Plant / Animal De Novo Genome Rêzkirin
Avantajên Service
Pêşxistina platformên rêzgirtinê û biyoinformatics lide novocivîna genomê
(Amarasinghe SL et al.,Biyolojiya Genome, 2020)
● Çêkirina genomên nû û başkirina genomên referansa heyî ji bo cureyên balkêş.
● Di meclîsê de rastbûn, berdewamî û tambûna bilindtir
● Avakirina çavkaniyek bingehîn ji bo lêkolîna li ser pirmorfîzma rêzikan, QTL, guherandina genan, mezinbûn, hwd.
● Bi tevahî spektora platformên rêzgirtinê yên nifşê sêyem ve hatî çêkirin: çareseriya kombûna genomê ya yek-stop
● Rêzkirin û berhevkirina stratejiyên nerm ku genomên cihêreng ên bi taybetmendiyên cihêreng pêk tînin
● Tîmê biyoinformatîkzanê pir jêhatî ku xwedî ezmûnek mezin di civînên genomê yên tevlihev de, di nav de polîploîd, genomên giant, hwd.
● Zêdetirî 100 dozên serketî yên bi faktorek bandorê ya belavkirî ya berhevkirî ji 900î zêdetir e
● Ji bo kombûna genomê ya asta kromozomê 3 meh zû dema zivirîn.
● Piştgiriya teknîkî ya zexm bi rêzek patentan û mafên nermalavê hem di aliyê ceribandinê û hem jî di biyoinformatics de.
Specifications Service
|
Dilşad
|
Rawesta axaftevan
|
Dirêjahî bixwînin
|
Coverage
|
| Lêkolîn Genome
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Rêzkirina Genome
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Dixwîne
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Herikîna xebatê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
| Cureyên | Desmal | Ji bo PacBio | Ji bo Nanopore |
| Animals | Organên visceral (kezeb, zirav, hwd.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Masûl | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g | |
| Xwîna memikan | ≥ 1,5 ml | ≥ 5.0 mL | |
| Xwîna masî yan çûkan | ≥ 0.2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Plants | Pelên teze | ≥ 1,5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal an stem | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Roots an tov | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Cells | Çanda şaneyê | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku di etanolê de neyê parastin.
Etîketkirina Nimûneyê: Pêdivî ye ku nimûne bi rengek zelal û bi forma agahdariya nimûneya pêşkêşkirî re bi rengek zelal bêne nîşankirin.
Barkirin: Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne pêşî di torbeyan de bêne pakij kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
derxistina DNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
* Encamên demo yên ku li vir têne xuyang kirin hemî ji genomên ku bi Biomarker Technologies hatine weşandin ne
1.Circos li ser kombûna genom a asta kromozomê yaG. rotundifoliumji hêla platforma rêzgirtina Nanopore ve
Wang M et al.,Biyolojiya Molecular û Evolution, 2021
2.Îstatîstîkên kombûna genom û annotasyonê ya Weining rye
Li G et al.,Genetics Nature, 2021
3.Pêşbîniya genê yaSechium edulegenom, ku ji sê awayên pêşbînkirinê hatîye wergirtin:De novopêşbînîkirin, pêşbîniya li ser bingeha Homolojiyê û pêşbîniya bingeha daneya RNA-Seq
Fu A et al.,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
4.Nasnameya dubareyên termînalê dirêj ên saxlem di sê genomên pembû de
Wang M et al.,Biyolojiya Molecular û Evolution, 2021
5.Hi-C nexşeya germê yaC. acuminatagenom ku tev-bi-hemû danûstendinên genom-berfireh nîşan dide.Zêdebûna danûstendinên Hi-C bi dûrahiya xêzikî ya di navbera hevbendan de têkildar e.Xetek rasterast a paqij li ser vê nexşeya germahiyê girêdanek pir rast a girêkên li ser kromozoman destnîşan dike.(Rêjeya guheztinê: 96,03%)
kang M et al.,Têkiliyên Xwezayê,2021
BMK Case
Meclîsek genomê ya kalîteya bilind taybetmendiyên genomîk ên nîsk û genên girîng ên agronomîkî ronî dike.
Weşandin: Genetics Nature, 2021
Stratejiya rêzgirtinê:
Kombûna Genome: Moda PacBio CLR bi pirtûkxaneya 20 kb (497 Gb, bi qasî 63×)
Serrastkirina rêzê: NGS bi pirtûkxaneya DNA ya 270 bp (430 Gb, bi qasî 54×) li ser platforma Illumina
Berhevkirin: Pirtûkxaneya Hi-C (560 Gb, bi qasî 71×) li ser platforma Illumina
Nexşeya optîkî: (779,55 Gb, bi qasî 99×) li ser Bionano Irys
Encamên sereke
1.Meclîsek ji genomê nîsk Weining bi gewhera genomê ya giştî 7,74 Gb (% 98,74 ji mezinahiya genomê ya texmînkirî ji hêla sîtometrîya herikînê ve) hate weşandin.Scaffold N50 ya vê civînê gihîşt 1,04 Gb.93,67% ji hevgirtinê bi serfirazî li ser 7 pseudo-kromozoman hatine girêdan.Ev meclîs ji hêla nexşeya girêdanê, LAI û BUSCO ve hate nirxandin, ku di hemî nirxandinan de encamên bilind derketin.
2.Lêkolînên din ên li ser genomîka berawirdî, nexşeya girêdana genetîkî, lêkolînên transkriptomîk li ser bingeha vê genomê hatin kirin.Rêzeka taybetmendiyên genomîkî yên têkildar hatin eşkere kirin, di nav de dubarekirina genê li seranserê genomê û bandora wan li ser genên biosenteza starchê;organîzasyona fizîkî ya cihokên prolamîn ên tevlihev, taybetmendiyên vegotina genê yên di binê taybetmendiya sernavê ya destpêkê de û deverên kromozomî yên têkildar ên kedîkirinê û cihên di nîsk de hene.
 Diagrama Circos li ser taybetmendiyên genomîkî yên genoma Weining rye |  Analîzên hevoksaziya evolusyona û kromozomê ya genoma nîsk |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Meclîsek genomê ya bi kalîte taybetmendiyên genomîkî yên nîsk û genên girîng ên agronomîkî ronî dike.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
