Di sala 2021-an de, BMKGENE bû şahidê 31 lêkolîna genomê ya De novo ku bi serfirazî di kovarên bandorker de bi tevahî faktorên bandorê li ser 320-an de hate weşandin.
Hema piştî destpêka sala 2022-an, jixwe du gotarên lêkolînê li ser kovara "Natural Genetics" û "Molecular Plant" hatine weşandin.Ew ev in, "Du haplotîpên cihêreng ên ji genoma lîçê ya pir heterozîgot bûyerên xwemalîbûnê yên serbixwe ji bo kulîlkên zû û dereng gihîştî pêşniyar dikin" (Lêkolîna genomê ya Lychee, ku ji hêla College of Horticulture, zanîngeha Çandinî ya Chinaînê ya Başûr, û hevkarên zanistî ve hatî çêkirin, li ser Genetics Natural. ), û "Rêzên genomê yên pênc cureyên Sitopsis ên Aegilops û eslê genimê polîploîd B-subgenome" (Genomên cureyên pênc Sitopsis, ku ji hêla tîmê lêkolînê ya Profesor Bao Liu ya Zanîngeha Normal a Bakur-rojhilatê ve hatî çêkirin.).Em ê van her du gotaran jî binirxînin û bi xwendevanên xwe re parve bikin.
Naha, ka em nihêrînek li gotarên lêkolînê yên hêja yên ku di sala 2021-an de hatine weşandin ku ji hêla BMK û saziyên me yên hevkar ve hatine nivîsandin.
Genome Plant - Serkeftinên li ser pir-cure.
1. Meclîsek genomê ya kalîteya bilind taybetmendiyên genomîkî yên nîsk û genên girîng ên agronomîkî ronî dike
Tesîsên Hevkarî: Zanîngeha Çandinî ya Henan
Kovar: Genetîka Xwezayî
Faktora Bandorê: 38.31
Di vê projeyê de, genoma Weining rye, cûrbecûr nîskek elît a çînî, hate rêzkirin.Berhevokên berhevkirî (7,74 Gb) ji sedî 98,47 ê mezinahiya genomê ya texmînkirî (7,86 Gb) pêk tê, digel ku ji sedî 93,67 ê girêbestan (7,25 Gb) ji heft kromozoman re hatine veqetandin.Hêmanên dubare 90,31% ji genomê kombûyî pêk tînin.Zêdetir analîzên meclîsa Weining ronahiyek nû li ser dubarekirina genê li seranserê genomê û bandora wan li ser genên biosenteza starchê, rêxistina fizîkî ya cîhên prolamin ên tevlihev, taybetmendiyên vegotina genê yên ku di binê taybetmendiya sernavê ya destpêkê de ne û deverên kromozomî yên têkildar bi xwemalîbûnê û cihên di nîsk de ronî dike.Ev rêza genomê soz dide ku lezkirina lêkolînên genomîk û cotkirinê yên di nîsk û berhemên dexlî yên têkildar de.
2.Gulê bê çîçek: têgihîştina genomîk bi adaptasyona şilbûnê ve girêdayî ye
Tesîsa Hevkarî: Enstîtuya Kunming ya Botanîkê, Akademiya Zanistî ya Chineseînî
Kovar: Lêkolîna Zanistî ya Neteweyî
Faktora Bandorê: 17.273
Di vê projeyê de, nimûneyên 'Basye's Thornless' (BT, kulîlkek bê pîç a Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, jenotîpek damezrîner di kedîkirina gulê de), hîbrîdên wan ên F1 û BCF1 hatin berhev kirin.Û ji bo naskirina hêmanên genetîkî yên ku bi pêşkeftina stûnê ve girêdayî ne, kombûnek genomê ya referansa bilind-kalîteyê hate çêkirin.Mezinahiya genomê bi qasî 530,6 Mb e.Ji bo verastkirina kalîteya genoma berhevkirî, analîzên mîna berhevdana nexşeya genetîkî, BUSCO, NGS ji nû ve komkirina xwendinê, berhevdana bi haplotîpa OB, rêzikandina rêjeya xeletiya bingehîn û kontrolkirina nirxa Endeksa Meclîsa LTR-ê ya li seranserê genomê (LAI=20.03) hatin kirin.Vê lêkolînê şêwaza mîrasê ya tevlihev û mekanîzmaya birêkûpêk a stûnên stûnê eşkere dike û bingehek û çavkaniyên nû ji me re peyda kir da ku biyolojiya gulê lêkolîn bikin û nîşangirên molekular ên min ên ku bi taybetmendiyên girîng ve girêdayî ne lêkolîn bikin.
3. Rêzeya Tev-Genom a Allopolyploidîzasyona Sentezkirî ya li Cucumis Nêrînên Pêşkeftina Genome ya Allopolyploidization eşkere dike
Tesîsa Hevkarî: Zanîngeha Agricultureandiniyê ya Nanjing
Kovar: Zanista pêşketî
Faktora Bandorê: 16.801
Vê lêkolînê genoma kalîteya bilind a allotetraploîdek sentetîk ragihand ku bi karanîna hîbrîdîzasyona navrengî ya di navbera xiyar (C. sativus, 2n = 14) û cureyên wê yên çolê (C. hystrix, 2n = 24) û dûbarekirina kromozomê de, ku yekem e. allopolyploid sentetîk bi tevahî rêzkirî.Civîna genomê xebata rêziknameya "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" sepand, di encamê de mezinahiya genomê 530.8Mb û berdewamiya N50 = 6.5Mb bû.Xwendin ji 19 pseudokromozom û binegenoman re hatin destnîşankirin.Encaman destnîşan kir ku hîbrîdîzasyon, ji bilî dubarekirina genomê, dibe sedema piraniya guheztinên genomîkî hem di genomên navokî û hem jî cp de.Ew pêşniyar kir ku heterozygosiya sabît C.×hytivus bi adaptasyona stresê ya zêde peyda dike.Encam di derbarê pêşveçûna polyploidy ya nebatan de nihêrînên nû peyda dikin û ji bo çandiniyên pêşerojê stratejiyek çandiniyê ya paşerojê pêşkêş dikin.
4. Analîzên Genomê Berawirdî Berfirehkirina Genomê ya Navbeynkar a Transposonê û Mîmariya Pêşveçûyî ya Parzûnkirina Genomîk a 3D ya di Pembû de ronî dike
Tesîsa Hevkarî: Zanîngeha Çandinî ya Huazhong
Kovar: Biyolojiya Molecular û Evolution
Faktora Bandorê: 16.242
Vê projeyê Nanopore Sequencing bikar anî ji bo komkirina genoma sê cureyên pembû bi navî: Gossypium rotundifolium (K2, mezinahiya genom = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, mezinahiya genom = 1.62Gb, û contigN50) G. raimondii (D5, mezinahiya genom = 0,75 Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Zêdetirî 99% ji her sê genomên bi rêya Hi-C hatine kom kirin.Encamên analîza BUSCO bi rêzê 92,5%, 93,9% û 95,4% in.Hemî van jimareyan destnîşan kirin ku sê genomên kombûnê asta referansê ne.Analîzên genomê yên berawirdî hûrguliyên zêdekirina TE-ya taybetî ya rêzê belge kirin ku beşdarî cûdahiyên mezinahiya genomê dibe.Vê lêkolînê ronahiyê dide rola berfirehbûna genomê ya bi navbeynkariya transposonê di pêşkeftina strukturên kromatînê yên rêza bilind de di nebatan de.
5.Civîna pîvana kromozomê û analîzkirina çandiniya biomassê Genoma Miscanthus lutarioriparius
Tesîsên Hevkar: Navenda CAS ji bo Xweseriya Zanistên Nebatên molekular
Kovar: Têkiliyên Xwezayê
Faktora Bandorê: 14.912
Vê projeyê kombûnek pîvana kromozomê ya genomê Miscanthus lutarioriparius bi berhevkirina rêzikên Oxford Nanopore û teknolojiyên Hi-C ragihand.Civîna 2.07Gb% 96.64 ji genomê vedihewîne, digel N50-ya 1.71 Mb.Nêzîkî 94,30% ji rêzikên tevahî di 19 pseudokromozoman de hatine girêdan.Bi berhevdana bi rêza BAC, nirxandina LAI, nirxandina BUSCO, ji nû ve berhevkirina bi daneyên NGS, ji nû ve berhevkirina daneyên transkrîptomê, genom wekî kalîteya bilind û domdar hate nirxandin.Koka Allotetraploîd a M. lutarioriparius bi karanîna dubareyên satelîtê centromerî tê pejirandin.Genên dubare yên hevgirtî yên M. lutarioriparius ne tenê di warê bersivdana stresê de, lê biosenteza dîwarê hucreyê ve girêdayî fonksiyonel in.Dibe ku dubareyên genê di fotosenteza C4 de rolek dileyzin û di germahiya nizm de beşdarî fotosenteza Miscanthus C4 dibin.Lêkolîn ji bo lêkolîna nebatên perensalane referansek girîng peyda kir.
6. Komcivînek genom a Camptotheca acuminata di asta kromozomê de li ser eslê pêşkeftina biyosenteza kamptothecinê têgihiştinan peyda dike
Tesîsên Hevkarî: Zanîngeha Sichuan
Kovar: Têkiliyên Xwezayê
Faktora Bandorê: 14.912
Vê projeyê kombûnek genomê ya C. acuminata-asta kromozomê ya bi kalîte, bi mezinahiya genomê 414,95 Mb û N50 1,47 Mb.Me dît ku C. acuminata dubendiyek serbixwe ya tevahî-jenomê diceribîne û gelek genên jê derdikevin bi biosenteza kamptothecinê ve girêdayî ne.Cûdahiya fonksiyonel a gena LAMT û pêşkeftina erênî ya du genên SLAS, ji ber vê yekê, her du jî pir beşdarî biosenteza kamptothecin a di C. acuminata de bûn.Encaman girîngiya kombûna genomê ya bi kalîte di tespîtkirina guheztinên genetîkî de di eslê pêşkeftina metabolîtek duyemîn de tekez kir.
7. Genoma bi alele diyarkirî di dema pêşkeftina cassava de cihêrengiya bialelîk eşkere dike
Tesîsa Hevkar: Akademiya Çînî ya Zanistên Çandinî ya Tropical
Kovar: Plant Molecular
Faktora Bandorê: 13.162
Vê projeyê bi platforma rêzgirtinê ya Pacific Biosciences (PacBio) bi contigN50 1.1Mb re genomek referansê ji bo cassava kom kir.Piştî nirxandina ji hêla BUSCO, index LAI, û nexşeya genetîkî ya bi dendika bilind ve, genoma berhevkirî wekî pola refence tê pejirandin.Herêmên zêde hatin nas kirin û bi karanîna girêdanên Hi-C ve li ser 18 pseudokromozoman hatin girêdan.Ev genoma referansê ya bi kalîte û alel diyarkirî ya ji bo cassava di naskirina bi-alelên cihêreng ên li ser kromozomên homolog de bi qîmet e, ku dihêle ku cûdabûn û serdestiya îfadeya bi-alel û hêzên wan ên ajoker ên pêşveçûnê yên bingehîn bikolin.Ew di cassava û hilberên din ên pir heterozîgot de stratejiyên nûjenkirina nûjen hêsan kir.
8. Nêrînên genomîkî yên li ser mezinbûna bilez a paulownias û damezrandina boriyê sêrbazên Paulownia
Tesîsên Hevkarî: Zanîngeha Çandiniyê ya Henan
Kovar: Plant Molecular
Faktora Bandorê: 13.162
Vê projeyê genomek nukleerî ya bi kalîte ya Paulownia fortunei, bi mezinahiya 511,6 Mb, bi 93,2% ji rêzikan bi 20 pseudokromozoman ve girêdayî ye, berhev kir.Karbidestiya fotosentezê ya bilind bi yekkirina fotosenteza C3 û riya metabolîzma asîdê ya crassulacean, ku dibe ku beşdarî adetên mezinbûna pir bilez a darên paulownia bibe, tê bidestxistin.Rêzkirina genomê ya zêde ya phytoplasma PaWB, bi analîzên fonksiyonel re, destnîşan kir ku bandorker PaWB-SAP54 rasterast bi Paulownia PfSPLA re têkildar dibe, ku di encamê de dibe sedema hilweşîna PfSPLA ji hêla rêça navbeynkariya ubiquitin ve û dibe sedema çêbûna çîçeka sêrbazan.Daneyên li ser biyolojiya paulownias û mekanîzmaya rêziknameyê ya ji bo damezrandina PaWB-ê de têgihiştinên girîng peyda kirin.
Genoma heywanan - Nêrînên kûr ên pêşkeftina cureyan
1. Genoma Nautilus pompilius pêşveçûna çav û biomîneralîzasyonê ronî dike
Tesîsên Hevkar: Enstîtuya Okyanûsolojiyê ya Deryaya Çînê ya Başûr, CAS
Kovar: Ekolojiya Xwezayî & Pêşketin
Faktora Bandorê: 15.462
Vê projeyê ji bo Nautilus pompilius genomek bêkêmasî pêşkêş kir.Ew di nav cefalopodên rêzkirî de xwedan genoma mînîmalîst e, ku 730.58Mb bi contigN50 = 1.1Mb e.Encama nirxandina BUSCO% 91,31 e.Bi transcriptome, proteome, malbata genê û analîza fîlogenetîkî re, ev genom li ser nûjeniyên cephalopod, wek çavê pinhole û biomîneralîzasyon, referansek bingehîn peyda kir.Lêkolînê destnîşan kir ku zirara li tevahî koma genê Hox dibe ku bi windabûna şêlê Moluskan re têkildar be.Ya girîng, nûvekirinên genomîkî yên pirjimar, di nav de windabûna genê, girêbesta serbixwe û berfirehkirina malbatên genê yên taybetî û torên birêkûpêk ên têkildar ên wan dibe ku pêşveçûna çavê pinholê ya nautilus çêbike.Genoma nautilus ji bo ji nû ve avakirina senaryoyên peşveçûn û nûjeniyên genomîk ên ku şekil dide cefalopodên heyî, çavkaniyek hêja pêk tîne.
2.Analîzkirina genomê ya Seadragon di derheqê fenotîp û cîhê destnîşankirina zayendê de têgihiştinan peyda dike
Tesîsên Hevkar: Enstîtuya Okyanûsolojiyê ya Deryaya Çînê ya Başûr, CAS
Kovar: Zanistî pêşde diçe
Faktora Bandorê: 14.132
Ev proje genomên nêr û mê yên behrê hevpar (Phyllopteryx taeniolatus) û cureyên wê yên ku ji nêz ve girêdayî ne, rêza genomên nêr û mê (Syngnathoides biaculeatus) dike.Mezinahiya genomê ji bo Phyllopteryx taeniolatus ~ 659 Mb (♂) û ~ 663 Mb (♀) ye, bi contigN50 ya 10.0Mb û 12.1mb.mezinahiya genom ji bo Phyllopteryx taeniolatus 637 Mb (♂) û ~ 648 Mb (♀) ye, bi contigN50 ya 18.0Mb û 21.0Mb.Bi analîza fîlogenetîkî, seadragona hevpar û masîgirên aligator xwişka Syngnathinae ne, û li dora 27,3 Ma berê ji hev cuda bûne.Profîlên veguheztinê yên ji nûbûnek evolusyonê, pêvekên pel-wek, destnîşan dikin ku komek genên ku bi gelemperî di pêşkeftina fin de beşdar dibin hem-bijartî ne û hem jî dewlemendkirina transkrîpta ji bo tamîrkirina tevnê potansiyel û genên berevaniya berevaniyê hatine hilbijartin.Cihek diyarker a zayendî ku genek amhr2y-taybetî ya mêran kod dike ku ji hêla behrê ya hevpar û masîgirên aligator ve hatî parve kirin hate nas kirin.Vê projeyê delîlên krîtîk ji bo lêkolînên pêşkeftina adaptîf peyda kir.
Dema şandinê: Sep-19-2022