Berkêşana nexşeya germê ji bo xêzkirina nexşeya germê tê bikar anîn, ku dikare daneyên matrixê fîlter bike, normalîze bike û kom bike. Ew bi piranî ji bo analîza komê ya asta îfadeya genê di navbera nimûneyên cihêreng de tê bikar anîn.
Girêdana fonksiyonên biyolojîkî bi rêzikên di pelê FASTA de bi hevrêzkirina rêzikan li databasê, di nav de NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) algorîtm û bernameyek e ku ji bo dîtina herêmên bi rêzikên biyolojîkî yên mîna hev.Ew van rêzikan bi databasên rêzê re berhev dike û girîngiya îstatîstîkî hesab dike.BLAST ji çar celeb amûran pêk tê ku li gorî celebê rêzê ye: blastn, lastp, blastx û tblastn.