HEMÛ GENOME RESEQUENING
Çavdêriya genomîkî ya SARS-CoV-2 guhertoyek jêbirina Nsp1 vedibêje ku bersiva înterferonê ya celeb I modul dike.
Nanopore |Illumina |Resequencing genom |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies di vê lêkolînê de li ser rêzgirtina nimûneyê piştgirîya teknîkî peyda kir.
Highlights
1.SARS-CoV-2 Rêzkirina genomê û analîza fîlonetîkî 35 mutasyonên dûbare di nav de 31 SNP û 4 Indels nas dikin.
2.Pêwendiya bi 117 fenotîpên klînîkî re potansiyel eşkere dike
mutasyonên girîng.
∆500-532 li herêma kodkirina Nsp1 bi vîrusa jêrîn re têkildar e
3.barkirin û serum IFN-β.
4.Îsoleyên vîrus ên bi mutasyona ∆500-532 IFN-I kêm dikin
bersivê di hucreyên vegirtî de.
Design Experimental
Achievements
1. Çavdêriya epîdemîolojîk û genomî ya COVID-19
Daneyên klînîkî li parêzgeha Sichuan, Chinaîn li seranserê heyama derketinê ji 22-ê Rêbendana 2020-an heya 20-ê Reşemiyê, 2020-an hatine berhev kirin. Bi tevahî 538 bûyerên COVID-19 bi ceribandinên qPCR li Sichuan hatine piştrast kirin, ku 28,8% ji wan ji parêzgehê bûn. paytext.Bûyerên pejirandî li Sichuan qat bi qat zêde bûn, di 30ê Çileyê de lûtkeya xwe derket.Di heman demê de, daneyan piştgirî kirin ku dûrbûna civakî dikare bibe faktorek bingehîn di pêşîgirtina belavbûna vîrusê de.
Wêne 1. Lêkolîna epîdemîolojî ya COVID-19 li parêzgeha Sichuan, Chinaîn
2. Avakirina genoma SARS-CoV-2 û nasîna variantan
Bi zêdekirina PCR-ya multiplex û dûv re rêzgirtina nanoporê, ji 248 nexweşan bi tevahî 310 genomên nêzik an jî qismî-temam hatine çêkirin.80% ji genomên ku ji hêla 10 xwendinê ve girêdayî ye (Kûrahiya navîn: 0,39 M ji bo nimûneyê dixwîne).
Xiflteya 2. Frekansiya her guhertoyan di kohorta Sichuan de
Bi tevahî 104 SNP û 18 Indels ji genomên SARS-CoV-2 hatine nas kirin, ku tê de 31 SNP û 4 Indels wekî guhertoyên genetîkî yên dûbare hatine nas kirin.Bi berhevkirina wan bi 169 nimûneyên ji Wuhan û bi 81,391 rêzikên genomê yên gelemperî yên li GISAID-ê re, 29 ji 35 guhertoyên ku li parzemînên din hatine dîtin.Nemaze, çar guhertoyên di nav de ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 û T13243C, tenê li Sichuan û Wuhan hatine dîtin û di daneyên GISAID de tune ne, ku destnîşan dike ku ev guhertoyên pir îhtîmal e ku ji Wuhan-ê, ku li gorî pîvanan têne pêşve xistin qeydên rêwîtiyê yên nexweşan.
Analîza pêşkeftinê ya bi rêbaza îhtîmala herî zêde (ML) û nêzîkatiyên demjimêra molekularî ya Bayesian li ser 88 vîrusên nû yên ji Sichuan û 250 genomên parêzkirî yên ji herêmên din hate hilberandin.Genomên bi ∆500-532 (Jêbirinên li herêma kodkirina Nsp1) bi kêmasî di dara fîlogenetîkî de belav bûne.Analîza Haplotype li ser guhertoyên Nsp1 5 ji wan ji gelek bajaran nas kirin.Van encaman destnîşan kir ku ∆500-532 li gelek bajaran qewimî û dibe ku gelek caran ji Wuhan were îtxalkirin.
Figure 2. Guhertoyên genetîkî yên dubare û analîza fîlogenetîkî di genomên SARS-CoV-2 de
3. Têkiliya guhertoyên genetîkî yên dubare yên bi bandorên klînîkî
117 fenotîpên klînîkî bi giraniya COVID-19 re têkildar bûn, li wir 19 fenotîpên bi giraniyê ve di nav taybetmendiyên giran û ne-zehmet de hatin dabeş kirin.Têkiliya di navbera van taybetmendiyan û 35 guhertoyên genetîkî yên dûbareyî de di nexşeya germê ya du-kluster de hate xuyang kirin.Analîzek dewlemendkirina rêzkirî ya mîna GSEA destnîşan kir ku ∆500-532 bi ESR, IFN-β serum û hejmarên şaneyên T CD3+CD8+ re bi neyînî ve girêdayî ye.Wekî din, testên qPCR nîşan didin ku nexweşên bi vîrusa ∆500-532 vegirtine xwedî nirxa Ct ya herî bilind, ango barkirina vîrusê ya herî kêm e.
Wêne 3. Komeleyên 35 guhertoyên genetîkî yên dûbarekirî bi fenotîpên klînîkî re
4. Verastkirina li ser fenotîpên klînîkî yên têkildarî mutasyona vîrusê
Ji bo têgihîştina bandorên ∆500-532 li ser fonksiyonên Nsp1, şaneyên HEK239T bi plasmîdên ku dirêjahiya tevahî, WT Nsp1 û formên mutant ên bi jêbirinê vedibêjin ve hatin veguheztin.Profîlên transkrîptomê yên her hucreyên HEK239T yên dermankirî ji bo analîza PCA-yê hatin pêvajo kirin, û destnîşan kir ku mutantên jêbirinê nisbeten nêziktir kom bûne û ji WT Nsp1 pir cûda ne.Genên ku di mutantan de bi girîngî hatine sererast kirin bi giranî di "pêvajoya peptîd biosyntetîk/metabolîk", "biyojeneya kompleksa rîbonukleoproteîn", "proteîn hedefgirtina membran/ER" de, û hwd. Wekî din, du jêbirin ji WT-ê şêwazek veqetandinê ya cihê nîşan didin.
Figure 4. Analîzkirina transkrîptomê ya li ser hucreyên HEK239T yên ku ji hêla WT Nsp1 ve hatine veguheztin û ya bi jêbirin
Bandorên jêbirinê li ser bersiva IFN-1 jî di lêkolînek zêde de hate ceribandin.Hemî jêbirinên ceribandin hate destnîşan kirin ku di asta transkrîptomê û asta proteînê de repsonsa IFN-1 di hucreyên HEK239T û A549 yên transfekkirî de kêm dikin.Balkêş e, ku di jêbirinan de genên bi girîngî kêm-rêkûpêkkirî di "bersiva parastinê ya ji vîrusê", "berberdana genoma vîrus", "rêveberiya veguheztinê ji hêla RNA polymerase II" û "bersiva ji bo celebê înterferona I" de dewlemend bûne.
Figure 5. Rêzika jêrîn a rêyên nîşankirina înterferonê di mutant 500-532 de
Di vê lêkolînê de, bandora van jêbirinan li ser vîrusê ji hêla lêkolînên enfeksiyona virusê ve bêtir hate pejirandin.Vîrusên bi hin mutantan re ji nimûneyên klînîkî hatin veqetandin û bi şaneyên Calu-3 ve hatin vegirtin.Encamên hûrgulî yên li ser lêkolîna enfeksiyona virusê dikarin di kaxezê de werin xwendin.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Balkêşî
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Çavdêriya genomîkî ya SARS-CoV-2 guhertoyek jêbirina Nsp1 ku bersiva înterferona I-yê modul dike[J] vedike.Mêvandarê hucreyê & mîkrob, 2021.
Nûçe û Nîşan armanc dike ku dozên serketî yên herî dawîn bi Biomarker Technologies re parve bike, destkeftiyên zanistî yên nû û her weha teknîkên berbiçav ên ku di dema lêkolînê de hatine bikar anîn bigire.
Dema şandinê: Jan-06-2022