16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Кызматтын артыкчылыктары
● 16S/18S/ITS толук метраждуу ырааттуулугун ачып берген узак окуулар
● PacBio CCS режиминин ырааттуулугу менен өтө так базалык чалуу
● OTU/ASV аннотациясындагы түр деңгээлиндеги резолюция
● Акыркы QIIME2 маалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар түрдүү анализдер менен агымды талдоо.
● Ар түрдүү микробдук коомчулукту изилдөөгө ылайыктуу
● BMK топурак, суу, газ, ылай, заң, ичеги-карын, тери, ачытуу сорпосу, курт-кумурскалар, өсүмдүктөр, ж.
● BMKCloud 45 жекелештирилген талдоо куралдарын камтыган маалыматтарды чечмелөөгө жардам берди
Кызмат спецификациялары
| СеквенциялооПлатформа | Китепкана | Сунушталган маалыматтар | Айлануу убактысы |
| PacBio уландысы II | SMRT-коңгуроо | 5K/10K/20K Tags | 44 жумушчу күн |
Биоинформатика анализи
● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● OTU кластерлөө/Чуулоо (ASV)
● OTU аннотациясы
● Альфа ар түрдүүлүгү
● Бета ар түрдүүлүгү
● Топтор аралык талдоо
● Эксперименттик факторлорго каршы ассоциациянын анализи
● Функциянын генин болжолдоо
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 1 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүккө же циротүбгө резервациялоо үчүн үлгүлөр. |
| Feces | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуңуз жана аликвот алыңыз. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.V3+V4(Illumina) негизиндеги микробдук коомчулуктун профилин түзүүнүн аннотация ылдамдыгы. Толук узундуктагы (PacBio) негизиндеги профилдештирүү.
(Статистикага туш келди тандалып алынган 30 долбоордун маалыматтары колдонулган)
2. Түрдүү үлгүлөрдүн түрлөрүндө түр деңгээлинде толук узундуктагы ампликон секвенирлөөнүн аннотациясынын ылдамдыгы
3. Түрлөрдүн таралышы
4. Филогенетикалык дарак
BMK Case
Мышьяктын таасири ичеги тосмосунун бузулушуна алып келет жана натыйжада ичеги-боор огу активдешип, өрдөктөрдүн боорунун сезгенишине жана пироптозуна алып келет.
Жарыяланган:Жалпы айлана-чөйрө илими,2021
Тартиптештирүү стратегиясы:
Үлгүлөр: Контролдук 8 мг/кг АТОго дуушар болгон топко каршы
Тартиптүү маалымат кирешеси: жалпысынан 102 583 чийки CCS ырааттуулугу
Control: 54,518 ± 747 натыйжалуу CCS
ATO-ачык : 45,050 ± 1675 эффективдүү CCS
Негизги жыйынтыктар
Альфа ар түрдүүлүгү:ATO таасири өрдөктөрдүн ичеги микробдорунун байлыгын жана ар түрдүүлүгүн олуттуу өзгөрттү.
Метастат анализи:
Филум деңгээлинде: 2 бактерия филасы контролдук топтордо гана аныкталган
Урук деңгээлинде: 6 тукумдун салыштырмалуу көптүгү боюнча бир топ айырмаланган
Түр деңгээлинде: Бардыгы болуп 36 түр аныкталган, алардын ичинен 6 түрү салыштырмалуу көптүгү боюнча бир топ айырмаланган.
Шилтеме
Thingholm, LB, et al."2-типтеги кант диабети бар жана жок семиз адамдар ичегилердин микробдук функционалдык мүмкүнчүлүктөрүн жана курамын ар кандай көрсөтүшөт."Cell Host & Microbe26.2(2019).
