгүлтүксүз чогулушка жетише алат.Nanopore негизиндеги метагеномика микробиомалардан толук жана жабык бактериялык геномдорду ийгиликтүү жаратканы жарыяланган (Moss, EL, et. al.,Жаратылыш биотехнологиясы, 2020)
Платформа:Nanopore PromethION P48
-
Бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенциясы
Цитозиндеги (5-мС) бешинчи позицияда ДНКнын метилизациясы гендин экспрессиясына жана клеткалык активдүүлүгүнө негизги таасирин тийгизет.Анормалдуу methylation үлгүлөрү, мисалы, рак сыяктуу бир нече шарттар жана оорулар менен байланышкан.WGBS бир базалык резолюцияда геномдук метилизацияны изилдөө үчүн алтын стандарт болуп калды.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Транспозазага жеткиликтүү хроматинди анализдөө (ATAC-seq)
ATAC-seq – гендин экспрессиясын глобалдык эпигенетикалык көзөмөлдөө үчүн маанилүү болгон геном боюнча кеңири хроматиндин жеткиликтүүлүгүн талдоо үчүн жогорку өндүрүмдүү секвенирлөө ыкмасы.Секвенирлөө адаптерлери ачык хроматин аймактарына гиперактивдүү Tn5 транспозазасы аркылуу киргизилет.ПТР күчөтүлгөндөн кийин секвенирлөө китепканасы түзүлөт.Бардык ачык хроматин аймактарын белгилүү бир мейкиндик-убакыт шартында алууга болот, бул транскрипция факторунун же белгилүү гистондун модификацияланган аймагынын байланыш жерлери менен гана чектелбестен.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S жана 18S рРНКдагы жогорку деңгээлде сакталган жана гипер өзгөрмөлүү аймактарды камтыган суббирдик прокариоттук жана эукариоттук организмдерди идентификациялоо үчүн идеалдуу молекулярдык манжа изи болуп саналат.Секвенирлөөнүн артыкчылыктарынан пайдаланып, бул ампликондорду консервацияланган бөлүктөрдүн негизинде бутага алса болот жана гипер-өзгөрмө аймактар микробдордун ар түрдүүлүгүн талдоо, таксономия, филогения ж.б. камтыган изилдөөлөргө салым кошкон микробдук идентификация үчүн толук мүнөздөлүшү мүмкүн. Бир молекулалуу реалдуу убакыт режими (SMRT) ) PacBio платформасын секвенирлөө толук узундуктагы ампликондорду (болжол менен 1,5 Кб) камтый турган өтө так узун окууларды алууга мүмкүндүк берет.Генетикалык талаанын кеңири көрүнүшү бактериялар же козу карындар коомчулугунда түрлөрдүн аннотациясынын чечилишине чоң өбөлгө түздү.
Платформа:PacBio уландысы II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS ампликонун секвенциясы микробдук коомчулуктун филогениясын, таксономиясын жана түрлөрдүн көптүгүн ачууга багытталган, аларда өтө сүйлөшүлгөн жана гипервариабилдүү бөлүктөрүн камтыган чарбалык генетикалык маркерлердин ПТР продуктуларын изилдөө.Бул кемчиликсиз молекулярдык манжа изи Woeses et al, (1977) тарабынан киргизилиши изоляциясыз микробиома профилин түзүүгө мүмкүнчүлүк берет.16S (бактериялар), 18S (грибоктор) жана ички транскрипцияланган спасердин (ITS, козу карындар) секвенциясы мол түрлөрдү да, сейрек кездешүүчү жана белгисиз түрлөрдү да идентификациялоого мүмкүндүк берет.Бул технология адамдын оозу, ичегиси, заңы ж.
Платформа:Illumina NovaSeq платформасы
-
Бактериялык жана грибоктук бүт геномду кайра секвенирлөө
Бактериялык жана козу карындардын бүт геномунун ре-секвенциясы белгилүү бактериялардын жана козу карындардын геномдорун бүтүрүү, ошондой эле бир нече геномдорду салыштыруу же жаңы организмдердин геномдорун картага түшүрүү үчүн маанилүү курал болуп саналат.Так маалымдама геномдорун түзүү, микробдорду идентификациялоо жана башка салыштырма геномдук изилдөөлөрдү жүргүзүү үчүн бактериялардын жана козу карындардын бүтүндөй геномдорун ырааттуулук менен түзүү чоң мааниге ээ.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
PacBio-Толук узундуктагы 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) платформасы стандартташтырылган негизги анализди жана жекелештирилген анализди камтыган микробдук ар түрдүүлүк долбоорун талдоодо көп жылдык тажрыйбасы менен иштелип чыккан: негизги анализ учурдагы микробдук изилдөөлөрдүн негизги талдоо мазмунун камтыйт, талдоо мазмуну бай жана ар тараптуу, жана талдоо натыйжалары долбоордун отчеттору түрүндө берилет;Жекелештирилген анализдин мазмуну ар түрдүү.Үлгүлөр тандалып алынышы мүмкүн жана параметрлер жекелештирилген талаптарды ишке ашыруу үчүн негизги талдоо отчетуна жана изилдөө максатына ылайык ийкемдүү белгилениши мүмкүн.Windows операциялык системасы, жөнөкөй жана тез.
-
PacBio-Толук узундуктагы Транскриптом (Шилтеме эмес)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform секвенирлөө маалыматтарын киргизүү катары алып, бул колдонмо толук узундуктагы транскрипт ырааттуулугун (монтаждабастан) аныктай алат.Толук узундуктагы тизмектерди шилтеме геномуна салыштырып картага түшүрүү менен, транскрипттерди белгилүү гендер, транскрипттер, коддоо аймактары ж.б. менен оптималдаштырса болот. Бул учурда альтернативалуу сплайсинг ж.б. сыяктуу mRNA структураларын так аныктоого жетишүүгө болот.NGS транскриптомунун секвенирлөө маалыматтары менен биргелешип талдоо транскрипт деңгээлинде экспрессияны кеңири аннотациялоого жана так сандык аныктоого мүмкүндүк берет, бул негизинен төмөнкү агымдагы дифференциалдык экспрессияга жана функционалдык анализге пайда алып келет.
-
Кыскартылган өкүлчүлүктүү бисульфит ырааттуулугу (RRBS)
ДНК methylation изилдөө ар дайым оору изилдөө ысык тема болуп келген, жана ген экспрессия жана фено-типтүү өзгөчөлүктөрү менен тыгыз байланышта.RRBS - ДНКнын метилизациясын изилдөө үчүн так, натыйжалуу жана үнөмдүү ыкма.Бисульфиттик секвенирлөө менен бирге ферменттик бөлүнүү (Msp I) менен промотор жана CpG аралдарынын аймактарын байытуу ДНКнын метилляциясынын жогорку резолюциялуулугун аныктоону камсыз кылат.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Прокариот мРНК секвенирлөө
mRNA секвенциясы белгилүү бир шарттарда клеткалардын ичиндеги бардык мРНК транскрипттеринин комплекстүү профилин түзүүгө мүмкүнчүлүк берет.Бул алдыңкы технология күчтүү курал катары кызмат кылат, татаал ген экспрессия профилдерин, ген структураларын жана ар түрдүү биологиялык процесстер менен байланышкан молекулярдык механизмдерди ачат.Фундаменталдык изилдөөдө, клиникалык диагностикада жана дары-дармектерди иштеп чыгууда кеңири колдонулган mRNA ырааттуулугу клетка динамикасынын жана генетикалык жөнгө салуунун татаалдыктары жөнүндө түшүнүктөрдү сунуш кылат.Биздин прокариоттук мРНК үлгүсүн иштетүү прокариоттук транскриптомдорго ылайыкташтырылган, рРНКнын азайышы жана багыттуу китепкананы даярдоо.
Платформа: Illumina NovaSeq X
