Rêzkirina Metagenomîk -NGS
Avantajên Service
● Ji bo profîla civaka mîkrobial bê îzolekirin û çandinî
● Di tesbîtkirina cureyên kêm-bilind ên di nimûneyên hawîrdorê de çareseriya bilind
● Fikra "meta-" hemî taybetmendiyên biyolojîkî di asta fonksiyonel, asta celeb û genê de yek dike, ku nêrînek dînamîkî ku nêzîkê rastiyê ye nîşan dide.
● BMK bi zêdetirî 10,000 nimûneyên pêvajoyî di cûrbecûr nimûneyên cihêreng de ezmûnek girseyî berhev dike.
Specifications Service
| Rawesta axaftevan | Rêzkirin | Daneyên pêşniyar kirin | Dema zivirandinê |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 rojên xebatê |
Analîzên biyoinformatics
● Kontrolkirina kalîteya daneya xav
● Meclîsa Metagenome
● Set û annotation gene non-zirav
● Analîzên cihêrengiya cureyan
● Analîzkirina cihêrengiya fonksiyona genetîkî
● Analîzên navbera koman
● Analîza komeleyê li dijî faktorên ceribandinê
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
BoDerxistina DNA:
| Tîpa Nimûne | Biha | Lisersekinî | Paqijiyê |
| Derxistina DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ji bo nimûneyên hawirdorê:
| Tîpa nimûne | Pêvajoya nimûneyê ya pêşniyar kirin |
| Erd | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Pêdivî ye ku maddeya hişkbûyî ya mayî ji rûyê erdê were rakirin;Parçeyên mezin hûr bikin û di parzûna 2 mm re derbas bikin;Ji bo veqetandinê di lûleya EP an cyrotube ya sterîl de nimûneyên aliqut. |
| Feces | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ya sterîl an çîrûkek sterîl de nimûneyan berhev bikin û veqetînin. |
| Naveroka rovî | Pêdivî ye ku nimûne di bin şertên aseptîk de bêne çêkirin.Bi PBS tevna berhevkirî bişon;PBS-ê santrîfuj bikin û baranê di lûleyên EP-ê de berhev bikin. |
| Sludge | Mîqdara nimûneyê: nêzîkî.5 g;Ji bo veqetandinê di lûleya EP-ê ya sterîl an jî di lûleya krîyoyê de nimûneya lûlê berhev bikin û veqetînin |
| Waterbody | Ji bo nimûneya bi mîqdarek sînorkirî ya mîkroban, wek ava tîrêjê, ava bîrê, hwd., Bi kêmanî 1 L av berhev bikin û di parzûna 0.22 μm re derbas bikin da ku mîkrobialê li ser membranê dewlemend bikin.Parzûnê di lûleya sterîl de hilînin. |
| Çerm | Bi baldarî rûbera çerm bi pembûya sterîl an jî lûleya neştergerî biperçiqînin û bixin nav lûleya sterîl. |
Pêşniyara Sample Delivery
Nimûneyan di nîtrojena şil de 3-4 demjimêran bicemidînin û di nîtrojena şil de an -80 derece ji bo veqetandina demdirêj hilînin.Veguheztina nimûneyê bi qeşa hişk hewce ye.
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
1.Histogram: Belavbûna cureyan
2. Genên fonksiyonel ên ku li ser rêyên metabolê yên KEGG têne şîrove kirin
3.Nexşeya germê: Fonksiyonên cihêreng li ser bingeha pirbûna genê têkildar
4.Circos of CARD genên berxwedana antîbiyotîk
BMK Case
Berbelavbûna genên berxwedana antîbiyotîk û pathogenên bakterî yên li ser domdariya root axê-mangrove
Weşandin:Kovara Materyalên Xeterdar, 2021
Stratejiya rêzgirtinê:
Materyal: Derhênanên DNA yên çar perçeyên nimûneyên girêdayî koka mangrove: axa neçandî, rhizosphere, episphere û beşên endosphere.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Armanc: Metagenom
16S rRNA gene herêmê V3-V4
Encamên sereke
Rêzkirina metagenomîk û profîlên metabarkodkirinê yên li ser domdariya ax-kokê ya şitilên mangrove ji bo lêkolîna belavkirina genên berxwedana antîbiyotîk (ARG) ji axê di nav nebatan de hate xebitandin.Daneyên metagenomîk eşkere kir ku 91.4% ji genên berxwedana antîbiyotîk bi gelemperî di her çar beşên axê yên ku li jor hatine destnîşan kirin de hatine nas kirin, ku moda domdar nîşan didin.Rêzkirina amplikonê ya 16S rRNA 29,285 rêzik çêkirin, ku 346 cureyan temsîl dikin.Bi hevberdana bi profîlên cureyan re bi rêzgirtina amplicon ve, hate dîtin ku ev belavbûn ji mîkrobiota-girêdayî root serbixwe ye, lêbelê, ew dikare ji hêla mobîl a hêmanên genetîkî ve were hêsan kirin.Vê lêkolînê herikîna ARG û pathogenên ji axê di nav nebatan de bi navgîniya domdariya ax-root a bi hev ve girêdayî nas kir.
Balkêşî
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Berbelavbûna genên berxwedanê yên antîbiyotîk û pathogenên bakterî li ser berdewamiya ax-mangrove root.Kovara Materyalên Xeterdar, 408, 124985.
