Rêzkirina ne-kodkirina dirêj-Illumina
Avantajên Service
● Avantajên xizmetê
● Taybetmendiya hucreyî û tevnê
● Qonaxa taybetî guherîna îfadeya dînamîk îfade dike û pêşkêş dike
● Nimûneyên rast ên vegotina dem û mekan
● Analîzek hevbeş bi daneyên mRNA.
● Radestkirina encam-based BMKCloud: Daneyên xwerû li ser platformê peyda dibe.
● Karûbarên piştî-firotanê piştî qedandina projeyê 3 mehan derbasdar in
Sample Requirements û Delivery
| Pirtûkxane | Rawesta axaftevan | Daneyên pêşniyar kirin | Daneyên QC |
| kêmbûna rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥6.5; Ji bo heywanan: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
Nukleotîd:
Pîvan: Giranî(hişk): ≥1 g
*Ji bo tevna ji 5 mg piçûktir, em pêşniyar dikin ku nimûneya tevnê ya cemidî (di nîtrojena şil) de bişînin.
Rawestandina şaneyê: Hejmara şaneyan = 3×107
*Em pêşniyar dikin ku lîza hucreya cemidî bişînin.Di rewşê de ku ew şaneyek ji 5×10 piçûktir tê hejmartin5, di nîtrojena şil de qeşagirtî tê pêşniyar kirin.
Nimûneyên xwînê:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRZol û 2mL xwînê(TRIzol:Xwîn=3:1)
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Barkirin:
1.Berşa hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
2.Bûkên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabilîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
Derxistina RNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Bioinformatics
1.Tesnîfkirina LncRNA
LncRNA ku ji hêla çar nermalava jorîn ve hatî pêşbînî kirin di nav 4 kategoriyan de hate dabeş kirin: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;hest-LncRNA.Dabeşkirina LncRNA di histograma jêrîn de hate xuyang kirin.
Dabeşkirina LncRNA
2.Cis-armanca genên analîza dewlemendkirina DE-lncRNA
ClusterProfiler di analîza dewlemendkirina GO de li ser genên cis-armanc ên lncRNA (DE-lncRNA), di warê pêvajoyên biyolojîkî, fonksiyonên molekulî û hêmanên hucreyî de hate bikar anîn.Analîzkirina dewlemendkirina GO pêvajoyek e ku meriv şertên GO-yê yên dewlemendkirî yên DEG-ê bi rê ve birin li gorî tevahî genomê nas bike.Wek ku li jêr tê nîşandan, şertên dewlemendkirî di hîstogram, tabloya bubble, hwd.
Genên cis-targetkirî yên analîza zengînkirina DE-lncRNA -Nexşeya Bubble
3. Bi danberheva dirêjahî, hejmara exonê, ORF û mîqdara derbirîna mRNA û lncRNA, em dikarin cûdahiyên di avahî, rêz û hwd de di navbera wan de fam bikin, û her weha verast bikin ka lncRNA ya nû ya ku ji hêla me ve hatî pêşbînîkirin li gorî taybetmendiyên gelemperî ye.
BMK Case
Di adenokarcinomên pişikê yên mişkî de bi mutasyona KRAS‐G12D û derbirîna P53, profîla îfadeya lncRNA ya bêrêkûpêk kirin.
Weşandin:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Stratejiya rêzgirtinê
Illumina
Sample collection
Hucreyên NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) û hucreyên kontrolê yên neyînî (sh-Scr) di roja 6-ê ya enfeksiyonek vîrusê ya taybetî de hatin wergirtin.
Encamên sereke
Vê lêkolînê li lncRNA-yên ku bi rengekî bêserûber di adenokarsinoma pişika mişkê de bi knockout P53 û mutasyona KrasG12D ve hatî destnîşan kirin lêkolîn dike.
1.6424 lncRNA bi rengek cûda hatine diyar kirin (≥ 2-qat guhertin, P <0.05).
2. Di nav hemî 210 lncRNAs (FC≥8) de, 11 lncRNAs bi rêzê ve ji hêla P53 ve, 33 lncRNA ji hêla KRAS û 13 lncRNA ji hêla hîpoksiya di şaneyên KP-ya seretayî de hate rêve kirin.
3.NONMMUT015812, ku di adenokarsinoma pişika mişkê de bi rengek berbiçav hate sererast kirin û ji hêla ji nû ve vegotina P53 ve bi neyînî hate rêve kirin, hate tesbît kirin ku fonksiyona wê ya hucreyî were analîz kirin.
4.Kirkirina NONMMUT015812-ê ji hêla shRNA-yan ve şiyana belavbûn û koçkirina hucreyên KP kêm kir.NONMMUT015812 onkojenek potansiyel bû.
 Analîzkirina rêça KEGG ya genên bi rengek cûda di hucreyên KP-yên NONMMUT015812-knockdown de |  Analîzkirina Ontolojiya Genê ya genên bi rengek cûda di hucreyên KP yên NONMMUT015812-knockdown de |
Balkêşî
Di adenokarsînoma pişikê ya mişkî de bi mutasyonek KRAS‐G12D û P53 knockout[J] de profîla îfadeya lncRNA ya bêrêkûpêk kirin.Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
