Жылуулук картасы
Матрицалык маалымат файлы жылуулук картасын чийүү үчүн колдонулат, ал матрицалык маалыматтарды чыпкалап, нормалдаштырып жана кластерлей алат.Ал көбүнчө ар кандай үлгүлөрдүн ортосундагы ген экспрессия деңгээлин кластердик анализдөө үчүн колдонулат.
Gene Annotation
Ген функциясын аннотациялоо FASTA файлындагы ырааттуулукту ар кандай маалыматтар базасына салыштыруу аркылуу ишке ашырылат.
Gene Annotation
Негизги жергиликтүү тегиздөө издөө куралы
CDS_UTR_Божомолдоо
Бул курал белгилүү протеин маалыматтар базасына жана ORF божомолуна каршы жардыруу негизинде берилген транскрипт ырааттуулугунда коддоочу аймактарды (CDS) жана коддолбогон аймактарды (UTR) болжолдоо үчүн иштелип чыккан.
Манхэттен участогу
Манхэттен сюжети көп сандагы маалымат чекиттери менен маалыматтарды көрсөтүүгө мүмкүндүк берет.Ал көбүнчө геномдук ассоциация изилдөөлөрүндө (GWAS) колдонулат.
Circos
CIRCOS диаграммасы геномдо SNP, InDeL, SV, CNV бөлүштүрүүнү түз көрсөтүүгө мүмкүндүк берет.
GO_Enrichment
TopGO функционалдык байытуу үчүн иштелип чыккан курал.TopGO-Bioconductor пакети дифференциалдык экспрессиялык анализден, GO байытуу талдоосунан жана натыйжалардын визуализациясынан турат.Ал topGO_BP, topGO_CC жана topGO_MF натыйжаларын камтыган "График" деп аталган папканы түзөт.
WGCNA
WGCNA - гендин биргелешкен экспрессиясынын модулдарын ачуу үчүн кеңири колдонулган маалымат казып алуу ыкмасы.Ал ар кандай экспрессиялык маалыматтар топтомуна, анын ичинде микроаррей маалыматтарына жана кийинки муундун секвенирлөөсүнөн келип чыккан ген экспрессиясына тиешелүү.
InterProScan
InterPro протеин ырааттуулугун талдоо жана классификация
GO_KEGG_Байытуу
Бул курал берилген ген топтомуна жана тиешелүү аннотацияга негизделген GO байытуу гистограммасын, KEGG байытуу гистограммасын жана KEGG байытуу жолун түзүү үчүн иштелип чыккан.