BMKCloud Log in
条形banner-03

Жаңылыктар

ГЕНОМ ЭВОЛЮЦИЯСЫ, ПАНГЕНОМ

Пан-геном деген эмне?

Топтолгон далилдер түрдүн ар кандай штаммдарынын ортосундагы дисперсия чоң болушу мүмкүн экенин көрсөтүп турат.Бир геном бир түрдүн генетикалык маалыматынын толук сүрөтүн алуу үчүн жетиштүү эмес.Пан-геномду изилдөөнүн максаты – бир түрдүн кеңири геномдук графигин алуу жана көп сандаган штаммдардын геном де-ново жыйындысын жүргүзүү аркылуу белгилер менен генетикалык коддордун ортосундагы байланыштарды чечмелөө, бул вариацияларды тереңирээк жана кеңири казып алууга мүмкүндүк берет.

Пан-геномду изилдөөнүн тенденциялары

1

Сүрөт 1 Пан-геномдун жарыяланган илимий эмгектеринин тенденциялары.
Эскертүү: Сүрөт Nature, Cell жана Science журналдарында жарыяланган макалалардын аталыштарын издөө үчүн негизги сөз катары “пан-геномду” алуунун натыйжасын көрсөтөт.

а.Бир нече үлгүлөрдүн окуулары маалымдамага тегизделет, ал эми тегизделбегендери жаңы контигтерге чогултулат.Бул жаңы контигдерди баштапкы шилтеме ырааттуулугуна кошуу менен, пангеномдун шилтемесин түзсө болот.Бөлүнүүчү аймактар ​​бардык окууларды пангеномго кайра түшүрүүнүн негизинде аныкталат.

б.Көптөгөн кошулмалардын геномдорунун жаңы жыйындысы бүтүндөй геномду тегиздөө ыкмаларына геномдук аймактарды аныктоого мүмкүндүк берет.

в.Пан-геномдун графигин бүтүндөй геномдун тегиздөөсүнөн же де-нового графиктин жыйындысы аркылуу түзсө болот, ал график аркылуу уникалдуу жолдор катары бөлүштүрүлүүчү аймактардын варианттык маалыматын эффективдүү сактайт.

Пан-геномду кантип куруу керек?

2

Сүрөт 2 Пан-геномдук ыкмаларды салыштыруу1

а.Бир нече үлгүлөрдүн окуулары маалымдамага тегизделет, ал эми тегизделбегендери жаңы контигтерге чогултулат.Бул жаңы контигдерди баштапкы шилтеме ырааттуулугуна кошуу менен, пангеномдун шилтемесин түзсө болот.Бөлүнүүчү аймактар ​​бардык окууларды пангеномго кайра түшүрүүнүн негизинде аныкталат.

б.Көптөгөн кошулмалардын геномдорунун жаңы жыйындысы бүтүндөй геномду тегиздөө ыкмаларына геномдук аймактарды аныктоого мүмкүндүк берет.

в.Пан-геномдун графигин бүтүндөй геномдун тегиздөөсүнөн же де-нового графиктин жыйындысы аркылуу түзсө болот, ал график аркылуу уникалдуу жолдор катары бөлүштүрүлүүчү аймактардын варианттык маалыматын эффективдүү сактайт.

Жакында жарыяланган Пан-геномдор

● Зордуктоо пан-геномдору2

3

● Помидор пан-геномдору 3

4

● Райс Пан -геном4

5

● Күн караманын пан-геному5

6

● Соя Пан-геному 6

7

● Райс пан-геному7

8

● Арпа Пан-геному8

9

● Буудай Пан-геному9

10

● Sorghum Pan-геному10

11

● Фитопланктон Пан-геному11

12

Шилтеме

1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-геномдор жаңы шилтеме болуп саналат.Nat өсүмдүктөр.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0

2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Сегиз жогорку сапаттагы геном пан-геномдун архитектурасын жана Брассика напустун экотипинин дифференциациясын ачып берет.Nat өсүмдүктөр.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7

3. Гао Л, Гонда I, Sun H, ж.б.Помидор пан-геному жаңы гендерди жана жемиш даамын жөнгө салуучу сейрек кездешүүчү аллельди ачат.Нат Женет.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2

4. Чжао Ц, Фэн Ц, Лу Х, ж.б.Пан-геномдук анализ маданий жана жапайы күрүчтүн геномдук вариациясынын көлөмүн баса белгилейт [жарыяланган оңдоо Nat Genetте пайда болот.2018 август;50(8):1196].Нат Женет.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z

5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Күн караманын пан-геномдук анализи көрсөткөндөй, гибриддештирүү гендин мазмунун жана ооруларга туруктуулукту өзгөрткөн.Nat өсүмдүктөр.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0

6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Жапайы жана маданий соя буурчактарынын пан-геному.Клетка.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023

7. Qin P, Lu H, Du H, et al.33 генетикалык ар түрдүү күрүч кошулмаларынын пан-геномдук анализи жашыруун геномдук вариацияларды ачат [басылмага чейин онлайн жарыяланган, 2021-жылдын 25-майы].Клетка.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046

8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, ж.б.Арпа пан-геному мутация лык асылдандыруунун жашыруун мурасын ачып берет.Жаратылыш.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, ж.б.Бир нече буудай геномдору заманбап селекциядагы глобалдык вариацияны ачып берет.Жаратылыш.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x

10. Тао Ю, Луо Х, Сю Дж, ж.б.Маданий жана жапайы сорго пан-геномунун ичиндеги кеңири вариация [басууга чейин онлайн жарыяланган, 2021-жылдын 20-майы].Nat өсүмдүктөр.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x

11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Фитопланктон пангеному ар түрдүү функциялардын кеңири прокариоттук ген трансферин ачып берет.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Жарыяланганы 29-апр 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111


Билдирүү убактысы: 04-04-2022

Бизге билдирүүңүздү жөнөтүңүз: