Продукциялар

Шилтеме эмес мРНК ырааттуулугу-Иллюминага негизделген

Шилтеме эмес mRNA ырааттуулугу-Иллюминанын өзгөчөлөнгөн сүрөтү

mRNA секвенциясы кийинки муундун секвенирлөө ыкмасын (NGS) кабыл алуу үчүн, кээ бир өзгөчө функциялар активдешип жаткан белгилүү бир мезгилде Эукариоттун кабарчы РНКсын (mRNA) кармап алат.Эң узун транскрипция 'Unigene' деп аталып, кийинки талдоо үчүн шилтеме ырааттуулугу катары колдонулган, бул түрдүн молекулярдык механизмин жана регулятивдик тармагын шилтемесиз изилдөө үчүн эффективдүү каражат болуп саналат.

Транскриптомдун маалыматтарын чогултуу жана унигендик функциялык аннотациядан кийин

(1) SSR анализи, CDS болжолдоо жана ген структурасы алдын ала түзүлөт.

(2) Ар бир үлгүдөгү униген экспрессиясынын сандык аныктамасы жүргүзүлөт.

(3) Үлгүлөрдүн (же топтордун) ортосундагы дифференциалдуу экспрессияланган унигендер униген экспрессиясынын негизинде ачылат

(4) Кластерлөө, функционалдык аннотациялоо жана дифференциалдуу экспрессияланган унигендерди байытуу анализи жүргүзүлөт

Биз менен байланыш

Кызматтын чоо-жайы

Биоинформатика

Демо натыйжалары

Case Study

Өзгөчөлүктөрү

● Эч кандай шилтеме геномуна көз карандысыз,

● Берилген маалыматтар транскрипттердин структурасын жана туюнтмаларын талдоо үчүн колдонулушу мүмкүн

● өзгөрүлмө кесүү сайттарды аныктоо

Кызматтын артыкчылыктары

● BMKCloud негизинде жыйынтыктарды жеткирүү: Натыйжалар BMKCloud платформасы аркылуу маалымат файлы жана интерактивдүү отчет катары жеткирилет, бул татаал талдоо натыйжаларын колдонуучуга ыңгайлуу окууга жана стандарттуу биоинформатика анализинин негизинде жекелештирилген маалыматтарды казып алууга мүмкүндүк берет.

● Сатуудан кийинки кызматтар: Долбоор аяктагандан кийин 3 айга жарактуу сатуудан кийинки кызматтар, анын ичинде долбоорлорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү чечүү, суроолор жана жооптор ж.б.

Үлгү талаптары жана жеткирүү

Үлгү талаптары:

Нуклеотиддер:

Конц.(нг/мкл)

Суммасы (мкг)

Тазалык

актык

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн.

Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥6,5;

Жаныбарлар үчүн: RIN≥7,0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

чектелген же негизги бийиктиги жок

Кыртыш: Салмагы (кургак): ≥1 г
*5 мг аз кыртыш үчүн, биз жарк-тоңдурулган (суюк азотто) кыртыш үлгүсүн жөнөтүүнү сунуштайбыз.

Клетка суспензиясы: Клеткалардын саны = 3×10⁷
*Биз тоңдурулган клетка лизатын жөнөтүүнү сунуштайбыз.Бул клетка 5×10дон азыраак эсептелген учурда⁵, суюк азотто тоңдурулган флеш сунушталат.

Кан үлгүлөрү:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол жана 2 мл кан (ТРИзол: Кан = 3: 1)

Сунушталган үлгү жеткирүү

Контейнер:
2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Жөнөтүү:
1.Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2.RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНК стабилдештирүү түтүкчөсүндө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.

Кызматтын иш агымы

Эксперимент дизайны

Үлгү жеткирүү

РНК экстракциясы

Китепкананын курулушу

Секвенциялоо

Маалыматтарды талдоо

Сатуудан кийинки кызматтар

Мурунку: Узун эмес коддолгон секвенирлөө-Illumina

Кийинки: Эукариоттук мРНК ырааттуулугу-Илюмина

Биоинформатика

1.mRNA(denovo) Ассамблея принциби

Үчилтик боюнча, окуулар К-мер деп аталган кичинекей бөлүктөргө бөлүнөт.Бул К-мерлер андан кийин контигге, андан кийин контигдин кабатталышына негизделген компонентке жайыла турган үрөн катары колдонулат.Акыр-аягы, De Bruijn компоненттерде стенограммаларды таануу үчүн бул жерде колдонулган.

mRNA-(De-novo)-Үчилтикке-обзор

mRNA (De novo) Үчилтиктин жалпы көрүнүшү

2.mRNA (De novo) Ген экспрессиясынын деңгээли

RNA-Seq ген экспрессиясын өтө сезгич баалоого жетишүүгө жөндөмдүү.Адатта, FPKM туюнтмаларынын аныкталуучу диапазону 10^-2ден 10^6га чейин өзгөрөт.

мРНК-(Де-ново)-ар бир үлгүдөгү-FPKM-тыштыгынын-таралышы

mRNA (De novo) Ар бир үлгүдөгү FPKM тыгыздыгынын бөлүштүрүлүшү

3.mRNA (De novo) GO DEGs байытуу талдоо

GO (Gene Ontology) маалымат базасы ген жана ген продуктуларынын функцияларынын стандарттык лексикасын камтыган структураланган биологиялык аннотация системасы.Ал бир нече деңгээлди камтыйт, мында деңгээл канчалык төмөн болсо, функциялар ошончолук конкреттүү болот.

мРНК-(Де-ново)-ГО-экинчи деңгээлдеги-DEGs-классификациясы

mRNA (De novo) GO экинчи деңгээлдеги DEG классификациясы

BMK Case

Пиязда пияздын шишиги жана өнүгүүсүндөгү сахарозанын метаболизминин транскриптомдук анализи (Allium cepa L.)

Жарыяланган: өсүмдүктөр илиминин чек аралары， 2016

Секвенирлөө стратегиясы

Illumina HiSeq2500

Үлгү чогултуу

Бул изилдөөдө Юта Сары Sweet Spain сорту "Y1351" колдонулган.чогултулган үлгүлөрдүн саны болгон
Лампанын шишип кеткенинен (DAS) 15-күн (диаметри 2 см жана салмагы 3-4 г), 30-DAS (диаметри 5 см жана салмагы 100-110 г) жана 40-DAS боюнча ~ 3 (диаметри 7 см жана 260–300 грамм).

Негизги жыйынтыктар

1. Венн диаграммасында өнүгүүнүн үч жуп баскычында бардыгы болуп 146 DEG аныкталган.
2. “Карбонгидраттарды ташуу жана метаболизм” 585 униген менен гана берилген (б.а. аннотацияланган COGдин 7%).
3. GO маалымат базасына ийгиликтүү аннотацияланган Unigenes лампаларды өнүктүрүүнүн үч түрдүү этаптары үчүн үч негизги категорияга бөлүндү.«Биологиялык процесстин» негизги категориясында «метаболизм процесси», андан кийин «клеткалык процесс» көрсөтүлгөн.«Молекулярдык функциянын» негизги категориясында эң көп көрсөтүлгөн эки категория «байланыштуу» жана «каталитикалык активдүүлүк» болгон.

PB-толук узундуктагы-РНК-Секвенирование-окуя-изилдөө

Ортологиялык топтордун кластерлеринин гистограммасы (COG) классификациясы

Үч өнүгүү стадиясында лампалардан алынган унигендер үчүн ген онтологиясынын гистограммасы (GO) классификациясы

Венн диаграммасы пияздын өнүгүшүнүн каалаган эки баскычында дифференциалдуу түрдө чагылдырылган гендерди көрсөтөт

Шилтеме

Чжан Ц, Чжан Н, Чжан З, ж.б.Пиязда (Allium cepa L.) [J] пияздын шишиги жана өнүгүүсүндөгү сахарозанын метаболизминин транскриптомдук анализи.Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425