-
Хроматиндин иммунопреципитациясынын секвенциясы (ChIP-seq)
ChIP-Seq гистондун модификациясы, транскрипция факторлору жана башка ДНК менен байланышкан протеиндер үчүн ДНК максаттарынын геномдук профилин камсыз кылат.Ал спецификалык протеин-ДНК комплекстерин калыбына келтирүү үчүн хроматиндин иммундук преципитациясынын (ChIP) селективдүүлүгүн, калыбына келтирилген ДНКнын жогорку өтүмдүү секвенциясы үчүн кийинки муундун секвенирлөө (NGS) күчү менен айкалыштырат.Мындан тышкары, протеин-ДНК комплекстери тирүү клеткалардан калыбына келтирилгендиктен, байланыштыруучу жерлер ар кандай клетка типтеринде жана кыртыштарында же ар кандай шарттарда салыштырылышы мүмкүн.Колдонмолор транскрипциялык жөнгө салуудан өнүгүү жолдоруна чейин оору механизмдерине чейин жана андан тышкары.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Бүтүндөй геномдун бисульфиттик секвенциясы
Цитозиндеги (5-мС) бешинчи позицияда ДНКнын метилизациясы гендин экспрессиясына жана клеткалык активдүүлүгүнө негизги таасирин тийгизет.Анормалдуу methylation үлгүлөрү, мисалы, рак сыяктуу бир нече шарттар жана оорулар менен байланышкан.WGBS бир базалык резолюцияда геномдук метилизацияны изилдөө үчүн алтын стандарт болуп калды.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Транспозазага жеткиликтүү хроматинди анализдөө (ATAC-seq)
ATAC-seq – гендин экспрессиясын глобалдык эпигенетикалык көзөмөлдөө үчүн маанилүү болгон геном боюнча кеңири хроматиндин жеткиликтүүлүгүн талдоо үчүн жогорку өндүрүмдүү секвенирлөө ыкмасы.Секвенирлөө адаптерлери ачык хроматин аймактарына гиперактивдүү Tn5 транспозазасы аркылуу киргизилет.ПТР күчөтүлгөндөн кийин секвенирлөө китепканасы түзүлөт.Бардык ачык хроматин аймактарын белгилүү бир мейкиндик-убакыт шартында алууга болот, бул транскрипция факторунун же белгилүү гистондун модификацияланган аймагынын байланыш жерлери менен гана чектелбестен.
-
Кыскартылган өкүлчүлүктүү бисульфит ырааттуулугу (RRBS)
ДНК methylation изилдөө ар дайым оору изилдөө ысык тема болуп келген, жана ген экспрессия жана фено-типтүү өзгөчөлүктөрү менен тыгыз байланышта.RRBS - ДНКнын метилизациясын изилдөө үчүн так, натыйжалуу жана үнөмдүү ыкма.Бисульфиттик секвенирлөө менен бирге ферменттик бөлүнүү (Msp I) менен промотор жана CpG аралдарынын аймактарын байытуу ДНКнын метилляциясынын жогорку резолюциялуулугун аныктоону камсыз кылат.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
