16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Кызматтын артыкчылыктары
● Айлана-чөйрөнүн үлгүлөрүндөгү микробдордун курамын изоляциясыз жана тез аныктоо
● Айлана-чөйрөнү коргоо үлгүлөрүндө аз-көп компоненттеринин жогорку чечим
● Акыркы QIIME2 маалымат базасы, аннотация, OTU/ASV жагынан ар түрдүү анализдер менен агымды талдоо.
● Жогорку өткөрүү жөндөмдүүлүгү, жогорку тактык
● Ар түрдүү микробдук коомчулукту изилдөөгө ылайыктуу
● BMK топурак, суу, газ, ылай, заң, ичеги-карын, тери, ачытуу сорпосу, курт-кумурскалар, өсүмдүктөр, ж.
● BMKCloud 45 жекелештирилген талдоо куралдарын камтыган маалыматтарды чечмелөөгө жардам берди
Кызмат спецификациялары
| СеквенциялооПлатформа | Китепкана | Сунушталган маалымат кирешеси | Болжолдуу айлануу убактысы |
| Illumina NovaSeq платформасы | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 күн |
Биоинформатика анализи
● чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
● OTU кластерлөө/Чуулоо (ASV)
● OTU аннотациясы
● Альфа ар түрдүүлүгү
● Бета ар түрдүүлүгү
● Топтор аралык талдоо
● Эксперименттик факторлорго каршы ассоциациянын анализи
● Функциянын генин болжолдоо
Үлгү талаптары жана жеткирүү
Үлгү талаптары:
үчүнДНК экстракттары:
| Үлгү түрү | Суммасы | Концентрация | Тазалык |
| ДНК экстракттары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Экологиялык үлгүлөр үчүн:
| Үлгү түрү | Сунушталган үлгүлөрдү алуу процедурасы |
| Топурак | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Калган соолуп калган затты бетинен алып салуу керек;Чоң бөлүктөрүн майдалап, 2 мм фильтрден өткөрөт;Стерилдүү EP-түтүккө же циротүбгө резервациялоо үчүн үлгүлөр. |
| Feces | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн үлгүлөрдү чогултуңуз жана аликвот алыңыз. |
| Ичеги мазмуну | Үлгүлөрдү асептикалык шартта иштетүү керек.PBS менен чогултулган кыртыштарды жуу;PBS центрифугасы жана EP-түтүкчөлөрдөгү чөктүргүчтү чогултуу. |
| Ылай | Үлгү көлөмү: болжол менен.5 г;Стерилдүү EP-түтүккө же криотрубага резервациялоо үчүн ылай үлгүсүн чогултуңуз жана аликвот алыңыз |
| Суу дене | Чектелген сандагы микробдук үлгү үчүн, мисалы, суу түтүгү, кудуктун суусу, ж.б., кеминде 1 л суу чогултуп, мембранадагы микробду байытуу үчүн 0,22 мкм чыпкадан өткөрүңүз.Мембрананы стерилдүү түтүктө сактаңыз. |
| Тери | Теринин бетин стерилденген кебез же хирургиялык бычак менен кылдат кырып, стерилдүү түтүккө салыңыз. |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Үлгүлөрдү суюк азотто 3-4 саат тоңдуруңуз жана суюк азотто же -80 градуска чейин узак мөөнөткө сактаңыз.кургак муз менен үлгү жеткирүү талап кылынат.
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
1.Түрлөрдүн таралышы
2.Жылуулук картасы: Түрлөрдүн байлыгы кластерлери
3.Rare фракциянын ийри сызыгы
4.NMDS анализи
5. Lefse анализи
BMK Case
2-типтеги кант диабети бар жана жок семиз адамдар ичегидеги микробдук функцияларды жана курамын ар кандай көрсөтөт.
Жарыяланган:Cell Host & Microbe, 2019
Тартиптештирүү стратегиясы:
Арык эмес диабет (n=633);Диабет эмес семирүү (n=494);Семиздик-тип 2 диабет (n=153);
Максаттуу аймак: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (NGS негизиндеги ампликон секвенциясы)
ДНК экстрактыларынын топтому Illumina Hiseq боюнча метагеномдук секвенирлөөдөн өткөрүлдү
Негизги жыйынтыктар
Бул метаболикалык оорулардын микробдук профилдери ийгиликтүү дифференцияланган.
16S секвенирлөөнүн натыйжасында пайда болгон микробдук өзгөчөлүктөрдү салыштырып, семирүү микробдордун курамынын, жеке өзгөчөлүктөрүнүн өзгөрүшү менен байланыштуу экени, өзгөчө Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes ж. .
Шилтеме
Thingholm, LB, et al."2-типтеги кант диабети бар жана жок семиз адамдар ичегилердин микробдук функционалдык мүмкүнчүлүктөрүн жана курамын ар кандай көрсөтүшөт."Cell Host & Microbe26.2(2019).
