GENOME EVOLUTION
awa
TÊKILIYA
Rêzên genomê rêyên belavbûna gerdûnî eşkere dikin û di pêşkeftina hespên deryayê de adaptasyonên genetîkî yên lihevhatî pêşniyar dikin
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Pirrengiya Genetîkî |Dîroka Demografîk |Gene Flow
Karûbarên rêzgirtina Pacbio, kombûna genome de novo û karûbarên şîrovekirinê ji hêla Biomarker Technologies ve hatin peyda kirin.
Highlights
1. Genomek hespê behrê di asta kromozomê de (Hippocampus erectus) bi qalîteya bilind a bi kontig N50 ya 15,5 Mb hat bidestxistin.
2. Bi tevahî 358 genom ji 21 cureyên hespên behrê yên li seranserê cîhanê hatin dûbarekirin.
3. Hespên behrê di Olîgocenê dereng de pêş ketine û rêyên kolonîzasyona gerdûnî ya paşerojê têne nas kirin û bi guherîna dînamîkên di herikên deryayê û vebûnên deryayê yên paleotemporal ve têne girêdan
4. Bingeha genetîkî ya fenotîpa adapteyî ya dûbarekirî ya "pişkên hestî" bi veguheztinên serbixwe ve di genek pêşkeftina sereke de ve girêdayî ye.
5. Rafting bi rêyên okyanûsê belavbûna nebaş telafî dike û adaptasyona bilez kolonkirina jîngehên nû hêsantir dike.
Achievements
Fig. 1 Cihêrengiya genetîkî û têkiliyên fîlogenetîkî yên 358 nimûneyên hespên deryayê
yekCihên nimûneyên erdnîgarî yên ji bo hespên behrê yên nimûneyî yên bi qalibên cihêrengiya nukleotidê (π) yên 21 cureyên hespên deryayê yên li ser 22 kromozoman.b Dara cîran a ku bi SNP-yên berfireh ên genomê yên 358 hespên deryayê hatine çêkirin.Nîşaneyên pîneya cîhê di (a) de û paşxaneya şaxê di (b) de bi hevûdu re têkildar in.
Wêne 2 Kolonîbûn û dîroka demografî ya hespên deryayê
yekJi bo 21 cureyên hespên deryayê texmînên dara fîlogenetîkî û dema cihêbûnê.Qûrahiya xeta şaxê bi texmînên mezinahiya nifûsê (Ne) re têkildar e û reng rêzikên cihêreng destnîşan dikin.Sembolên I–III xalên kalibrasyonê nîşan didin.b–d Rêyên kolonîzasyonê yên pêşbînîkirî (tîrên rengîn) yên hespên deryayê li ser bingeha dema cihêbûnê, belavkirin, bûyerên cîgiriyê, û herikên deryayê (tîrên spî).b Arşîpela Hînd-Awûstralyayê navenda eslê (nîşana sor) cinsê Hippocampus bû berî ku hespên deryayê di navbera 18-23 Ma.c Hespên deryayê di destpêkê de Okyanûsa Atlantîk bi riya deryaya Tethyan vekir, ku piştî girtina wê (Bûyera Termînalê di 7-13 Ma. de), ev xêza Tethyan ji xûşka xweya Okyanûsa Hindî veqetand.Ya paşîn, dûv re bi lez cihêreng (nîşana zer) li Deryaya Erebî, navendek duyemîn a cihêrengiya hespên deryayê ava kir.d Bûyerek kolonîzasyona hespên deryayê ya duyemîn a Okyanûsa Atlantîkê ji Okyanûsa Hindî bi qasî 5 Materî bi derbasbûna tîpa Afrîkaya Başûr pêk hat, û di dawiyê de di nav deryaya Panama ya hîn vekirî de bi qasî 3,6 Ma.
Xiflteya 3 Herikîna genê û guheztinên di mezinahiya nifûsa bi bandor de
yekDi navbera cureyên ku li Okyanûsa Atlantîka Başûr dijîn de herikîna genê hat tespîtkirin.Rêjeya genê li nêzîkê xêzên spî wekî rêjeya koçberiyê ku ji hêla G-PhoCS ve hatî derxistin tê xuyang kirin.Qûrahî û arastekirina tîran bi rêzê ve bi rêje û rêça herikîna genê re têkildar e.b Guherînên di mezinahiya nifûsa bi bandor ji hêla PSMC ve.Tebeqa x di salên beriya niha de dema xwe nîşan dide dema ku teşeya y mezinahiya nifûsa bandorker temsîl dike.Nexşe bi giranî li gorî belavkirina erdnîgarî ji bo her celebên ku bi deverên belavkirina cihêreng têne organîze kirin.c Guherîna asta deryayê di 1 milyon salên borî de bi metre33.Xeta zer lûtkeya paşîn a navbera cemedê ya gerdûnî destnîşan dike dema ku siya şîn serdema herî paşîn a qeşayê nîşan dide.
Hîk. 4 Pêşveçûna spinan.
yekÇep, dara cureyî ku pêşkeftina serbixwe ya stûnên di hespên deryayê de nîşan dide.Dirêjahiya şaxê hejmara cîgiran li ser malperê destnîşan dike.Çar cureyên hespên behrê yên tûj bi şîn têne xêzkirin.Şaxên stûr bi rêjeyên bilindtir ên veguheztinên ne-sînonîm (dN/dS) ji bo gena bmp3 re têkildar in.Testa kanonîkî û giştîkirî ya McDonald û Kreitman (MKT) ji bo gena bmp3 ji bo sê cureyên xûşk-hev-hev bi taybetmendiyên spehî û ne-spikî yên cihêreng ên ku ji hêla rengên paşerojê ve hatine ronî kirin, ku astên girîngiya wan bi rêzê, bi nirxa p bi tîpên şîn û sor hatine destnîşan kirin, hate kirin.Rast, berhevdana veguheztinên asîda amînî di proteîna bmp3 de, veguheztinên polîmorfîk û sabît ên di hespên behrê de, bi rêzê, bi derdorên sor û şîn têne destnîşan kirin.b Belavbûna nirxên dN/dS di bmp3 de di hespên behrê de li gorî cureyên nepixik.c Pevçûnek serbixwe di dara fîlogenetîkî de ku ji bo proteîna ku ji hêla bmp3 ve hatî kod kirin ve hatî çêkirin.d Di Hippocampus erectus de hîbrîdîzasyona bmp3-yê li cîhê tevahî-çîyayî.
Balkêşî
Li C et al.Rêzên genomê rêyên belavbûna gerdûnî eşkere dikin û di pêşkeftina hespên deryayê de adaptasyonên genetîkî yên hevgirtî pêşniyar dikin.Nat Commun.17 Sibat 2021; 12 (1): 1094.
Nûçe û Nîşan armanc dike ku dozên serketî yên herî dawîn bi Biomarker Technologies re parve bike, destkeftiyên zanistî yên nû û her weha teknîkên berbiçav ên ku di dema lêkolînê de hatine bikar anîn bigire.
Dema şandinê: Jan-06-2022