ГЕНОМ ЭВОЛЮЦИЯСЫ
Genome De novo
Ассамблея|Жынысты аныктоо Бардык секвенирлөө иштери жана жарым-жартылай биоинформатикалык кызматтар Biomarker Techonologies тарабынан берилген.
Реферат
"Деңиз ажыдаарларынын көрүнүктүү фенотиби жалбырак сымал тиркемелерди, тишсиз түтүкчөлүү оозду жана уруктанган жумурткаларды ачык “туура жеринде” инкубациялоону камтыган эркектин кош бойлуулугун камтыйт.Биз кадимки деңиз ажыдаарынын (Phyllopteryx taeniolatus) жана анын жакын түрлөрүнүн, аллигатор чоор балыктарынын (Syngnathoides biaculeatus) эркек жана ургаачы геномдорун жаңыдан тизип койдук.Эволюциялык жаңылыктан, жалбырак сымал тиркемелерден алынган транскрипция профилдери, адатта, финдердин өнүгүшүнө катышкан гендердин жыйындысы, ошондой эле ткандарды калыбына келтирүү жана иммундук коргонуу гендери үчүн транскрипттерди байытуу менен бирге тандалып алынганын көрсөтөт.Бардык сингнатиддерде жоголгон scpp5 үчүн зебрабалык мутанттарынын фарингалдык тиштери жок экени же деформацияланганы аныкталды, бул scpp5тин жоголушу сингнатхиддердин тиштеринин жоголушуна өбөлгө түзгөн деген гипотезаны колдойт.Кадимки деңиз ажыдаар жана аллигатор чоор балыктары бөлүшкөн эркек-спецификалык amhr2y генин коддоочу болжолдуу жынысты аныктоочу локус аныкталган. ”
Материалдар жана ыкмалар:
Материалдар
Fбиздин жалпы деңиз ажыдаары (P. taeniolatus) жана эки аллигатор чоор балыгы (S. biaculeatus) үлгүлөр.Эки кадимки деңиздрагон (бир эркек жана бир ургаачы) жана эки аллигатор чоор балыгы (бир эркек жана бир ургаачы) индивиду бүт геномду секвенирлөө үчүн, ал эми дагы эки эркек кадимки деңиздрагон индивиду геномду кайталоо үчүн колдонулган.
Геномдун секвенирлөө стратегиясы
270/350 bp китепканасы (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) же Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) секвенциясы, жана башка эки эркек жалпы Seadragon индивиду геномду кайталоо үчүн колдонулган.
Транскриптомдук ырааттуулук
Fже кадимки деңиз ажыдаары, мээ, көз, гиль, боор, жүрөк, бөйрөк, мезентерия, ичеги, булчуң, канат, тери, жалбырак сымал кошумчалар, урук бездери жана жумурткалык бездери чогултулган.
Genome de novo чогултуу стратегиясы
Canu (Оңдоо) + WTDBG2 (Ассамблея) + Pilon (Польша) + Lachesis (Hi-C).
Негизги жыйынтыктар
1-сүрөт. Кадимки деңиз ажыдаарынын (P. taeniolatus) жана аллигатор чоор балыктарынын (S. biaculeatus) негизги өзгөчөлүктөрү жана алардын филогенетикалык абалы.
2-сүрөт. Кадимки деңиз ажыдаарындагы (P. taeniolatus) жалбырак сымал тиркемелердин морфологиясы жана генетикалык түзүлүшү.
3-сүрөт. Кадимки деңиз ажыдаарында (P. taeniolatus) жана аллигатор түтүкчөсүндөгү (S. biaculeatus) жынысын аныктоочу ген.
Сүрөт 4. Зебрабалык scpp5 гомозиготалуу мутанттардагы фарингалдык тиштердин фенотиптери.
Посттун убактысы: Январь-08-2022