-
PacBio-Толук узундуктагы Транскриптом (Шилтеме эмес)
Amplicon (16S/18S/ITS) платформасы стандартташтырылган негизги анализди жана жекелештирилген анализди камтыган микробдук ар түрдүүлүк долбоорун талдоодо көп жылдык тажрыйбасы менен иштелип чыккан: негизги анализ учурдагы микробдук изилдөөлөрдүн негизги талдоо мазмунун камтыйт, талдоо мазмуну бай жана ар тараптуу, жана талдоо натыйжалары долбоордун отчеттору түрүндө берилет;Жекелештирилген анализдин мазмуну ар түрдүү.Үлгүлөр тандалып алынышы мүмкүн жана параметрлер жекелештирилген талаптарды ишке ашыруу үчүн негизги талдоо отчетуна жана изилдөө максатына ылайык ийкемдүү белгилениши мүмкүн.Windows операциялык системасы, жөнөкөй жана тез.
-
PacBio-Толук узундуктагы Транскриптом (Шилтеме эмес)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform секвенирлөө маалыматтарын киргизүү катары алып, бул колдонмо толук узундуктагы транскрипт ырааттуулугун (монтаждабастан) аныктай алат.Толук узундуктагы ырааттуулуктарды шилтеме геномуна салыштырып картага түшүрүү менен, транскрипттерди белгилүү гендер, транскрипттер, коддоо аймактары ж.б. менен оптималдаштырса болот. Бул учурда альтернативдик сплайсинг ж.б. сыяктуу mRNA структураларын тагыраак идентификациялоого жетишүүгө болот.NGS транскриптомунун секвенирлөө маалыматтары менен биргелешип талдоо транскрипция деңгээлинде экспрессияны кеңири аннотациялоого жана так сандык аныктоого мүмкүндүк берет, бул негизинен төмөнкү агымдагы дифференциалдык экспрессияга жана функционалдык анализге пайда алып келет.
-
Toolkits
BMKCloud - бул геномдук программалар үчүн бирдиктүү чечимди камсыз кылган алдыңкы биоинформатикалык платформа, ага медициналык, айыл чарба, экологиялык ж.б.у.с ар түрдүү тармактарда изилдөөчүлөр кеңири ишенет. BMKCloud комплекстүү, ишенимдүү жана эффективдүү кызматтарды көрсөтүүгө умтулат, анын ичинде биоинформатикалык талдоо платформалары жана куралдары , эсептөө ресурстары, коомдук маалымат базасы, биоинформатикалык онлайн курстар ж.б.у.с. BMKCloud ген аннотациясын, эволюциялык генетикалык куралдарды, ncRNA, маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө, чогултуу, тегиздөө, маалыматтарды алуу, мутациялар, статистика, фигура генератору, ырааттуулукту камтыган ар кандай көп колдонулган биоинформатикалык куралдарга ээ. талдоо ж.б.
-
кичинекей РНК
Чакан РНКлар - кыска коддолбогон РНКнын түрү, орточо узундугу 18-30 нт, анын ичинде miRNA, siRNA жана piRNA.Бул кичинекей РНКлар массалык түрдө ар кандай биологиялык процесстерге катышат, мисалы, мРНКнын деградациясы, котормонун бөгөт коюусу, гетерохроматиндин пайда болушу ж.б. секвенирлөө талдоо платформа стандарттык талдоо жана өнүккөн маалыматтарды казып турат.RNA-seq маалыматтарынын негизинде стандарттык анализ миРНКны идентификациялоого жана болжолдоого, miRNA максаттуу генди болжолдоого, аннотацияга жана экспрессияга анализ жасай алат.Өркүндөтүлгөн анализ ыңгайлаштырылган miRNA издөө жана экстракциялоо, Венн диаграммасын түзүү, miRNA жана максаттуу ген тармагын курууга мүмкүндүк берет.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS - бул Biomarker Technologies тармагындагы бай тажрыйбанын негизинде иштелип чыккан бүтүндөй геномду кайра секвенирлөөчү талдоо платформасы.Бул колдонууга оңой платформа Illumina платформасынан да, BGI секвенирлөө платформасынан да түзүлгөн ДНК секвенирлөө маалыматтарына туура келген бир нече негизги параметрди коюу менен интегралдык анализдин иш процессин тез тапшырууга мүмкүндүк берет.Бул платформа өтө чектелген убакыттын ичинде жогорку эффективдүү маалыматтарды талдоо мүмкүнчүлүгүн берген жогорку натыйжалуу эсептөө серверинде орнотулган.Жекелештирилген маалыматтарды казып алуу стандарттык анализдин негизинде жеткиликтүү, анын ичинде мутацияланган ген суроосу, ПТР праймер дизайны ж.б.
-
mRNA(Шилтеме)
Транскриптом – геномдук генетикалык маалымат менен биологиялык функциянын протеомунун ортосундагы байланыш.Транскрипциялык деңгээлдеги жөнгө салуу организмдердин эң маанилүү жана эң кеңири изилденген жөнгө салуу режими болуп саналат.Транскриптомдун секвенциясы бир нуклеотидге чейин так резолюция менен транскриптомду каалаган убакта же каалаган шартта секвендештире алат. Ал гендин транскрипциясынын деңгээлин динамикалык түрдө чагылдыра алат, бир эле учурда сейрек кездешүүчү жана нормалдуу транскрипттерди аныктап, сандык аныктай алат жана структуралык маалыматты бере алат. атайын транскрипттердин үлгүсү.
Азыркы учурда, транскриптомдук секвенирлөө технологиясы агрономияда, медицинада жана башка изилдөө тармактарында, анын ичинде жаныбарлар менен өсүмдүктөрдүн өнүгүүсүн жөнгө салуу, айлана-чөйрөгө адаптациялоо, иммундук өз ара аракеттенүү, гендердин локализациясы, түрлөрдүн генетикалык эволюциясы жана шишик жана генетикалык ооруларды аныктоодо кеңири колдонулуп келет.
-
Метагеномика (NGS)
Бул талдоо платформасы көп жылдык тажрыйбанын негизинде мылтыктын метагеномикалык маалыматтарын талдоо үчүн иштелип чыккан.Ал ар кандай кеңири керектүү метагеномика анализдерин камтыган интеграцияланган иш процессин камтыйт, анын ичинде маалыматтарды иштетүү, түр деңгээлиндеги изилдөөлөр, ген функцияларынын деңгээлинде изилдөөлөр, метагеномдорду бириктирүү ж. , параметр орнотуу, жекелештирилген фигураны түзүү, ж.б.
-
LncRNA
Узун коддолбогон РНКлар (lncRNA) белокторду коддой албаган узундугу 200 нттен ашкан транскрипттердин бир түрү.Топтолгон далилдер lncRNAлардын көпчүлүгү иштеши мүмкүн экенин көрсөтүп турат.Жогорку өндүрүмдүү секвенирлөө технологиялары жана биоинформатикалык талдоо куралдары бизге lncRNA ырааттуулугун жана жайгаштыруу маалыматты натыйжалуураак ачып берүүгө жана маанилүү жөнгө салуучу функциялары бар lncRNAларды ачууга жардам берет.BMKCloud тез, ишенимдүү жана ийкемдүү lncRNA анализине жетүү үчүн кардарларыбызга lncRNA тизмегин талдоо платформасын камсыз кылуу менен сыймыктанат.
-
GWAS
Геном боюнча жалпы ассоциациялык изилдөө (GWAS) өзгөчө белгилерге (фенотип) байланыштуу генетикалык варианттарды (генотип) аныктоого багытталган.GWA изилдөөлөрү генетикалык маркерлердин көп сандагы индивиддердин бүт геномунун кайчылашын изилдейт жана популяция деңгээлинде статистикалык талдоо аркылуу генотип-фенотиптик ассоциацияларды болжолдойт.Бүтүндөй геномдун секвенциясы бардык генетикалык варианттарды ача алат.Фенотиптик маалыматтар менен айкалышып, GWAS фенотипке байланыштуу SNPs, QTLs жана талапкер гендерди аныктоо үчүн иштетилиши мүмкүн, бул заманбап жаныбарларды/өсүмдүктөрдү асылдандырууну бекемдейт.SLAF - бул геномдун кеңири таралган маркерлерин, SNPди ачкан, өз алдынча иштелип чыккан жөнөкөйлөштүрүлгөн геномдун секвенирлөө стратегиясы.Бул SNPs, молекулярдык генетикалык маркерлер катары, максаттуу сапаттары менен ассоциация изилдөөлөр үчүн иштетилиши мүмкүн.Бул генетикалык вариациялар менен байланышкан татаал белгилерди аныктоодо экономикалык жактан натыйжалуу стратегия.
-
Nanopore Толук узундуктагы транскриптомика
Организмдердеги татаал жана өзгөрмө альтернативалуу изоформалар гендердин экспрессиясын жана белоктун ар түрдүүлүгүн жөнгө салуу үчүн маанилүү генетикалык механизмдер болуп саналат.Транскрипт структураларын так аныктоо ген экспрессиясын жөнгө салуу мыйзам ченемдүүлүктөрүн терең изилдөө үчүн негиз болуп саналат.Nanopore секвенирлөө платформасы транскриптомиялык изилдөөнү изоформа деңгээлине ийгиликтүү алып келди.Бул талдоо платформасы ген деңгээлинде да, транскрипттердин деңгээлинде да сапаттык жана сандык анализдерге жетүүчү шилтеме геномунун негизинде Nanopore платформасында түзүлгөн RNA-Seq маалыматтарын талдоо үчүн иштелип чыккан.
