PÊŞANDINA JENOMÊ, PANGENOME
Pan-genome çi ye?
Delîlên berhevkirî destnîşan dikin ku cûdahiya di navbera celebên cûrbecûr de dikare pir mezin be.Yek genomek yekane ji bo bidestxistina tevahiya wêneya agahdariya genetîkî ya yek celebek pir dûr e.Armanca lêkolîna Pan-genome ev e ku meriv grafikek genomîkî ya berfireh a celebek bidest bixe û têkiliyên di navbera taybetmendî û kodên genetîkî de bi rêvekirina kombûna genom de novo ya gelek celeban veşêre, ku destûrê dide kolînek kûrtir û berfireh a guhertoyan.
Trendên Lêkolîna Pan-genome
Figure 1 Meylên lêkolînên çapkirî yên Pan-genome.
Nîşe: Jimar encama wergirtina "pan-genome" wekî peyva sereke nîşan dide ku ji bo lêgerîna sernavên gotarên ku di kovarên rêzikên Nature, Cell û Science de hatine weşandin.
yek.Xwendinên ji gelek nimûneyan li gorî referansekê têne rêz kirin û yên nelihevkirî di nav hevokên romanê de têne berhev kirin.Bi lêzêdekirina van girêkên romanê li rêzika referansa orîjînal, referansek pangenome dikare were çêkirin.Herêmên veqetandî li ser bingeha nexşekirina hemî xwendinên li pangenome têne destnîşankirin.
b.Kombûna de novo ya genomên pirhejmaran rê dide nêzîkatiyên tevhevkirina genomê ku herêmên genomîk ên veqetandî nas bikin.
c.Grafîkek pan-genom dikare ji tevhevhevkirinên genomê an ji hêla kombûna grafîkî ya de novo ve were çêkirin, ku bi bandor agahdariya cûrbecûr yên herêmên veqetandî wekî rêyên bêhempa di nav grafîkê de hilîne.
Meriv çawa Pan-genomek ava dike?
Figure 2 Berawirdkirina nêzîkatiyên pan-genome1
yek.Xwendinên ji gelek nimûneyan li gorî referansekê têne rêz kirin û yên nelihevkirî di nav hevokên romanê de têne berhev kirin.Bi lêzêdekirina van girêkên romanê li rêzika referansa orîjînal, referansek pangenome dikare were çêkirin.Herêmên veqetandî li ser bingeha nexşekirina hemî xwendinên li pangenome têne destnîşankirin.
b.Kombûna de novo ya genomên pirhejmaran rê dide nêzîkatiyên tevhevkirina genomê ku herêmên genomîk ên veqetandî nas bikin.
c.Grafîkek pan-genom dikare ji tevhevhevkirinên genomê an ji hêla kombûna grafîkî ya de novo ve were çêkirin, ku bi bandor agahdariya cûrbecûr yên herêmên veqetandî wekî rêyên bêhempa di nav grafîkê de hilîne.
Pan-genomên vê dawiyê hatine weşandin
● Destavêtina pan-genomên2
● Pan-genomên Tomato 3
● Rice Pan -genome4
● Sunflower Pan-genome5
● Soybean Pan-genome 6
● Rice Pan-genom7
● Barley Pan-genome8
● Genim Pan-genom9
● Pan-genoma Sorghum10
● Phytoplankton Pan-genom11
Balkêşî
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Pan-genomên nebatê referansa nû ne.Nat Plants.2020; 6 (8): 914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Heşt genomên kalîteya bilind mîmariya pan-genome û cihêrengiya ekotîpa Brassica napus eşkere dikin.Nat Plants.2020; 6 (1): 34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Pan-jenoma tomato genên nû û alelek kêm kêm tama fêkiyan rêkûpêk dike.Nat Genet.2019; 51 (6): 1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Analîza pan-genomî asta guherbariya genomîkî ya di birincê çandinî û çolê de ronî dike [serrastkirina hatî weşandin di Nat Genet de xuya dike.2018 Tebax; 50 (8): 1196].Nat Genet.2018; 50 (2): 278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Analîzkirina pan-genomê ya Sunflower destnîşan dike ku hîbrîdîzasyon naveroka genê û berxwedana nexweşiyê guhezandiye.Nat Plants.2019; 5 (1): 54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome Soyayên Kovî û Çandî.Hûcre.2020; 182 (1): 162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Analîzkirina pan-genomê ya 33 gihîştinên birinc ên cihêreng ên genetîkî veguheztinên genomîkî yên veşartî eşkere dike [berî çapê, 25 Gulan 2021 li serhêl hate weşandin.Hûcre.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Pan-genoma ceh mîrateya veşartî ya mezinbûna mutasyonê eşkere dike.Awa.2020; 588 (7837): 284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Gelek genomên genim di cotkirina nûjen de cihêrengiya gerdûnî diyar dikin.Awa.2020; 588 (7837): 277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Guhertoya berfereh di nav pan-jenoma sorgoma çandinî û çolê de [berî çapê, 2021 Gulan 2021 hate weşandin.Nat Plants.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Pangenoma Phytoplankton veguheztina genê horizontî ya prokaryotî ya berfireh a fonksiyonên cihêreng eşkere dike.Sci Adv.2020; 6 (18): eaba0111.Hat weşandin 29 Avrêl 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Dema şandinê: Jan-04-2022