BMKCloud Log in
条形banner-03

Nûçe

T2T GENOME MECLÎSÊ, GAP BELA GENOME

1stDu Genomên Birinc1

Sernav: Civîn û erêkirina Du Genomên Referansê yên Bê Gap ji bo Xian / Indica Rice Nêrînên li ser Mîmariya Centromere Plant eşkere dike

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Dema şandin: 01 Çile, 2021.

Enstîtuya: Zanîngeha Çandinî ya Huazhong, Çîn

Materials

O. sativa xian/indicacureyên birinc 'Zhenshan 97 (ZS97)' û 'Minghui 63 (MH63)

Stratejiya rêzgirtinê

NGS dixwîne + HiFi dixwîne + CLR dixwîne + BioNano + Hi-C

Jimare:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) HiFi dixwîne + 48,39 Gb (~ 131x) CLR dixwîne + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 şaneyên BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~ 103x) HiFi dixwîne + 48,97 Gb (~ 132x) CLR dixwîne + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 şaneyên BioNano Irys

Wêne-1

Figure 1 Du genomên birincê yên bê valahî (MH63 û ZS97)

2ndGenoma banana2

Sernav: Kromozomên mûzê yên bê valahiya telomer-to-telomere ku rêzgirtina nanoporê bikar tînin

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Dema şandin: 17ê Avrêl, 2021.

Enstîtuya: Université Paris-Saclay, Fransa

Materials

Double haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Stratejiya rêzkirin û daneyan:

Moda HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Nexşeya optîkî (DLE-1+BspQ1)

Tablo 1 Berawirdkirina kombûnên genomê yên Musa acuminata (DH-Pahang).

Table1-Comparison-of-GRCh38-and-T2T-CHM13-human-genome-assemblies
Şikil-Mûsa-jenom-mîmar-berhevkirin

Figure 2 Berhevdana mîmariya genomên Mûsa

3rdGenoma Phaeodactylum tricornutum3

Sernav: Kombûna genomê ya Telomere-to-telomere yaP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Dema şandin: 04 Gulan 2021

Enstîtuya: Zanîngeha Rojava, Kanada

Materials

Phaeodactylum tricornutum(Cultural Collection of Algae and Protozoa CCAP 1055/1)

Stratejiya rêzkirin û daneyan:

1 Oxford Nanopore minION herikîna hucreya navîn + 2×75 hev-dawiya navîn-hilberînek NextSeq 550 run

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Figure 3 Xebata ji bo kombûna genom a telomere-to-telomere

4thGenoma mirovî CHM134

Sernav: Rêzeya tevahî ya genoma mirovî

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Dema şandin: 27 Gulan 2021

Enstîtuya: Enstîtuya Neteweyî ya Tenduristiyê (NIH), USA

Materyal: Rêza hucreyê CHM13

Stratejiya rêzkirin û daneyan:

30× Rêzkirina lihevhatî ya dorhêlî ya PacBio (HiFi), 120× Rêzkirina xwendina ultra-dirêj Oxford Nanopore, 100× Rêzkirina bêpere ya Illumina PCR (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Nano optîk), û Strand-seq

Tablo 2 Berawirdkirina GRCh38 û T2T-CHM13 meclîsên genoma mirovan

Table-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

Balkêşî

1.Sergey Nurk û hwd.Rêzeya tevahî ya genomek mirovî.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Kromozomên mûzê yên bê valahiya telomer-to-telomere bi rêzgirtina nanoporê bikar tînin.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Kombûna genom a telomere-telomer a Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.Civîn û erêkirina Du Genomên Referansê yên Bê Gap ji bo Xian / Indica Rice Nêrînên li ser Mîmariya Centromere ya Nebatan eşkere dike.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Dema şandinê: Jan-06-2022

Peyama xwe ji me re bişînin: