Heatmap
Pelê daneya matrixê ji bo xêzkirina nexşeya germê tê bikar anîn, ku dikare daneyên matrixê fîlter, normalîze û kom bike.Ew bi piranî ji bo analîza komê ya asta îfadeya genê di navbera nimûneyên cihê de tê bikar anîn.
Gene Annotation
Şîrovekirina fonksiyona genê bi nexşeya rêzikên di pelê FASTA de li dijî databasên cihêreng tê kirin.
Gene Annotation
Amûra Lêgerîna Alignment Herêmî ya Bingehîn
CDS_UTR_Prediction
Ev amûr ji bo pêşbînkirina herêmên kodkirinê (CDS) û herêmên ne-kodkirî (UTR) di rêzikên transkriptê yên diyarkirî de li ser bingeha teqîna li dijî databasa proteîna naskirî û pêşbîniya ORF hatî çêkirin.
Plot Manhattan
Plana Manhattan nîşana daneyan bi hejmareke mezin ji nuqteyên daneyê vedike.Ew bi gelemperî di lêkolînên komeleya genome-berfireh (GWAS) de tê bikar anîn.
Circos
Diagrama CIRCOS rasterast pêşkêşkirina belavkirina SNP, InDeL, SV, CNV li ser genomê dike.
GO_Zêdekirina
TopGO amûrek e ku ji bo dewlemendkirina fonksiyonê hatî çêkirin.Pakêta TopGO-Bioconductor ji analîza îfadeya cihêreng, analîza dewlemendkirina GO û dîtina encaman pêk tê.Ew ê peldankek bi encamek bi navê "Graph" çêbike, ku encamên ji bo topGO_BP, topGO_CC û topGO_MF hene.
WGCNA
WGCNA ji bo vedîtina modulên hev-îfadekirina genê rêbazek hilberandina daneyê ye ku pir tê bikar anîn.Ew ji danehevên cuda yên îfadeyê re, tevî daneyên mîkroarray û daneya vegotina genê, ku ji rêzgirtina nifşa paşîn hatî peyda kirin.
InterProScan
Analîz û dabeşkirina rêza proteîna InterPro
GO_KEGG_Zêdekirina
Ev amûr sêwirandî ye ku li ser bingeha koma genê ya peydakirî û annotasyona têkildar, histograma dewlemendkirina GO, histograma dewlemendkirina KEGG û rêça dewlemendkirina KEGG-ê çêbike.