GWAS
Sernav: Veguheztina tevahî genom eslê Brassica napus û cîhên genetîkî yên ku di başkirina wê de beşdar in eşkere dike
Rojname: Nature Communications
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolution |Domestication
Di vê lêkolînê de, Biomarker Technologies Karûbarên li ser rêzgirtina NGS, û her weha piştgiriya teknîkî li ser analîza biyoinformatics li ser daneyên rêzkirinê peyda kir.
Paşî
Brassica napus(zehf) çandinek rûnek girîng û modelek hêja ye ji bo vekolîna pêvajoyên cûrbecûrbûna polîploîd, pêşkeftin û hilbijartinê.Lêbelê, gelo celebên çolê an jî xêrxwazên kedî bûne pêşiyên dêûbav û genên ku beşdarî kedîbûn û başkirina tovên kezebê bûne hîn jî nayên zanîn.
Materyal û rêbaz
Materyal:588B. napusbeşdarî vê lêkolînê bûn, di nav de 466 ji Asyayê, 102 ji Ewropayê, 13 ji Amerîkaya Bakur, û 7 ji Avusturalya.Li ser bingeha tomarên adetên mezinbûnê, ev materyal li sê ekotîp hatin dabeş kirin;bihar (86 ketin), zivistan (74 ketin), û nîv-zivistan (428 ketin).
Rêzkirin:Nêzîkî navînî.5× (ji 3,37× berbi 7,71× ve diçe)
Platforma rêzgirtinê:Illumina Hiseq 4000
Hilberîna daneyan:Daneyên paqij ên 4.03 Tb
SNP bang dike:BWA + GATK.5,294,158 SNP û 1,307,151 InDels hatin bidestxistin.
Encam
Origin of B. napus
B. napusBingenomek ji bav û kalê ziraviya Ewropî derketiye.Bûyerek herikîna genê ji zincîreya Ewropî berbiB. napus Beriya 106-1170 salî binegenomek çêbûye.B. napusC subgenome dibe ku ji bav û kalê hevpar ên van rêzan derketibe.Bapîrê jiB. napusji bav û kalê hevpar ên çar binecureyên B. oleracea, bi herikîna genê ya dawîn veqetîB. napus~ 108–898 sal berê.B. napusC subgenom ji A Subgenome eslê xwe tevlihevtir e.Di dema her du bine-genomeyan de şeleyek xurt çêbûB. napuspêşveçûnî.Zivistan û nîv-zivistanB. napusekotîp ~60 sal berê ji hev cuda bûne, lê zivistan û biharB. napus~ 416 sal berê ji hev veqetiyan, û tovên rûn û nerûnB. napus277 sal berê ji hev veqetiyan.
Fig. 2 Avabûna nifûsa 588 B. napus û 199 ji B. rapa.
Fig. 3 Avakirina nifûsa 588 B. napus û 119 ji B. oleracea
Nîşanên Hilbijartinê û lêkolînên komeleyê yên Genom-ê.
Di qonaxa yekem a pêşkeftinê (FSI) de, di bingenoma B. napus C de ji binegenoma A bêtir cihêrengiya genetîkî winda bû.Di dema FSI de ji qonaxa duyemîn a çêtirbûnê (SSI) kêmtir cûdabûna genetîkî pêk hat.Genên li herêmên nîşana hilbijartina SSI-ê di tolerasyona stresê, pêşveçûn û rêyên metabolê de dewlemend bûne.60 cih bi girîngî bi 10 taybetmendiyên armancê re têkildar in, di nav de 5 bi hilberîna tovê re, 3 bi dirêjahiya silikê, 4 bi naveroka rûnê re, û 48 jî bi kalîteya tovê re têkildar in.
Fig. 4 Di dema SSI ya B. napus de şopandina genom-berfirehî û şîrovekirina herêmên hilbijartî
Analîzkirina transkrîptomê
Daneyên RNAseq ên 11 tevnvîsên ji kultûrek rûnek zêde û du-kêm û kultûrek kêm-rûn û du-bilind genên ku bi pêvajoya biosentetîkî ya glucosinolate ve girêdayî ne bi girîngî zêde hatine temsîl kirin.
Xiflteya 5 Pêşniyara rêziknameya dema kulîlkê di bin hilbijartina başkirina ekotîpa B. napus de
Nîqaş
Vê lêkolînê çavkaniyek hêja peyda kir ji bo têgihîştina dîrok û pêşkeftina dîrokêB. napusû dê dabeşkirina bingehên genetîkî yên taybetmendiyên kompleks ên agronomîkî yên girîng hêsantir bike.SNP-yên girîng ên ku bi guhertoyên bikêrhatî, nîşaneyên hilbijartinê û genên berendamê ve girêdayî ne dê di pêşerojê de bi giranî beşdar bibin, nemaze di baştirkirina berberî, kalîteya tov, naveroka rûn, û adaptasyona vê çandiniya allopolyploid a vê dawiyê û xizmên wê de.
Balkêşî
Veguheztina tevahî genom eslê Brassica napus û cîhên genetîkî yên ku di başkirina wê de beşdar in eşkere dike.Nature Communications, 2019, 10 (1).
Nûçe û Nîşan armanc dike ku dozên serketî yên herî dawîn bi Biomarker Technologies re parve bike, destkeftiyên zanistî yên nû û her weha teknîkên berbiçav ên ku di dema lêkolînê de hatine bikar anîn bigire.
Dema şandinê: Jan-05-2022