JINOMIYA MIROVAN
genetîka xwezayê
Rêzkirina dirêj-xwendina berfirehbûna dubare ya GGC di NOTCH2NLC de bi nexweşiya tevlêbûna navokî ya neuronal re têkildar nas dike.
ONT resequencing |Illumina |Rêzkirina tevayî exome |CRISPR-Cas9 ONT rêzgirtina armanckirî |RNA-seq |ONT 5mC gazîkirina metilasyonê
Highlights
1.Bi analîza Girêdanê ya li ser malbatek mezin a NIID, du herêmên girêdayî hatin nas kirin.
Rêzkirina 2.ONT-based-xwendina dirêj û dewlemendkirina Cas-9 bi navbeynkar Rêzkirina ONT sedemek genetîkî ya potansiyel a NIID, berfirehbûna dubare ya GGC di 5 'UTR ya NOTCH2NLC de kifş kir.Vê lêkolînê ji bo cara yekem ku di nav dubendiyên parçeyî de pêşkeftî di genên taybetî yên mirovan de dubarekirina berfirehbûnê ragihand.
Rêzkirina 3.RNA di destpêkê de an di hundurê deverên berfirehkirina dubareya GGC de di NOTCH2NLC de transkrîptên antîsensê yên ne normal eşkere kir.
Paşî
NNexweşiya tevlêbûna navokî ya euronal (NIID) nexweşiyek neurodejeneratîf a pêşverû û kujer e, ku bi hebûna tevlêbûna eosinophilic hyaline intranuclear di pergalên demarî yên navendî û periferîkî de tête diyar kirin.Nîşaneyên wê yên klînîkî yên pir guhêrbar di teşhîsê de heya destpêkirina biopsiya çerm zehmetiyên mezin derdixînin.Lêbelê, rêbazên hîstopatolojî-based hîn jî ji teşhîskirina xelet dikişînin, ku banga têgihîştina genetîkî ya NIID-ê dike.
Achievements
Analysis Girêdana
SRêzkirina hort-xwendinê ya li ser bingeha rêziknameya genomê ya tevahî (WGS) û rêzgirtina tevahî exome (WES) li ser malbatek mezin a NIID (13 bi bandor û 7 endamên bêbandor) hate kirin.Analîza girêdanê ya li ser SNP-yên ku ji van daneyan hatî derxistin tenê du herêmên girêdayî eşkere kir: herêmek 3.5 Mb li 1p36.31-p36.22 (herî zêde LOD=2.32) û herêmek 58.1 Mb li 1p22.1-q21.3 (herî zêde LOD: 4.21 ).Lêbelê, tu SNP an CNVên pathogenîk li van herêmên girêdayî nehatin nas kirin.
GGC di NOTCH2NLC de berferehbûnên dubare dikin
NRêzkirin-based anopore li ser 13 endamên bandorkirî û 4 endamên bêbandor ji 8 malbatan hate xebitandin (endamek din ê bandordar ji hêla platforma rêzgirtina dirêj a xwendina Pacbio ve hate rêzkirin.).Daneyên dirêj-xwendin diyar kir ku bi nexweşî ve girêdayî ye ku GGC di 5' UTR de nexşeya genê ya NOTCH2NLC li herêma girêdayî 58.1 Mb ve girêdayî ye (Wêne 1).Van berfirehbûna dubare di heman demê de di hemî 40 bûyerên NIID yên sporadîk ên ku ji hêla RP-PCR ve hatine ceribandin de jî hatine nas kirin.
Cas-9 rêziknameya armancê ya navbeynkar li ser platforma nanoporê hate bikar anîn da ku li ser dubarekirina NOTCH2NLC (100 X-1,795 X) xwendina bilindtir bi dest bixe.Van rêzikên lihevhatinê bi dîtinên berê yên li ser berfirehkirina dubarekirina GGC re baş li hev kirin.Wekî din, {(GGA)n (GGC)n}n dubarekirin wekî nîşankerek genetîkî ya potansiyel ji bo fenotîpa qels-serdest hate nas kirin (Wêne 2).
Wêne 1. Berfirehbûna dubare ya têkildar bi nexweşiyê ku li ser eksona 1 ya isoformên NOTCH2NLC hatî nas kirin.
Wêne 2. Rêzên lihevhatî yên NPTCH2NLC di nexweşên NIID de bi (*) an bê fenotîpa qels-serdest dubare dibin.
NGenên OTCH2NL genên taybetî yên mirovan in, ku tê bawer kirin ku di pêşkeftina mêjiyê mirovan û nexweşiyên neurolojîk de rolek girîng dileyzin.Lêbelê, sê genên têkildar ên NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB û NOTCH2NLC) bi nasnameya rêzê ya > 99.1% heta kombûna genoma mirovî ya herî dawî nehatin çareser kirin.Rêzkirina bê sentez û dirêj-xwendina li ser platforma nanoporê di çareserkirina herêmên wekheviya zêde û dubarekirina (GGC)n bi 100% GC-dewlemend de avantajên berbiçav nîşan daye.
GGC di NOTCH2NLC de berferehbûnên dubare dikin
TLi ser 2 endamên bandordar û 2 endamên bêbandor rêziknameya ranskriptomê hate kirin.Kûrahiya xwendinê ya normalîzekirî li ser rêzikên hîs û antîsens ên li jortirîn eksonên yekem ên paralogên NOTCH2NL hate hesibandin.Veguheztinên dij-hestî yên ne normal tenê di rewşên bi bandor de, yên ku di serî de an di hundurê devera berfirehbûna dubare de rûdinin, hatin dîtin (lûtkên Purple di F1-14 û F1-16 de di Figure 3.).Wekî din, 54 DEGs hatin nas kirin û hemî di şertên GO û MPO yên têkildarî fonksiyonên neuronal de dewlemend bûn.
Wêneyê 3. Kûrahiya xwendinê ya normalîzekirî ya li jora eksona yekem a NOTCH2NLC di rewşên bêbandor (li jor) û bandorkirî (jêr) de.
Teknolocî
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
NRêzkirina anopore xwe ji platformên din ên rêzgirtinê vediqetîne, bi vî rengî ku nukleotîd bêyî pêvajoya senteza DNA rasterast têne xwendin.Gava ku ADN-ya yekane di nav porek proteînek nano-pîvan (nanopore) re derbas dibe, nukleotîdên cihêreng herikên îyonî yên cihêreng çêdikin, ku dikarin werin girtin û veguheztin nav rêza bazan.Platforma rêzgirtinê ya ONT bixwe sînorê teknîkî ya diyar li ser dirêjahiya xwendina DNA-yê nîşan nade.Ji ber vê yekê, xwendinên Ultra-dirêj (ULR) ji bo kombûna genomê ya bi kalîteya bilind heye.Digel vê yekê, ev xwendinên pir dirêj, ku têra xwe dirêj in ku ji taybetmendiyên rêzikên tevlihev an guheztina strukturel derbas bibin, dibin alîkar ku li vir sînorên rêzikên kurt-xwendina derbas bibin.
Rêzkirina Nanopore
Structure variation (SV) Nasname
SRêzkirina bê sentez bi piranî agahdariya metilasyona DNA ya li ser şablonê parast.Methylated A, T, C û G ji yên ne-methylated herikên ionîkî yên cihêreng çêdikin, ku rasterast ji hêla platformê ve têne xwendin.Rêzkirina Nanopore di çareseriya yek-nukleotidê de profîlkirina tevahiya genomê ya hem 5mC û hem jî 6mA hêzdar dike.
Balkêşî
Jun Sone, et.al.Rêzkirina dirêj-xwendin berfirehbûna dubare ya GGC di NOTCH2NLC de ku bi nexweşiya tevlêbûna navokî ya neuronal ve girêdayî ye nas dike.Nature Genetics (2019)
Teknîkî û Highlights armanc dike ku serîlêdana serketî ya herî dawî ya teknolojiyên cihêreng ên rêzgirtinê yên bilind-rêveberî di warên cihêreng ên lêkolînê de û her weha di sêwirana ezmûnî û derxistina daneyê de ramanên berbiçav parve bike.
Dema şandinê: Jan-06-2022