-
Бир ядролуу РНК секвенциясы
Бир клетканы басып алуудагы жана жеке китепкананы куруунун техникасындагы жетишкендиктер, жогорку ылдамдыктагы секвенирлөө менен айкалышып, генди экспрессияны клетка боюнча изилдөөгө мүмкүндүк берет.Бул комплекстүү клетка популяцияларына тереңирээк жана толук системалык анализ жүргүзүүгө мүмкүндүк берет, мында ал бардык клеткалардын орточо эсебин алуу менен алардын гетерогендүүлүгүн жашыруудан качат.
Бирок, кээ бир клеткалар бир клеткалуу суспензия жасоого ылайыктуу эмес, ошондуктан үлгүлөрдү даярдоонун башка ыкмалары - ткандардан ядрону алуу керек, башкача айтканда, ядро түз ткандардан же клеткадан алынып, бир ядролуу суспензияга даярдалат. клетка ырааттуулугу.
BMK 10 × Genomics ChromiumTM негизиндеги бир клеткалуу РНК секвенирлөө кызматын камсыз кылат.Бул кызмат иммундук клеткалардын дифференциациясы, шишиктин гетерогендүүлүгү, ткандардын өнүгүүсү ж.
Мейкиндик транскриптом чип: 10 × Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Өсүмдүктөрдүн/жаныбарлардын бүтүндөй геномунун тизилиши
Бүтүндөй геномдун ре-секвенциясы, ошондой эле WGS деп аталат, бүт геномдогу жалпы жана сейрек мутацияларды, анын ичинде жалгыз нуклеотиддик полиморфизмди (SNP), киргизүүнү жок кылууну (InDel), структуранын вариациясын (SV) жана көчүрмө санынын вариациясын (CNV) ачууга мүмкүндүк берет. ).SVs SNPs караганда вариация базасынын көбүрөөк бөлүгүн түзөт жана тирүү организмдерге олуттуу таасирин тийгизет геномго көбүрөөк таасир этет.Узакка окулган секвенсация чоң фрагменттерди жана татаал вариацияларды так аныктоого мүмкүндүк берет, анткени узак окуу тандемдин кайталанышы, GC/ATга бай аймактар жана гипер-өзгөрмө аймактар сыяктуу татаал аймактардын үстүнөн хромосомалык өтүүнү бир топ жеңилдетет.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 мейкиндик транскриптому
Мейкиндик транскриптомикасы илимий инновациялардын алдыңкы сабында туруп, изилдөөчүлөргө мейкиндиктик контекстти сактап, кыртыштардагы гендердин татаал экспрессияларын изилдөөгө мүмкүнчүлүк берет.Ар кандай платформалардын арасында BMKGene BMKManu S1000 мейкиндик транскриптомунун чипин иштеп чыкты.жакшыртылган чечим5µM, субклеткалык диапазонго жетип, иштетүүкөп деңгээлдүү чечим орнотуулары.Болжол менен 2 миллион такты камтыган S1000 чипинде мейкиндик штрих-коддору бар мончоктор менен капталган микроуюктарды колдонот.S1000 чипинен мейкиндик штрих-коддор менен байытылган cDNA китепканасы даярдалып, андан кийин Illumina NovaSeq платформасында секвенирленген.мейкиндик штрих-код үлгүлөрү жана UMIs айкалышы түзүлгөн маалыматтардын тактыгын жана өзгөчөлүгүн камсыз кылат.BMKManu S1000 чипинин уникалдуу атрибуту анын ар түрдүү кыртыштарга жана майда-чүйдөсүнө чейин кылдат жөнгө салынышы мүмкүн болгон көп деңгээлдүү резолюция орнотууларын сунуш кылган универсалдуулугунда жатат.Бул ийкемдүүлүк чипти ар түрдүү мейкиндик транскриптомикалык изилдөөлөр үчүн эң сонун тандоо катары жайгаштырып, минималдуу ызы-чуу менен мейкиндиктин так кластерин камсыз кылат.
BMKManu S1000 чипин жана башка мейкиндик транскриптомика технологияларын колдонуу менен изилдөөчүлөр клеткалардын мейкиндик уюмун жана кыртыштарда пайда болгон татаал молекулярдык өз ара аракеттенишүүнү жакшыраак түшүнүп, кеңири спектрдеги биологиялык процесстердин негизинде жаткан механизмдер жөнүндө баа жеткис түшүнүктөрдү ала алышат, анын ичинде онкология, неврология, өнүгүү биологиясы, иммунология жана ботаникалык изилдөөлөр.
Платформа: BMKManu S1000 чип жана Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Мейкиндик транскриптомикасы изилдөөчүлөргө мейкиндик контекстти сактап, кыртыштардагы ген экспрессияларын изилдөөгө мүмкүндүк берген алдыңкы технология.Бул домендеги бир күчтүү платформа Illumina секвенциясы менен бирге 10x Genomics Visium болуп саналат.10X Visium принциби кыртыш бөлүмдөрү жайгаштырылган атайын кармоо аймагы бар адистештирилген чипте жатат.Бул басып алуу аймагы кыртыштын ичиндеги уникалдуу мейкиндикке туура келген штрих коддуу тактарды камтыйт.Андан кийин кыртыштан алынган РНК молекулалары тескери транскрипция процессинде уникалдуу молекулярдык идентификаторлор (UMIs) менен белгиленет.Бул штрих-коддуу тактар жана UMIs так мейкиндик картасын түзүүгө жана бир клеткалык резолюцияда ген экспрессиясын сандык аныктоого мүмкүндүк берет.мейкиндик штрих-код үлгүлөрү жана UMIs айкалышы түзүлгөн маалыматтардын тактыгын жана өзгөчөлүгүн камсыз кылат.Бул мейкиндиктик транскриптомика технологиясын колдонуу менен изилдөөчүлөр клеткалардын мейкиндик уюмун жана кыртыштарда болуп жаткан татаал молекулярдык өз ара аракеттенишүүнү тереңирээк түшүнүп, бир нече тармактарда, анын ичинде онкология, неврология, өнүгүү биологиясы, иммунологиядагы биологиялык процесстердин негизинде жаткан механизмдер жөнүндө баа жеткис түшүнүктөрдү сунуштай алышат. , жана ботаникалык изилдөөлөр.
Платформа: 10X Genomics Visium жана Illumina NovaSeq
-
Толук узундуктагы мРНК ырааттуулугу-нанопур
NGS негизинде мРНК секвенирлөө ген экспрессиясын сандык аныктоо үчүн ар тараптуу курал катары кызмат кылганы менен, анын кыска окууга таянуусу татаал транскриптомиялык анализдерде анын натыйжалуулугун чектейт.Nanopore секвенциясы, экинчи жагынан, толук узундуктагы mRNA транскрипттерин секвенирлөө мүмкүнчүлүгүн берүүчү узак окуу технологиясын колдонот.Бул ыкма альтернативдик сплайсингди, гендердин синтезин, поли-аденилденүүнү жана мРНК изоформаларынын сандык көрсөткүчтөрүн комплекстүү изилдөөгө көмөктөшөт.
Nanopore секвенировкасы нанопоралуу бир молекула реалдуу убакыттагы электрдик сигналдарга таянат.Кыймылдаткыч белокторду жетектеген кош саптуу ДНК чыңалуунун айырмасы астында нанопор каналы аркылуу өтүп жатканда, биоплёнкага камтылган нанопороктук белоктор менен байланышат.ДНК тилкесиндеги ар кандай негиздер тарабынан түзүлгөн айырмаланган электрдик сигналдар реалдуу убакыт режиминде аныкталып, классификацияланып, так жана үзгүлтүксүз нуклеотиддердин тизилишине көмөктөшөт.Бул новатордук ыкма кыска окуу чектөөлөрдү жеңет жана татаал геномдук талдоо үчүн динамикалык платформаны камсыз кылат, татаал транскриптомиялык изилдөөлөрдү камтыйт.
Платформа: Nanopore Promethion P48
-
Толук узундуктагы мРНК секвенирлөө -PacBio
NGS негизинде mRNA секвенциясы ген экспрессиясын сандык аныктоо үчүн ар тараптуу курал болуп саналат, ал эми анын кыска окууга көз карандылыгы татаал транскриптомиялык анализдерде колдонууну чектейт.PacBio секвенциясы (Iso-Seq), экинчи жагынан, толук узундуктагы мРНК транскрипттеринин секвенирлөөсүнө мүмкүндүк берүүчү узак окуу технологиясын колдонот.Бул ыкма талап кылынган маалыматтардын көптүгүнө байланыштуу ген экспрессиясын сандык аныктоо үчүн негизги тандоо эмес, бирок альтернативдик сплайсинг, гендердин синтези жана поли-аденилацияны комплекстүү изилдөөгө көмөктөшөт.
PacBio секвенирлөө технологиясы толук узундуктагы мРНК транскрипттерин басып алууда өзгөчө артыкчылыкты камсыз кылуучу бир молекулалуу, реалдуу убакыт (SMRT) секвенирлөөсүнө таянат.Бул инновациялык ыкма секвенирлөө учурунда ДНК полимеразанын активдүүлүгүнө реалдуу убакыт режиминде байкоо жүргүзүүгө мүмкүндүк берген нөл режиминдеги толкун өткөргүчтөрдү (ZMWs), микрофабрикалуу скважиналарды колдонууну камтыйт.Бул ZMWдердин ичинде PacBio'нун ДНК полимеразасы ДНКнын толуктоочу тилкесин синтездейт, мРНК транскрипттеринин бардыгын камтыган узун окууларды жаратат.Circular Consensus Sequencing (CCS) режиминде PacBio иштеши бир эле молекуланы кайра-кайра секвенирлөө аркылуу тактыкты жогорулатат.Түзүлгөн HiFi окуулары NGS менен салыштырууга боло турган тактыкка ээ, андан ары татаал транскриптомиялык өзгөчөлүктөргө ар тараптуу жана ишенимдүү талдоо жүргүзүүгө көмөктөшөт.Платформа: PacBio Sequel II
-
Эукариоттук мРНК ырааттуулугу-Илюмина
mRNA секвенциясы белгилүү бир шарттарда клеткалардын ичиндеги бардык мРНК транскрипттеринин комплекстүү профилин түзүүгө мүмкүнчүлүк берет.Бул алдыңкы технология күчтүү курал катары кызмат кылат, татаал ген экспрессия профилдерин, ген структураларын жана ар түрдүү биологиялык процесстер менен байланышкан молекулярдык механизмдерди ачат.Фундаменталдык изилдөөдө, клиникалык диагностикада жана дары-дармектерди иштеп чыгууда кеңири колдонулган mRNA ырааттуулугу клетка динамикасынын жана генетикалык жөнгө салуунун татаалдыктары жөнүндө түшүнүктөрдү сунуш кылат.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Шилтеме эмес мРНК ырааттуулугу-Иллюминага негизделген
mRNA секвенциясы белгилүү бир шарттарда клеткалардын ичиндеги бардык мРНК транскрипттеринин комплекстүү профилин түзүүгө мүмкүнчүлүк берет.Бул алдыңкы технология күчтүү курал катары кызмат кылат, татаал ген экспрессия профилдерин, ген структураларын жана ар түрдүү биологиялык процесстер менен байланышкан молекулярдык механизмдерди ачат.Фундаменталдык изилдөөдө, клиникалык диагностикада жана дары-дармектерди иштеп чыгууда кеңири колдонулган mRNA ырааттуулугу клетка динамикасынын жана генетикалык жөнгө салуунун татаалдыктары жөнүндө түшүнүктөрдү сунуш кылат.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Узун эмес коддолгон секвенирлөө-Illumina
Узун коддолбогон РНКлар (lncRNAs) минималдуу коддоо потенциалына ээ жана коддолбогон РНКнын негизги элементтери болуп саналган 200 нуклеотидден узунураак РНКлар.Ядродо жана цитоплазмада табылган бул РНКлар эпигенетикалык, транскрипциялык жана посттранскрипциялык жөнгө салууда маанилүү ролду ойноп, алардын клеткалык жана молекулярдык процесстерди калыптандыруудагы маанисин баса белгилейт.LncRNA секвенциясы Клетканын дифференциациясында, Онтогенезде жана Адамдын ооруларында күчтүү курал болуп саналат.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Чакан РНК секвенциясы-Илюмина
Чакан РНК (sRNA) молекулалары, адатта, узундугу 200 нуклеотидден ашпайт, микроРНКлар (miRNAs), кичинекей интерференцияланган РНКлар (siRNAs) жана piwi-өз ара аракеттенүүчү РНКлар (piRNAs) кирет.Алардын арасында 20-24 нуклеотидге жакын миРНКлар ар кандай клеткалык процесстердеги негизги жөнгө салуучу ролдору үчүн өзгөчө көңүл бурат.кыртыш-спецификалык жана этап-спецификалык экспрессия үлгүлөрү менен, miRNAs ар кандай түрлөрү боюнча жогорку сактоону көрсөтөт.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
circRNA секвенциясы - Иллюмин
Тегерек РНК секвенциясы (circRNA-seq) бул РНКны туруктуулукту жогорулатуу менен камсыз кылуучу, канондук эмес сплайсинг окуяларынан улам жабык циклдерди түзгөн РНК молекулаларынын классы болгон тегерек РНКларды профилдештирүү жана талдоо.Кээ бир circRNAs микроРНК губка катары иш-аракет кылып, микроРНКларды секвестрлеп, алардын максаттуу mRNAs жөнгө салууга жол бербестен, башка circRNAs белоктор менен өз ара аракеттениши мүмкүн, ген экспрессиясын модуляциялайт же клеткалык процесстерде роль ойношу мүмкүн.circRNA экспрессия анализи бул молекулалардын жөнгө салуучу ролдору жана алардын ар кандай клеткалык процесстердеги, өнүгүү этаптарында жана оорунун шарттарында мааниси жөнүндө түшүнүктөрдү берет, бул ген экспрессиясынын контекстинде РНКны жөнгө салуунун татаалдыгын тереңирээк түшүнүүгө өбөлгө түзөт.
-
Бүтүндөй транскриптомдун секвенциясы - Illumina
Бүтүндөй транскриптомдук секвенирлөө коддоочу (mRNA) жана коддолбогон РНКларды (lncRNA, circRNA жана miRNA) камтыган түрдүү РНК молекулаларын профилдештирүү үчүн комплекстүү мамилени сунуштайт.Бул ыкма белгилүү бир көз ирмемде белгилүү бир клеткалардын толук транскриптомдорун басып алат, бул клетка процесстерин толук түшүнүүгө мүмкүндүк берет.Ошондой эле "жалпы РНК секвенциясы" деп аталат, ал транскриптомдун деңгээлинде татаал жөнгө салуучу тармактарды ачууга багытталган, бул атаандаш эндогендик РНК (ceRNA) жана биргелешкен РНК анализи сыяктуу терең талдоо жүргүзүүгө мүмкүндүк берет.Бул өзгөчө circRNA-miRNA-mRNA-негизделген ceRNA өз ара аракеттенүүсүн камтыган жөнгө салуучу тармактарды ачууда, функциялык мүнөздөмөнүн алгачкы кадамын белгилейт.
