TRANSCRIPTOMICS
awa
TÊKILIYA
Taybetmendiya tev-dirêj a mutasyona SF3B1 di leukemiya lîmfosîtîk a kronîk de kêmkirina întronên mayî eşkere dike.
Nivîsarên tev-dirêj|Rêzkirina Nanopore|Analîza isoformê ya alternatîf
Paşî
Smutasyonên omatîk ên di faktora hevberdanê SF3B1 de bi berfirehî hatine ragihandin ku bi penceşêrên cihêreng re têkildar in, di nav de leukemia lîmfosîtîk a kronîk (CLL), melanoma uveal, kansera pêsîrê, hwd. Wekî din, lêkolînên transkrîptomîkî yên kurt-xwendin qalibên tevlihevkirinê yên nebaş ên ku ji hêla mutasyonên SF3B1 ve hatine çêkirin eşkere kirin.Lêbelê, lêkolînên li ser van şêwazên hevberdanê yên alternatîf demek dirêj di asta bûyer û kêmbûna zanînê de li ser asta îsoformê ji ber tixûbdariya transkriptên berhevkirî yên kurt-xwendin sînorkirî ne.Li vir, platforma rêzgirtinê ya nanoporê hate destnîşan kirin ku ji bo hilberandina tîpên dirêj-dirêj, ku vekolînê li ser isoformên AS-ê hêzdar dike.
Design Experimental
Experiments
Komkirin:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(mutasyona K700E);3. Hucreyên B yên normal
Stratejiya rêzgirtinê:Rêzkirina pirtûkxaneya MinION 2D, rêzgirtina pirtûkxaneya PromethION 1D;daneyên kurt-xwendina ji heman nimûneyan
Platforma rêzgirtinê:ONT MinION;ONT PromethION;
Analyza Bioinformatic
Encam
YEKbi giştî 257 mîlyon xwendin ji 6 nimûneyên CLL û 3 şaneyên B hatine çêkirin.Bi navînî 30,5% ji van xwendinan wekî transkrîptên tev-dirêj hatine nas kirin.
FAnalîza îzoforma alternatîf a dirêj-dirêj a RNA (FLAIR) hate pêşve xistin da ku komek îzoformên pêbawer biafirîne.FLAIR dikare wiha were kurt kirin:
Nanopore lihevhatinê dixwîne: strukturên transkriptê yên giştî li ser bingeha genoma referansê nas bikin;
SSerrastkirina hevbenda plice: çewtiyên rêzê yên rast (sor) bi malpera veqetandinê ji întronên annotated, intronên ji daneyên kurt-xwendinê an ji her duyan;
Chilweşîn: îsoformên nûnerê li ser bingeha zincîreyên hevberdanê (hevoka yekem-derbasbûna) kurte bikin.Li ser bingeha hejmara xwendinên piştgirî (Berdeng: 3) isof-baweriya bilind hilbijêrin.
Figure 1. Analîza FLAIR ji bo naskirina îzoformên tevdeng ên ku bi mutasyona SF3B1 di CLL de ve girêdayî ne
FLAIR 326,699 îzoformên bi pêbawer ên bilind nas kir, ku 90% ji wan îzoformên nû ne.Hat dîtin ku piraniya van îzoformên nenaskirî berhevokên nû yên hevgirêdanên naskirî ne (142,971), di heman demê de îzoformên mayî yên întron (21,700) an jî exonê nû (3594) hene.
Lrêzikên xwendin-xwendina nasnameyên mutant SF3B1-K700E-malperên hevberdanê yên guhertî di asta îsoformê de hêz dike.35 alternatîfên 3'SS û 10 alternatîfên 5'SS hatin dîtin ku di navbera SF3B1-K700E û SF3B1-WT de bi rengek girîng cûda bûne.33 ji 35 guhertinan ji hêla rêzikên dirêj-xwenda nû ve hatine keşif kirin.Di daneyên Nanopore de, belavkirina dûrahiya di navbera SF3B1-K700E-3'SS-yên guhezbar de heya lûtkeyên malperên kanonîkî li dora -20 bp ye, ku bi girîngî ji dabeşkirina kontrolê cûda ye, mîna ya ku di rêzikên kurt-xwendina CLL de hatî ragihandin.Îzoformên gena ERGIC3 hatin analîz kirin, ku li wir îzoformek nû ya ku cîhê hevberdanê yê nêzik vedihewîne di SF3B1-K700E de pirtir hate dîtin.Hem nêzîk û hem jî dûrî 3'SS bi qalibên AS yên cihêreng ên ku gelek isoforman çêdikin re têkildar bûn.
Figure 2. Alternatîfên 3' qalibên hevberdanê yên ku bi daneya rêzgirtina nanoporê têne nas kirin
Analîza karanîna bûyera IR-ê ji ber pêbaweriya bi nasname û hejmartina IR-ê di analîza bingehîn a kurt-xwendina demek dirêj de sînorkirî ye.Vebijandina isoformên IR-ê di SF3B1-K700E û SF3B1-WT de li ser bingeha rêzikên nanoporê hate pîvandin, ku rêgezek gerdûnî ya îzoformên IR di SF3B1-K700E de eşkere dike.
Xiflteya 4. Zêdebûna çandiniyê û girêdana torê li sê pergalên çandiniyê (A û B);Analîza daristana rasthatî (C) û Têkiliya di navbera tundiya çandiniyê û kolonîzasyona AMF de (D)
Figure 3. Bûyerên kirêkirina întronê di CLL SF3B1-K700E de bi hêztir têne verast kirin
Teknolocî
Rêzkirina Nanopore Long-xwendin
NRêzkirina anopore teknolojiyek rêzgirtina nîşana elektrîkê ya yek-molekûl e.
DADN an ARN-ya dubendî dê bi proteîna nanoporoz a ku di biyofilmê de cih girtiye ve girêbide û di bin pêşengiya proteîna motorê de biqelişe.
DHêlên NA/RNA di bin çalakiya cûdahiya voltê de bi rêjeyek diyar di proteîna kanala nanoporê re derbas dibin.
Molekul li gorî avahiya kîmyewî sînyalên elektrîkê yên cihêreng çêdikin.
RTesbîtkirina rêzikan di wextê rast de bi banga bingehîn tê bidestxistin.
Performansa rêzgirtina transkrîptomê ya tev-dirêj
√ Têrbûna daneyan
Ji bo gihîştina têrbûna daneya berawirdî 7 qat kêmtir xwendin hewce dike.
√ Nasnameya Structure Transcript
Nasnameya cûrbecûr guhertoyên strukturel ên cihêreng bi xwendina tev-dirêj a her transkriptê re
√ Analîza cihêreng a asta transkriptê -Guhertinên ku ji hêla xwendinên kurt ve hatine veşartin eşkere bikin
Balkêşî
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Taybetmendiya tev-dirêj a mutasyona SF3B1 di leukemiya lîmfosîtîk a kronîk de kêmkirina întronên girtî[J] eşkere dike.Nature Communications.
Teknîkî û Highlights armanc dike ku serîlêdana serketî ya herî dawî ya teknolojiyên cihêreng ên rêzgirtinê yên bilind-rêveberî di warên cihêreng ên lêkolînê de û her weha di sêwirana ezmûnî û derxistina daneyê de ramanên berbiçav parve bike.
Dema şandinê: Jan-08-2022