GENOME EVOLUTION
Genome De novo
Civîn|Tespîtkirina zayendî Tevahiya xebatên rêzgirtinê û karûbarên biyoinformatîk ên qismî ji hêla Biomarker Techonologies ve hatine peyda kirin.
Veqetî
"Fenotîpa îkonîk a seadragonan pêvekên mîna pelan, devê boriyek bê diran, û ducanîbûna nêr di nav xwe de vedihewîne ku hêkên fertilkirî li ser "paçikek kurikê" vekirî ye.Me genomên nêr û mê yên seadragona hevpar (Phyllopteryx taeniolatus) û cureyên wê yên ji nêzik ve girêdayî, masîgirên aligator (Syngnathoides biaculeatus) rêz kirin.Profîlên veguheztinê yên ji nûbûnek evolutionerî, pêvekên pel-wek, destnîşan dikin ku komek genên ku bi gelemperî di pêşkeftina fin de beşdar dibin, hem-bijartî ne û hem jî dewlemendkirina tîpên transkrîptê yên ji bo tamîrkirina tevn û genên berevaniyê yên potansiyel hatine hilbijartin.Mutantên zebramasî yên ji bo scpp5, ku di hemî syngnathidan de winda dibe, hat dîtin ku diranên farîngeal kêm in an deforme ne, piştgirî didin hîpoteza ku windabûna scpp5 bûye sedema windabûna diranan di syngnathidan de.Cihek diyarker a zayendî ku genek amhr2y-taybetî ya mêran kod dike ku ji hêla behrê ya hevpar û masîgirên aligator ve hatî parve kirin hate nas kirin. ”
Materyal û rêbaz:
Materials
Fderyaya me ya hevpar (P. taeniolatus) û du masiyên lûleyê alligator (S. biaculatus) nimûneyên.Du deryaya hevpar (yek nêr û yek mê) û du pîpmasiyên alligator (yek nêr û yek mê) ji bo rêzgirtina tev-jenomê hatine bikar anîn, û du kesên din ên deryaya hevpar a nêr ji bo ji nûvekirina genomê hatine bikar anîn.
Stratejiya Rêzkirina Genome
2Pirtûkxaneya 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Dervek) an Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). rêzgirtinê, û du kesên din ên deryaya nêr ên hevpar ji bo vegerandina genomê hatin bikar anîn.
Rêzkirina Transcriptome
Fan jî seadragona hevpar, mejî, çav, gill, kezeb, dil, gurçik, mesentery, rûvî, masûlk, fin, çerm, pêvekên mîna pel, testis û hêk hatin berhev kirin.
Stratejiya kombûna Genome de novo
Canu (Rastkirin) + WTDBG2 (Meclîs) + Pilon (Polonî) + Lachesis (Hi-C).
Encamên Sereke
Hîk. 1. Taybetmendiyên sereke yên seadragona hevpar (P. taeniolatus) û masîgirên aligator (S. biaculeatus) û cihên wan ên fîlogenetîkî.
Hîk. 2. Morfolojî û pêkhatina genetîkî ya pêvekên pelan ên di deryaya hevpar de (P. taeniolatus).
Xiflteya 3. Gena diyarkera zayendî ya guncan a di deryaya hevpar (P. taeniolatus) û masiyê aligator (S. biaculeatus) de.
Hîk.
Dema şandinê: Jan-08-2022