EKOLOJÎYA MÎKROBÎ
Zêdebûna çandiniyê tevliheviya tora mîkrobial û pirbûna bacên sereke yên di kok de kêm dike
Rêzkirina Amplicon-a Tev-Deng (ITS) |PacBio HIFI
Highlights
Axurtbûna çandiniyê ji ber bandorên wê yên neyînî yên hawirdorê her ku diçe zêde dibe pirsgirêk, di nav wan de kêmbûna karbidestiya maddeyên xwarinê, eutrofiya avên bin erdê, xerabûna kalîteya axê, hwd. Ji bo kêmkirina zirarê pergalên cotkariyê yên alternatîf ên di nav de çandiniya bê çandin û organîk bi berfirehî hatine pejirandin.Civaka mîkrobial di hilberandin û domdariya agroekosîstema de rolek domdar dilîze.Lêbelê, ne diyar e ka pergalên çandiniyê yên cûda çawa bandorê li mîkrobiota root dikin.
Design Experimental
Experiments
SNimûneyên rûn û kok (DNA) ji zeviyên genim ên 60 zeviyên çandiniyê (her yek 20) bûn
Grouping: 1. Peyman (bi çandiniyê);2. Peyman (ne çandin);3. Zeviyên çandiniyê yên organîk
SStratejiya hevberdanê: Rêzkirina amplikonê ya tev-dirêj (ITS)
Primer: ITS1F-ITS4 (tevahiya herêma ITS ~ 630 bp armanc dike)
Splatforma hevberdanê: PacBio RS II
Analyza Bioinformatic
Encam
On navînî 357 OTU ji her malperê û bi tevahî 837 OTU ji hemî 60 malperan hatine nas kirin.Cûdahiya alfa ya civakên fungalên root di nav sê pergalên çandiniyê de cûdahiyek girîng nîşan neda.Lêbelê, sê komên cihêreng di analîza cihêrengiya betayê de hatin çêkirin, ku bandorek bihêz a pergala çandiniyê li ser avahiya civata fungala root destnîşan dike.
Figure 1. Cihêrengiya alfa (nîşana Shannon û pêkhatina civakê) û analîza cihêrengiya beta (analîziya kanonîkî ya hevrêzên sereke) li ser civakên çîçek ên root
Ten.Heft ji wan ji rêzikên mîkorîzal bûn.
Figure 2. Tora giştî ya li ser civakên fungal ên root ên sê pergalên çandiniyê
Ftorên taybetî yên pergala çekdarkirinê di tora organîk de bi du caran zêdetir keviyan û girêkên girêdayî zêdetir ji tora ne-til û kevneşopî pêwendiyek pir bilind destnîşan kirin.Digel vê yekê, tora çandiniya organîk li gorî yên mayî pir zêdetir taksên sereke (almas) digire, ku piştgirî da tevlihevî û girêdana wê.
Xiflteya 3. Torên fungal ên root ên taybet ên pergala çandiniyê
Atêkiliyek neyînî ya xurt di navbera tundiya çandiniyê û girêdana torê ya fungala root de hate dîtin.Analîza daristanê ya rasthatî ajokarên sereke yên taksên sereke eşkere kir: fosfora axê, tîrêjiya mezin, pH û kolonîzasyona mîkorîzal.
Xiflteya 4. Zêdebûna çandiniyê û girêdana torê li sê pergalên çandiniyê (A û B);Analîza daristana rasthatî (C) û Têkiliya di navbera tundiya çandiniyê û kolonîzasyona AMF de (D)
Teknolocî
Rêzkirina amplikonê ya tevahî dirêj
A"Rêzkirina Nifşa Sêyemîn" ku derketiye ser dikê, li herêmên armanckirî sînorkirin û pirsgirêkên di meclîsa nû de hatine derbas kirin.Pacific Bioscience (PacBio) xwendina rêzikan bi deh kîlobazan bi serfirazî dirêj kiriye, ku rê dide me ku em bi dirêjahiya 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) li bakteriyan an 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) bixwînin. herêmên (400 bp-900 bp) di eukaryotîkan de.Nêrîna berfireh a qada genetîkî çareseriya şîrovekirina celeb û genên fonksiyonel pir zêde kir.Pirsgirêka dirêj a têkildar li ser rastbûna bingehîn ji hêla PacBio CCS-ya xwe-sererastkirinê ve hatî çareser kirin, ku xwendina HIFI bi zêdetirî 99% rastbûna xwendinê çêdike.
Performansa di annotation OTU
Them ji xwendina dirêj û hem jî ji berbelavbûna bilind sûd werdigire, rastbûna annotationê dikare bi rengek berbiçav zêde bibe û di nasnameya mîkrobial de çareseriyek "asta celebê" bi dest bixe.
Balkêşî
Banerjee, Samiran, et al."Zêdebûna çandiniyê tevliheviya tora mîkrobial û pirbûna bacên sereke yên di kok de kêm dike."Kovara ISME (2019).
Teknîkî û Highlights armanc dike ku serîlêdana herî serketî ya herî dawî ya teknolojiyên cihêreng ên rêzgirtinê yên bilind-rêveberî di warên cihêreng ên lêkolînê de û her weha di sêwirana ceribandinê û derxistina daneyê de ramanên berbiçav parve bike.
Dema şandinê: Jan-08-2022