-
Rêzkirina Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
ChIP-Seq ji bo guheztina hîstone, faktorên veguheztinê, û proteînên din ên girêdayî DNA-yê profîlên genom-berfireh ên armancên DNA peyda dike.Ew hilbijartî ya immuno-barînê ya kromatînê (ChIP) ji bo vegerandina kompleksên proteîn-DNA-ya taybetî, bi hêza rêzgirtina nifşê pêşeroj (NGS) re ji bo rêzgirtina bilind-rêveber a ADN-ya ku hatî vegerandin hev dike.Wekî din, ji ber ku kompleksên proteîn-ADN-ê ji hucreyên zindî têne derxistin, cihên girêdanê dikarin di celeb û tevnên cûda yên hucreyê de, an jî di bin şert û mercên cûda de werin berhev kirin.Serlêdan ji rêziknameya transkrîpsiyonê bigire heya rêyên pêşkeftinê heya mekanîzmayên nexweşiyê û pê ve.
Platform: Platforma Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina Metagenomîk -NGS
Metagenom tê wateya berhevoka maddeya genetîkî ya tevayî ya civakek organîzmayên tevlihev, wek metagenoma jîngehê, metagenoma mirov, hwd. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandî dihewîne.Rêzkirina metagenomîk amûrek molekular e ku ji bo analîzkirina materyalên genomîk ên tevlihev ên ku ji nimûneyên hawîrdorê têne derxistin, tê bikar anîn, ku di cûrbecûr û pirbûna cûreyan de, avahiya nifûsê, têkiliya fîlogenetîkî, genên fonksiyonel û tora pêwendiyê bi faktorên jîngehê re agahdariya berfireh peyda dike.
Rawesta axaftevan:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics amûrek molekular e ku ji bo analîzkirina materyalên genomîk ên tevlihev ên ku ji nimûneyên hawîrdorê hatine derxistin, tê bikar anîn, ku agahdariya hûrgulî di pirrengî û pirbûna cureyan, avahiya nifûsê, têkiliya fîlogenetîkî, genên fonksiyonel û tora têkildariyê bi faktorên jîngehê re, hwd. ji bo lêkolînên metagenomîk.Performansa wê ya berbiçav di dirêjahiya xwendinê de bi giranî analîza metagenomîkî ya jêrîn, nemaze kombûna metagenome zêde kir.Bi sûdwergirtina ji dirêjahiya xwendinê, lêkolîna metagenomîk a li ser bingeha Nanopore dikare li gorî metagenomîkên gulebaranê berhevkirina domdartir bi dest bixe.Hate weşandin ku metagenomîkên bingehîn ên Nanopore bi serfirazî genomên bakterî yên bêkêmasî û girtî ji mîkrobiomeyan hilberandine (Moss, EL, et.Nature Biotech, 2020)
Rawesta axaftevan:Nanopore PromethION P48
-
Rêzkirina bisulfîtê ya tevaya genomê
Methylation DNA di pozîsyona pêncemîn de di cytosine (5-mC) de bandorek bingehîn li ser vegotina genê û çalakiya hucreyî heye.Nimûneyên methylasyonê yên nenormal bi gelek şert û nexweşiyan re, wekî penceşêrê, hatine girêdan.WGBS bûye standarda zêr ji bo lêkolîna metilasyonê ya genomê ya bi çareseriya bingehîn.
Platform: Platforma Illumina NovaSeq
-
Assay ji bo kromatîna Transposase-Gihîn bi Rêzkirina Rêjeya Bilind (ATAC-seq)
ATAC-seq ji bo analîzkirina gihîştina kromatînê ya li seranserê genomê, ku ji bo kontrolkirina epigenetîk a gerdûnî ya vegotina genê girîng e, rêbazek rêzgirtinê ya bilind-rêveber e.Ji hêla transposaza Tn5 ya hîperaktîf ve adapterên rêzgirtinê di nav deverên kromatîn ên vekirî de têne danîn.Piştî zêdekirina PCR, pirtûkxaneyek rêzgirtinê tê çêkirin.Hemî herêmên kromatînê yên vekirî dikarin di bin şertek cîh-dem-demê ya taybetî de werin bidestxistin, ne tenê bi malperên girêdanê yên faktorek veguheztinê, an herêmek hin guhezbar a hîstone re sînordarkirî ne.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Yekîneya li ser 16S û 18S rRNA ku hem herêmên pir parastî û hem jî yên hîper-guherbar dihewîne, şopa tiliya molekularî ya bêkêmasî ye ji bo naskirina organîzmayên prokaryotî û eukaryotî.Bi sûdwergirtina ji rêzgirtinê, ev amplikon dikarin li ser bingeha beşên parastî werin armanc kirin û deverên hîper-guhêrbar dikarin bi tevahî ji bo nasîna mîkrobial bêne destnîşan kirin û beşdarî lêkolînên ku analîza cihêrengiya mîkrobî, taksonomî, fîlogeny, hwd vedihewîne. Yek-molekulek rast-dem (SMRT ) rêzkirina platforma PacBio dihêle ku meriv xwendina dirêj a pir rast were bidestxistin, ku dikare amplikonên tev-dirêj (nêzîkî 1,5 Kb) veşêre.Nêrîna berfireh a qada genetîkî di nav bakterî an civata fungî de çareseriya di şîrovekirina celeban de pir zêde kir.
Rawesta axaftevan:PacBio Sequel II
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Rêzkirina amplikonê 16S/18S/ITS armanc dike ku fîlogeny, taksonomî, û pirbûna cureyan di civatek mîkrobialî de eşkere bike bi lêkolîna hilberên PCR-ê yên nîşankerên genetîkî yên malparêzî yên ku her du beşên pir guhezbar û hîperguhêrbar dihewîne.Danasîna van şopa tiliya molekularî ya bêkêmasî ji hêla Woeses et al, (1977) ve profîlkirina mîkrobiomê ya bê îzolekirinê hêz dike.Rêzkirina 16S (bakterî), 18S (fungî) û cîhêra transkrîpkirî ya navxweyî (ITS, fungî) dihêle ku hem celebên pir û hem jî celebên nadir û nenas bêne naskirin.Ev teknolojiyê di naskirina pêkhateya mîkrobial a cihêreng de li hawîrdorên cihêreng, wek devê mirovan, rûvî, feqî, hwd, bûye amûrek berfireh û sereke.
Rawesta axaftevan:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ji nû ve Rêzkirina Tevahiya Genomê ya Bakterî û Fungal
Ji nû ve rêzikandina genomê ya bakterî û fungalî amûrek krîtîk e ji bo temamkirina genomên bakterî û fungî yên naskirî, û hem jî berhevkirina genomên pirjimar an nexşeya genomên zîndewerên nû.Ji bo afirandina genomên referansa rast, kirina nasnameya mîkrobial û lêkolînên din ên genomê yên berawirdî, rêzkirina tevaya genomên bakterî û fungî girîng e.
Platform: Platforma Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina Amplicon PacBio-Tirêj 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) bi tecrûbeya salan ve di analîza projeya cihêrengiya mîkrobial de hatî pêşve xistin, ku analîza bingehîn a standardkirî û analîza kesane vedihewîne: analîza bingehîn naveroka analîza sereke ya lêkolîna mîkrobîkî ya heyî vedigire, naveroka analîzê dewlemend û berfireh e, û encamên analîzê di forma raporên projeyê de têne pêşkêş kirin;Naveroka analîzên kesane cihêreng e.Nimûne dikarin bêne hilbijartin û pîvan dikarin li gorî rapora analîza bingehîn û armanca lêkolînê bi nermî werin danîn, da ku daxwazên kesane bicîh bînin.Pergala xebitandinê ya Windows-ê, hêsan û bilez.
-
PacBio-Transkriptoma tevahî dirêj (ne-referans)
Daneyên rêzgirtina îsoformên Pacific Biosciences (PacBio) wekî têketinê digire, ev App dikare rêzikên transkriptê yên tev-dirêj (bêyî kombûnê) nas bike.Bi xêzkirina rêzikên tev-dirêj li dijî genoma referansê, transkrîpt dikare ji hêla genên naskirî, transkript, herêmên kodkirinê, hwd ve were xweşbîn kirin.Analîza hevbeş a bi daneya rêzgirtina transkrîptoma NGS re di asta transkrîptê de şîrovekirina berfirehtir û pîvandina rasttir di derbirînê de dike, ku bi giranî sûdê werdigire îfadeya cihêreng a jêrîn û analîza fonksiyonel.
-
Rêzkirina Bisulfitê ya Nûnertiya Kêmkirî (RRBS)
Lêkolîna methylasyonê ya DNA di lêkolîna nexweşiyê de her gav mijarek germ e, û ji nêz ve bi vegotina genê û taybetmendiyên feno-tîpîk re têkildar e.RRBS ji bo lêkolîna methylasyonê ya DNA rêbazek rast, bikêr û aborî ye.Dewlemendkirina herêmên promotor û girava CpG bi perçebûna enzîmatîk (Msp I), ku bi rêzgirtina Bisulfite re hevgirtî ye, tespîtkirina methylasyonê ya DNA-ya rezîliya bilind peyda dike.
Platform: Platforma Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina mRNA ya prokaryotî
Rêzkirina mRNA di bin şert û mercên taybetî de profîlkirina berfireh a hemî transkriptên mRNA di nav hucreyan de hêz dike.Ev teknolojiya pêşkeftî wekî amûrek hêzdar kar dike, profîlên vegotina genê ya tevlihev, strukturên genê, û mekanîzmayên molekulî yên ku bi pêvajoyên cihêreng ên biyolojîkî ve girêdayî ne vedike.Bi berfirehî di lêkolîna bingehîn, tespîtkirina klînîkî, û pêşkeftina dermanan de hatî pejirandin, rêzgirtina mRNA di nav tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî de têgihiştinan pêşkêşî dike.Pêvajoya nimûneya mRNA ya prokaryotî ya me ji bo transkriptomên prokaryotî hatî vesaz kirin, ku tê de kêmkirina rRNA û amadekirina pirtûkxaneya rêwerzan jî heye.
Platform: Illumina NovaSeq X
